More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8116 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8116  integrase/recombinase  100 
 
 		 335 aa  680    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000851463  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0440  phage integrase  52.91 
 
 		 334 aa  341  1e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3696  integrase family protein  50.61 
 
 		 334 aa  319  3.9999999999999996e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4006  integrase family protein  50.61 
 
 		 334 aa  319  3.9999999999999996e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5937  phage integrase family protein  42.94 
 
 		 329 aa  256  3e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0370  integrase family protein  42.33 
 
 		 332 aa  244  9.999999999999999e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0421  integrase family protein  38.96 
 
 		 329 aa  241  2e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4897  integrase family protein  39.63 
 
 		 336 aa  235  7e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2228  integrase family protein  41.88 
 
 		 330 aa  232  7.000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.763924 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5348  integrase family protein  41.88 
 
 		 330 aa  232  7.000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.464558 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2008  integrase family protein  41.88 
 
 		 330 aa  232  7.000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1217  integrase family protein  38.46 
 
 		 336 aa  222  8e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4385  integrase family protein  38.46 
 
 		 336 aa  222  8e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4359  integrase family protein  38.46 
 
 		 336 aa  222  8e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2982  integrase family protein  38.46 
 
 		 336 aa  222  8e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2281  integrase domain-containing protein  56.63 
 
 		 289 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3505  phage integrase family protein  39.69 
 
 		 330 aa  219  7.999999999999999e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.431904  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0775  integrase family protein  39.26 
 
 		 339 aa  216  2.9999999999999998e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000364623 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5408  phage integrase family protein  38.46 
 
 		 330 aa  216  5e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123433 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7458  integrase family protein  39.74 
 
 		 335 aa  216  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.259677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3266  phage integrase family protein  40.56 
 
 		 330 aa  212  7.999999999999999e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.119927  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1273  phage integrase  34.47 
 
 		 331 aa  207  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.010146 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0600  phage integrase family protein  37.46 
 
 		 329 aa  206  6e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4020  phage integrase family protein  36.84 
 
 		 327 aa  199  3.9999999999999996e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0768  integrase family protein  35.2 
 
 		 337 aa  193  4e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000101801 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6955  integrase family protein  36.79 
 
 		 343 aa  186  5e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7620  integrase family protein  35.96 
 
 		 343 aa  185  9e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.998258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0245  integrase family protein  36.33 
 
 		 333 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1241  phage integrase  36.51 
 
 		 336 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.097797 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0736  integrase/recombinase  34.85 
 
 		 337 aa  181  2e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0738  integrase/recombinase  30.38 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0713  phage integrase  34.44 
 
 		 331 aa  169  4e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0667  integrase family protein  32.26 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.580243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0833  site-specific recombinase, phage integrase family  32.26 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2399  site-specific recombinase, phage integrase family  32.26 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7593  integrase family protein  29.94 
 
 		 331 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2031  integrase family protein  32.26 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0509  site-specific recombinase, phage integrase family  32.26 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0328  integrase family protein  32.26 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.133269 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8259  integrase/recombinase  35.56 
 
 		 246 aa  141  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.483567  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  37.3 
 
 		 296 aa  137  4e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  32.71 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  33.23 
 
 		 309 aa  133  5e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.8 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 298 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  34.48 
 
 		 309 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.8 
 
 		 296 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.71 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.71 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.71 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.71 
 
 		 296 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.8 
 
 		 296 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.71 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  30.87 
 
 		 302 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  33.22 
 
 		 295 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.84 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.59 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  34.18 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.49 
 
 		 298 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.39 
 
 		 296 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.39 
 
 		 296 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  31.99 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.61 
 
 		 299 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.71 
 
 		 296 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  30.07 
 
 		 296 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  32.82 
 
 		 317 aa  127  2.0000000000000002e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  34.25 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  31.25 
 
 		 294 aa  126  5e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  37.77 
 
 		 309 aa  126  5e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  34.8 
 
 		 301 aa  126  6e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  35.13 
 
 		 308 aa  125  8.000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  32.66 
 
 		 294 aa  125  8.000000000000001e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2544  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.09 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  39.57 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.76 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  33.55 
 
 		 298 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0903  tyrosine recombinase XerD  38.72 
 
 		 303 aa  123  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0988  tyrosine recombinase XerD  38.72 
 
 		 303 aa  123  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.252447  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.59 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1067  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.55 
 
 		 305 aa  123  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0319  tyrosine recombinase XerD  36.33 
 
 		 307 aa  123  5e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.944891  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3458  tyrosine recombinase XerD  40.27 
 
 		 303 aa  123  6e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0577  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.12 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0855221  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  33.55 
 
 		 314 aa  122  7e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  30.74 
 
 		 294 aa  122  7e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0369  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.55 
 
 		 305 aa  122  8e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0669  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.55 
 
 		 305 aa  122  8e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5117  tyrosine recombinase XerD  37.39 
 
 		 327 aa  122  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.843466 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  31.27 
 
 		 362 aa  122  9.999999999999999e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0911  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.55 
 
 		 333 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  31.31 
 
 		 293 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0292  tyrosine recombinase XerD  37.4 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2504  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.55 
 
 		 329 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0726  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.1 
 
 		 333 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218987  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0118  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.55 
 
 		 333 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.412982  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1488  tyrosine recombinase XerD  38.91 
 
 		 304 aa  122  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  31.75 
 
 		 346 aa  122  9.999999999999999e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0914  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.55 
 
 		 333 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.1246  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0519  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.01 
 
 		 302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0998774  normal  0.238721 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1948  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.88 
 
 		 318 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>