More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7661 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 
301 aa  610  1e-174  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  73.33 
 
 
301 aa  455  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  73.33 
 
 
306 aa  454  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  44.85 
 
 
302 aa  250  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  44.85 
 
 
323 aa  244  1e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  45.03 
 
 
313 aa  235  8e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  42.71 
 
 
307 aa  234  2e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  39.87 
 
 
316 aa  224  1e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  42.03 
 
 
307 aa  221  1e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.66 
 
 
305 aa  217  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  40.96 
 
 
305 aa  210  2e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  40.96 
 
 
305 aa  210  2e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  40.61 
 
 
305 aa  209  4e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  4.1726e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  40.61 
 
 
305 aa  209  4e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.90292e-08  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  40.61 
 
 
305 aa  209  4e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  5.72709e-09  normal  0.465707 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 
305 aa  209  4e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  4.20428e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  40.61 
 
 
305 aa  209  4e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  40.61 
 
 
305 aa  209  4e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  40.34 
 
 
307 aa  204  1e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.43153e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 
312 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
316 aa  174  2e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
316 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 
328 aa  170  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
335 aa  165  1e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
310 aa  156  3e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 
323 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 
308 aa  153  3e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 
305 aa  148  1e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
310 aa  148  1e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 
316 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 
320 aa  141  1e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
309 aa  140  2e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 
324 aa  141  2e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
306 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
306 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
306 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  28.17 
 
 
339 aa  139  7e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  33.65 
 
 
324 aa  138  9e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 
316 aa  135  7e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
313 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
320 aa  133  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
308 aa  132  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 
310 aa  131  1e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 
341 aa  130  2e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 
317 aa  130  2e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
302 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 
313 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
308 aa  130  4e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 
317 aa  129  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3132  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 
308 aa  129  7e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.168013  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
303 aa  128  1e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
345 aa  128  1e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
308 aa  127  2e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
308 aa  127  2e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  29.33 
 
 
308 aa  127  2e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  5.0568e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  29.67 
 
 
308 aa  128  2e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
308 aa  127  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
308 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 
306 aa  125  9e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 
324 aa  125  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 
320 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 
299 aa  120  4e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
309 aa  119  5e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 
311 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 
306 aa  118  1e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 
336 aa  117  2e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 
300 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 
292 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 
320 aa  115  6e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  28.66 
 
 
318 aa  115  7e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 
325 aa  115  7e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 
314 aa  115  1e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 
327 aa  115  1e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  28.14 
 
 
320 aa  114  2e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
313 aa  114  2e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 
310 aa  113  4e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 
332 aa  113  4e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 
319 aa  111  1e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 
311 aa  111  1e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  26.16 
 
 
300 aa  110  2e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  26.85 
 
 
331 aa  110  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  26.88 
 
 
300 aa  109  4e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 
306 aa  109  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 
315 aa  109  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2563  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 
308 aa  108  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00385912  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 
312 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
305 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3638  transcriptional regulator, LysR family  26.9 
 
 
308 aa  107  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.59787e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 
329 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
333 aa  106  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1253  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 
308 aa  106  5e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0013481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2773  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 
308 aa  106  5e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.07011e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2694  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 
308 aa  106  5e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  2.01069e-12  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02308  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.55 
 
 
308 aa  105  7e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  8.41101e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02269  hypothetical protein  26.55 
 
 
308 aa  105  7e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  6.58143e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1270  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 
308 aa  105  7e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  1.0142e-07  hitchhiker  0.000508597 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2543  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 
308 aa  105  7e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.81621e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1833  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 
317 aa  105  1e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.76 
 
 
307 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 
295 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>