61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8079 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8079  helicase SNF2 family  100 
 
 		 470 aa  952    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.48311  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4742  N-6 DNA methylase  75.05 
 
 		 1702 aa  721    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9162  helicase SNF2 family  77.66 
 
 		 1697 aa  745    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9541  helicase SNF2 family  82.66 
 
 		 1701 aa  769    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.398827  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0264  hypothetical protein  66.24 
 
 		 1748 aa  599  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4973  helicase domain-containing protein  66.74 
 
 		 1697 aa  598  1e-170  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.664795 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4656  N-6 DNA methylase  69.66 
 
 		 1700 aa  592  1e-168  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4893  DEAD-like helicase  69.49 
 
 		 1417 aa  587  1e-166  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4476  helicase-like  63.09 
 
 		 1703 aa  546  1e-154  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4316  methyltransferase type 11  78.16 
 
 		 1516 aa  421  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3732  helicase domain-containing protein  46.17 
 
 		 1693 aa  351  1e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253895  normal  0.261793 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6184  helicase domain protein  56.58 
 
 		 284 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0111751 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3177  helicase domain protein  36.18 
 
 		 2077 aa  212  1e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4314  adenine-specific DNA methylase-like protein  65.03 
 
 		 246 aa  208  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.1972  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1578  helicase domain-containing protein  36.06 
 
 		 1642 aa  200  6e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.149983 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2546  helicase, C-terminal  35 
 
 		 1669 aa  193  5e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.26749 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1824  helicase domain protein  35.57 
 
 		 2098 aa  189  9e-47  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2221  helicase, C-terminal  35.83 
 
 		 1669 aa  186  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.332048 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4747  helicase domain-containing protein  37.68 
 
 		 1925 aa  183  6e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.099466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4295  helicase-like  32.41 
 
 		 1726 aa  182  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0010  cpp14  30.86 
 
 		 1932 aa  180  5.999999999999999e-44  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0437256  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4540  helicase domain protein  38.55 
 
 		 1606 aa  178  2e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a002  DNA methylase/helicase  30.23 
 
 		 1934 aa  167  2.9999999999999998e-40  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0978124  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4301  helicase, C-terminal  30.53 
 
 		 1649 aa  166  6.9999999999999995e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.182147 
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4173  helicase domain-containing protein  40.61 
 
 		 1575 aa  162  1e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0870  SNF2-related protein  36.15 
 
 		 2005 aa  162  1e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4933  helicase domain protein  34.78 
 
 		 1956 aa  156  8e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2730  helicase domain protein  38.13 
 
 		 1722 aa  155  1e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.52816  normal  0.452434 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4914  helicase  29.43 
 
 		 1706 aa  154  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6722  Methyltransferase type 11  32.94 
 
 		 1674 aa  153  5e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1280  SNF2 family protein  32.12 
 
 		 2274 aa  152  2e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.459246  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4259  helicase domain-containing protein  34.41 
 
 		 2570 aa  145  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5797  methyltransferase type 11  37.6 
 
 		 577 aa  126  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.295406  hitchhiker  4.23938e-17 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5280  methyltransferase type 11  38.06 
 
 		 1594 aa  120  6e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00107926  unclonable  0.0024977 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0160  Cpp14  26.8 
 
 		 2117 aa  110  8.000000000000001e-23  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.296407  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0796  hypothetical protein  31.13 
 
 		 339 aa  86.3  0.000000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2349  hypothetical protein  29.92 
 
 		 341 aa  77  0.0000000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0743518  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1570  hypothetical protein  28 
 
 		 341 aa  74.7  0.000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.447914  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3075  DEAD-like helicase  25.15 
 
 		 1328 aa  73.9  0.000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1468  adenine-specific DNA methylase  26.86 
 
 		 254 aa  65.5  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00771536 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4142  N-6 DNA methylase  26.94 
 
 		 503 aa  56.6  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0329  type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  27.27 
 
 		 557 aa  53.1  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0588  Eco57I restriction endonuclease  28.28 
 
 		 527 aa  50.1  0.0001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.274467  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0554  modification methyltransferase  29.26 
 
 		 423 aa  50.1  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359419  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1514  methyltransferase small  27.88 
 
 		 466 aa  49.7  0.0001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.271049  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2778  N-6 DNA methylase  26.56 
 
 		 405 aa  48.5  0.0002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  3.63238e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0512  type I restriction modification system M subunit (site-specific DNA-methyltransferase subunit)  22.12 
 
 		 489 aa  48.9  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3999  N-6 DNA methylase  24.86 
 
 		 523 aa  48.5  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00695181 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0559  hypothetical protein  28.44 
 
 		 234 aa  47.8  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.988646  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0147  methyltransferase small domain-containing protein  28.37 
 
 		 235 aa  47.8  0.0004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0686995  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0805  N-6 DNA methylase  28.92 
 
 		 484 aa  47  0.0008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.614419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1379  modification methylase NspV  33.65 
 
 		 534 aa  46.2  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3373  methyltransferase small  31.58 
 
 		 243 aa  46.6  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0772935  normal  0.241252 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2095  N-6 DNA methylase  26.4 
 
 		 506 aa  45.4  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.866989  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3541  N-6 DNA methylase  32.08 
 
 		 524 aa  45.8  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3247  N-6 DNA methylase  29.82 
 
 		 748 aa  44.7  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1949  UDP-MurNac-pentapeptide presynthetase  31.4 
 
 		 237 aa  44.3  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000302465  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1130  N-6 DNA methylase  29.46 
 
 		 553 aa  43.9  0.006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4383  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  29.63 
 
 		 489 aa  43.5  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.348907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2027  N-6 DNA methylase  31.19 
 
 		 513 aa  43.5  0.009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128967 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3088  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  28.45 
 
 		 502 aa  43.1  0.01  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.143322  normal  0.282714 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>