30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9808 on replicon NC_011986
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011986  Avi_9808  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  100 
 
 		 920 aa  1858    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4768  hypothetical protein  56.38 
 
 		 996 aa  689    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.439128  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4553  relaxase/mobilization nuclease family protein  57.78 
 
 		 994 aa  692    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6382  hypothetical protein  60.27 
 
 		 830 aa  831    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4166  hypothetical protein  42.41 
 
 		 895 aa  611  1e-173  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4527  hypothetical protein  31.61 
 
 		 745 aa  154  8.999999999999999e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.820483  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4269  hypothetical protein  30.73 
 
 		 776 aa  138  6.0000000000000005e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.516015  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6229  hypothetical protein  27.95 
 
 		 668 aa  108  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.422278 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6340  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  33.5 
 
 		 367 aa  75.9  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.271931 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2643  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2- like  30.67 
 
 		 337 aa  66.2  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6491  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  34.25 
 
 		 337 aa  63.2  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.440209  normal  0.634473 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1768  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like  32.43 
 
 		 337 aa  62.8  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.330763  normal  0.546869 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0462  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like  27.5 
 
 		 349 aa  61.2  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4188  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  32.65 
 
 		 351 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3327  plasmid-related protein  32.65 
 
 		 351 aa  58.9  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.828723 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4839  plasmid-related protein  32.65 
 
 		 351 aa  58.9  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.658809  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0785  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  33.01 
 
 		 321 aa  57.8  0.0000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00514005 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5017  relaxase/mobilization nuclease family protein  33.94 
 
 		 377 aa  56.2  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0760  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  27.78 
 
 		 344 aa  56.2  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0308  plasmid-related protein  27.78 
 
 		 344 aa  55.1  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.518221  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0791  plasmid-related protein  27.78 
 
 		 344 aa  55.1  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.435871  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0017  hypothetical protein  32.88 
 
 		 344 aa  53.9  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.125294 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5826  hypothetical protein  27.11 
 
 		 363 aa  53.5  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4526  hypothetical protein  27.11 
 
 		 368 aa  52.8  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2249  Relaxase/mobilization nuclease family protein  31.01 
 
 		 368 aa  52  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0176  Relaxase/mobilization nuclease family protein  29.15 
 
 		 349 aa  47.8  0.0009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0486311 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4977  hypothetical protein  32.74 
 
 		 377 aa  47  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4359  relaxase/mobilization nuclease family protein  28.57 
 
 		 400 aa  45.8  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.738974 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0148  relaxase/mobilization nuclease domain-containing protein  22.22 
 
 		 540 aa  44.7  0.008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00412504  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3793  relaxase/mobilization nuclease domain-containing protein  28.03 
 
 		 736 aa  44.3  0.009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00267002  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>