35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7680 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7680  porin B  100 
 
 		 464 aa  952    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00131365  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5314  Carbohydrate-selective porin  52.4 
 
 		 459 aa  479  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.385247  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5528  Carbohydrate-selective porin OprB  49.35 
 
 		 459 aa  472  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0703948  hitchhiker  0.0000405618 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2023  Carbohydrate-selective porin protein  47.28 
 
 		 477 aa  425  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0980968  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5080  Carbohydrate-selective porin  43.08 
 
 		 449 aa  381  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.66418  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1436  Carbohydrate-selective porin OprB  23.09 
 
 		 481 aa  80.1  0.00000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  23.09 
 
 		 494 aa  80.1  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3871  Carbohydrate-selective porin OprB  20.57 
 
 		 484 aa  79.7  0.00000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0231495 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  22.9 
 
 		 492 aa  79.7  0.00000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  22.9 
 
 		 486 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  22.62 
 
 		 486 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  22.62 
 
 		 486 aa  77  0.0000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3797  Carbohydrate-selective porin OprB  19.77 
 
 		 484 aa  73.2  0.000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.577348 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3489  carbohydrate-selective porin OprB  20 
 
 		 493 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  22.76 
 
 		 452 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  27.4 
 
 		 440 aa  67  0.0000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1366  Carbohydrate-selective porin OprB  23.37 
 
 		 461 aa  63.9  0.000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  27.4 
 
 		 452 aa  62  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  24.26 
 
 		 501 aa  60.1  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  24.85 
 
 		 510 aa  59.7  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10870  hypothetical protein  21.86 
 
 		 434 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00009778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  25.77 
 
 		 452 aa  56.6  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  28.47 
 
 		 453 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  27.85 
 
 		 453 aa  53.5  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  25.63 
 
 		 454 aa  53.1  0.000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  26.62 
 
 		 454 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  31.91 
 
 		 453 aa  50.1  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  24.84 
 
 		 425 aa  47.4  0.0005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  30.94 
 
 		 444 aa  47.4  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  30.61 
 
 		 447 aa  46.6  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  35.11 
 
 		 444 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  35.11 
 
 		 444 aa  45.8  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  30.61 
 
 		 447 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  28.48 
 
 		 447 aa  45.1  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  30.61 
 
 		 447 aa  45.1  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>