More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9084 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011984  Avi_9084  transcriptional regulator AraC family  100 
 
 		 315 aa  642    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 322 aa  95.5  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  31.13 
 
 		 292 aa  94.4  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  43.12 
 
 		 303 aa  90.5  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  40.98 
 
 		 160 aa  89  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 304 aa  88.2  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 285 aa  88.2  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  37.96 
 
 		 309 aa  87.4  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  40.78 
 
 		 289 aa  85.9  8e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  30.84 
 
 		 293 aa  85.9  9e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 307 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  29.68 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 353 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 289 aa  83.6  0.000000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  34.46 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 290 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 301 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3315  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 281 aa  81.3  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.024617  hitchhiker  0.00000399067 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 311 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 311 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 311 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 301 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  33.78 
 
 		 272 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 311 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 301 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 301 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  43.16 
 
 		 287 aa  80.1  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  38.32 
 
 		 293 aa  80.1  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 291 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5912  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 281 aa  79.7  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  39.25 
 
 		 312 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  39 
 
 		 298 aa  79  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  35.26 
 
 		 292 aa  78.6  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4223  transcriptional regulator, AraC family  35.37 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4111  transcriptional regulator, AraC family  35.37 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.596036  normal  0.240547 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  43.01 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  42.11 
 
 		 148 aa  77.4  0.0000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  35.14 
 
 		 326 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 316 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  44.21 
 
 		 300 aa  77  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  36.7 
 
 		 346 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 274 aa  76.3  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 316 aa  75.9  0.0000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 312 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  39.42 
 
 		 347 aa  75.9  0.0000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 291 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  32.72 
 
 		 282 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  38.83 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1673  AraC family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 314 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310754 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  31.28 
 
 		 331 aa  75.5  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6896  AraC family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 275 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.770331  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0500  ThiJ/PfpI domain protein  34.13 
 
 		 346 aa  75.1  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.262887  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5796  transcriptional regulator, AraC family  42.27 
 
 		 317 aa  75.1  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 299 aa  74.3  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0936  transcriptional regulator, AraC family  36.91 
 
 		 289 aa  75.1  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.352467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  29.79 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 311 aa  74.7  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  24.72 
 
 		 287 aa  73.9  0.000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  35.58 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5909  transcriptional regulator, AraC family  38.54 
 
 		 291 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.678896 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5000  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0574  AraC family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 311 aa  74.3  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0798057  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 291 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 278 aa  74.3  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5860  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 316 aa  73.6  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 291 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2981  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 251 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6879  transcriptional regulator, AraC family  38.54 
 
 		 291 aa  73.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0489024  normal  0.393248 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 327 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 315 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 315 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 315 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  38.32 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 291 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 279 aa  73.2  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  32.67 
 
 		 332 aa  73.2  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 319 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3612  helix-turn-helix domain-containing protein  39 
 
 		 144 aa  73.2  0.000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 332 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002090  transcriptional regulator AraC/XylS family  31.37 
 
 		 265 aa  72.8  0.000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 315 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 296 aa  72.8  0.000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2369  transcriptional regulator  37.86 
 
 		 368 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  32.69 
 
 		 304 aa  72.8  0.000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0584  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37 
 
 		 164 aa  72.4  0.000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  41.05 
 
 		 157 aa  72.4  0.000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4318  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 305 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219342 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 330 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  35.79 
 
 		 291 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>