More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8146 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011982  Avi_8146  spermidine/putrescine binding protein of ABC transporter  100 
 
 
371 aa  769    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00458388  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3851  extracellular solute-binding protein family 1  25.34 
 
 
353 aa  104  3e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0852756  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0375  extracellular solute-binding protein family 1  28.46 
 
 
365 aa  90.9  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00751674  decreased coverage  0.000421612 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 
363 aa  89.7  7e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  24.85 
 
 
349 aa  89.4  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5285  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  29.55 
 
 
360 aa  88.6  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.416451  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0747  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 
354 aa  85.5  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.389252  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0894  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 
370 aa  84  0.000000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 
373 aa  84  0.000000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  29.5 
 
 
369 aa  82  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  23.53 
 
 
345 aa  82.4  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1769  extracellular solute-binding protein family 1  26.26 
 
 
351 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  22.44 
 
 
345 aa  82  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 
387 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 
387 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  26.21 
 
 
350 aa  81.3  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 
387 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  27.12 
 
 
348 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6036  extracellular solute-binding protein family 1  26.09 
 
 
358 aa  80.1  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.62779 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1850  extracellular solute-binding protein  27.46 
 
 
366 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.954804  decreased coverage  0.00256216 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.52 
 
 
353 aa  80.1  0.00000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  28.36 
 
 
364 aa  79.7  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0633  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  27.08 
 
 
363 aa  79.7  0.00000000000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.176739  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2225  extracellular solute-binding protein family 1  26.9 
 
 
371 aa  79.7  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  28.08 
 
 
357 aa  79.3  0.00000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 
363 aa  79  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2990  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 
371 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.840275  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1241  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 
371 aa  78.6  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.447743  normal 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4852  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 
384 aa  78.2  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0698456  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 
371 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2382  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 
371 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.721841  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2996  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 
371 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.625226  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 
366 aa  77  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6181  extracellular solute-binding protein family 1  24.84 
 
 
369 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0910  extracellular solute-binding protein  27.42 
 
 
360 aa  76.6  0.0000000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3360  extracellular solute-binding protein  27.57 
 
 
371 aa  76.6  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.421619  normal  0.0114368 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  25.17 
 
 
351 aa  76.3  0.0000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  30 
 
 
365 aa  76.6  0.0000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0407  extracellular solute-binding protein family 1  27 
 
 
365 aa  76.3  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000173672 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2135  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 
368 aa  75.9  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2188  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 
367 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.414153  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1501  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 
371 aa  75.9  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3635  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 
358 aa  75.9  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.248377 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 
371 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 
371 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2045  extracellular solute-binding protein  25.76 
 
 
367 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.76929  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3719  periplasmic polyamine-binding protein, putative  25.76 
 
 
367 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0307875  normal  0.343759 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  25.39 
 
 
357 aa  74.7  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7525  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.32 
 
 
372 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.349895  normal  0.874813 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2779  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.56 
 
 
371 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  29.39 
 
 
366 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4502  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.51 
 
 
360 aa  75.1  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  27.25 
 
 
366 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.05 
 
 
372 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02285  hypothetical protein  22.66 
 
 
345 aa  73.9  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1264  transcription factor jumonji, JmjC  23.84 
 
 
366 aa  73.2  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2082  extracellular solute-binding protein  26.18 
 
 
370 aa  73.6  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.472813  normal  0.985512 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  27.21 
 
 
366 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2300  extracellular solute-binding protein family 1  27.41 
 
 
400 aa  73.2  0.000000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3767  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 
385 aa  73.2  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1948  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  25.67 
 
 
373 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  29.39 
 
 
367 aa  72.8  0.000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  22.7 
 
 
340 aa  72.8  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1643  extracellular solute-binding protein  23.4 
 
 
357 aa  72.4  0.00000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  30.69 
 
 
366 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 
350 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.48 
 
 
349 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.48 
 
 
349 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0139  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 
374 aa  72  0.00000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0201839 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.48 
 
 
349 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6065  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 
373 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  30.69 
 
 
366 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.48 
 
 
349 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  30.2 
 
 
366 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3395  extracellular solute-binding protein family 1  27.56 
 
 
416 aa  70.9  0.00000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  25.56 
 
 
366 aa  71.2  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  27.14 
 
 
341 aa  70.9  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2804  extracellular solute-binding protein  21.99 
 
 
353 aa  71.2  0.00000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.336498 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.16 
 
 
349 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  30.69 
 
 
366 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0726  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  24.52 
 
 
409 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0634  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  25.29 
 
 
406 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.820893  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  22.36 
 
 
345 aa  70.9  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3847  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
366 aa  70.9  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4993  extracellular solute-binding protein family 1  25.9 
 
 
346 aa  70.5  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3040  ABC permidine/putrescine transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.85 
 
 
385 aa  70.5  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.276128  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2020  putrescine ABC transport system, binding exported protein  25.29 
 
 
373 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2417  extracellular solute-binding protein family 1  27.72 
 
 
386 aa  69.7  0.00000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1493  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.85 
 
 
355 aa  69.7  0.00000000007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0784207  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2611  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 
396 aa  69.7  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.768707  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0819  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  24.74 
 
 
371 aa  69.7  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2605  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 
396 aa  69.7  0.00000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.111757  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2566  twin-arginine translocation pathway signal  27.8 
 
 
396 aa  69.7  0.00000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0081  Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  32.67 
 
 
404 aa  69.7  0.00000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0373558  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4873  putative spermidine/putrescine transport system substrate-binding protein  25.22 
 
 
360 aa  69.7  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.987187  normal  0.365367 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0815  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.94 
 
 
348 aa  69.3  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0149  extracellular solute-binding protein  25.47 
 
 
380 aa  69.3  0.00000000009  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.489376  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2141  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.94 
 
 
348 aa  69.3  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.315963  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7683  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.44 
 
 
373 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.370067 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 
366 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>