124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8325 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011982  Avi_8325  conjugal transfer protein TrbG  100 
 
 
284 aa  579  1e-164  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000831167  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9259  conjugal transfer protein TrbG  84.86 
 
 
296 aa  498  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5490  conjugal transfer protein TrbG  85.14 
 
 
273 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26878  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4561  conjugal transfer protein TrbG  81.78 
 
 
279 aa  420  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.843427  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5384  conjugal transfer protein TrbG  79.03 
 
 
270 aa  420  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0585815 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9650  conjugal transfer protein TrbG  65.02 
 
 
273 aa  340  2e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0266012  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4269  conjugal transfer protein TrbG  43.41 
 
 
299 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.166546  normal  0.0145862 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6507  conjugal transfer protein TrbG  43.41 
 
 
299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0761422  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6630  conjugal transfer protein TrbG  43.41 
 
 
299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2230  conjugal transfer protein TrbG  41.64 
 
 
296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.938965  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0052  conjugal transfer protein TrbG  42.25 
 
 
295 aa  195  6e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1666  P-type conjugative transfer protein TrbG  37.29 
 
 
338 aa  172  7.999999999999999e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2996  P-type conjugative transfer protein TrbG  41.43 
 
 
347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.646322 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3094  P-type conjugative transfer protein TrbG  41.43 
 
 
355 aa  160  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4696  P-type conjugative transfer protein TrbG  34.21 
 
 
292 aa  159  6e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0169  P-type conjugative transfer protein TrbG  41.83 
 
 
278 aa  155  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.227252  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0741  P-type conjugative transfer protein TrbG  40.69 
 
 
341 aa  152  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.9588 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3992  P-type conjugative transfer protein TrbG  39.05 
 
 
350 aa  151  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0363697  normal  0.115635 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2886  P-type conjugative transfer protein TrbG  40.2 
 
 
341 aa  150  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.361608  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1842  P-type conjugative transfer protein TrbG  41.07 
 
 
339 aa  149  4e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.254623  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0603  P-type conjugative transfer protein TrbG  39.05 
 
 
350 aa  149  7e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2478  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  39.15 
 
 
283 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.197669  normal  0.278704 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2034  P-type conjugative transfer protein TrbG  42.27 
 
 
327 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.466977  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2354  P-type conjugative transfer protein TrbG  41.41 
 
 
312 aa  144  1e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.557351  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3835  P-type conjugative transfer protein TrbG  39.71 
 
 
341 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3893  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  40.67 
 
 
334 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.913527  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2832  P-type conjugative transfer protein TrbG  39.13 
 
 
357 aa  142  8e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.471623  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0310  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  38.79 
 
 
343 aa  140  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3533  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  38.28 
 
 
346 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.567814 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2092  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  39.23 
 
 
339 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277798  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1712  P-type conjugative transfer protein TrbG  40.18 
 
 
314 aa  139  4.999999999999999e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000367277  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1005  P-type conjugative transfer protein TrbG  37.32 
 
 
328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0959  P-type conjugative transfer protein TrbG  38.68 
 
 
333 aa  136  5e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2606  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  36.36 
 
 
337 aa  135  9e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2510  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.33 
 
 
260 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.108506  normal  0.474909 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7448  putative conjugal transfer protein trbG  38.57 
 
 
328 aa  132  6.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2275  P-type conjugative transfer protein TrbG  32.38 
 
 
266 aa  130  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.210021  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3699  P-type conjugative transfer protein TrbG  37.32 
 
 
338 aa  130  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1324  P-type conjugative transfer protein TrbG  39.34 
 
 
329 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141371  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2316  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  35.89 
 
 
318 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.012474  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  40.44 
 
 
337 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250287  normal  0.746968 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3498  P-type conjugative transfer protein TrbG  40.11 
 
 
330 aa  127  3e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1290  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  39.34 
 
 
330 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2012  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  38.8 
 
 
334 aa  125  6e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.62042  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2358  P-type conjugative transfer protein TrbG  38.8 
 
 
333 aa  125  7e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.104041  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2576  conjugal transfer lipoprotein TrbG  38.8 
 
 
334 aa  125  8.000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.515987  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1349  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  41.24 
 
 
330 aa  125  9e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000992515  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1558  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  40.68 
 
 
333 aa  124  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00584064  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3698  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  40.68 
 
 
330 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0734  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  40.68 
 
 
334 aa  123  3e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.515891  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1903  P-type conjugative transfer protein TrbG  40.45 
 
 
330 aa  123  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11675  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1507  conjugal transfer protein trbG  38.14 
 
 
327 aa  123  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642267  normal  0.552151 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0430  P-type conjugative transfer protein TrbG  40.68 
 
 
329 aa  123  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127006  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3859  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  35.89 
 
 
328 aa  123  4e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0174658  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2652  P-type conjugative transfer protein TrbG  39.55 
 
 
331 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.190943  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2691  P-type conjugative transfer protein TrbG  38.07 
 
 
333 aa  122  5e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.239793  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35640  P-type conjugative transfer protein TrbG  39.55 
 
 
298 aa  122  6e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0847602  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1186  P-type conjugative transfer protein TrbG  33.49 
 
 
326 aa  122  6e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3549  P-type conjugative transfer protein TrbG  33.49 
 
 
326 aa  122  6e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30860  TrbG-like protein  40.11 
 
 
329 aa  122  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000570551  unclonable  3.4703699999999997e-22 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2903  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  40.11 
 
 
326 aa  122  8e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.369885  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3372  putative conjugal transfer protein trbG  39.71 
 
 
315 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.207123  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0501  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.49 
 
 
326 aa  120  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741964  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7749  putative conjugal transfer protein trbG  35.1 
 
 
298 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.359845  normal  0.0621057 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5215  P-type conjugative transfer protein TrbG  33.09 
 
 
355 aa  120  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1147  P-type conjugative transfer protein TrbG  37.93 
 
 
293 aa  120  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0691  P-type conjugative transfer protein TrbG  34.93 
 
 
338 aa  119  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0148  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  34.45 
 
 
334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.51257  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1476  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.49 
 
 
342 aa  111  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.278158  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2344  P-type conjugative transfer protein TrbG  32.29 
 
 
348 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3220  P-type conjugative transfer protein TrbG  33.97 
 
 
342 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000858475  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3202  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.01 
 
 
347 aa  107  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.243978  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5368  P-type conjugative transfer protein TrbG  33.18 
 
 
345 aa  106  4e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.151828  normal  0.266795 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6300  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  33.19 
 
 
303 aa  99.8  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4755  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  34.86 
 
 
255 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5192  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.67 
 
 
293 aa  90.5  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0164987  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1527  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.67 
 
 
293 aa  90.5  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5456  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.26 
 
 
268 aa  88.2  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0200156 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5236  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.5 
 
 
290 aa  85.9  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385034  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3814  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.32 
 
 
231 aa  85.5  9e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.204788 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6570  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.16 
 
 
293 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4253  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.8 
 
 
270 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3981  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.12 
 
 
231 aa  80.5  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.813501  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3646  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.12 
 
 
231 aa  80.1  0.00000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0387032 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5546  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.08 
 
 
291 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0259324 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  29.47 
 
 
269 aa  73.6  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  26.86 
 
 
267 aa  73.2  0.000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1187  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.18 
 
 
231 aa  71.6  0.00000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4172  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.04 
 
 
269 aa  70.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3696  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.57 
 
 
272 aa  71.2  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.831321 
 
 
-
 
NC_002978  WD1104  hypothetical protein  28.57 
 
 
260 aa  70.5  0.00000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6212  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.81 
 
 
277 aa  70.1  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0737983 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0210  type IV secretion system protein VirB9  28.49 
 
 
266 aa  69.7  0.00000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.332036  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0896  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.87 
 
 
282 aa  69.7  0.00000000006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4557  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.84 
 
 
269 aa  68.9  0.00000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.630159  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  27.51 
 
 
269 aa  68.2  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0742  type IV secretion system protein VirB9  27.81 
 
 
240 aa  58.5  0.0000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.11776  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0257  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  27.95 
 
 
366 aa  57  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.513383  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5003  P-type conjugative transfer protein VirB9  26.03 
 
 
285 aa  56.2  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.341175  normal  0.712653 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0159  hypothetical protein  28.43 
 
 
250 aa  55.8  0.0000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>