More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7613 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03325  nickel transporter subunit  63.01 
 
 		 524 aa  689    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0239  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  63.2 
 
 		 524 aa  692    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4816  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  63.39 
 
 		 524 aa  692    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0804  nickel ABC transporter, nickel-binding protein, putative  75.1 
 
 		 526 aa  818    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3845  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  63.3 
 
 		 524 aa  689    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7613  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  100 
 
 		 526 aa  1090    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0754  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  75.1 
 
 		 526 aa  818    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3675  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  63.2 
 
 		 524 aa  691    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2277  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding  69.59 
 
 		 553 aa  731    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0883096  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3760  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  63.2 
 
 		 524 aa  691    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0240  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  63.2 
 
 		 524 aa  691    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3958  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  63.2 
 
 		 524 aa  691    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1834  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  64.57 
 
 		 523 aa  687    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.250373  hitchhiker  0.0023879 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03278  hypothetical protein  63.01 
 
 		 524 aa  689    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2402  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  56.06 
 
 		 538 aa  599  1e-170  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6076  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  56.78 
 
 		 524 aa  588  1e-167  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.814144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3005  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  55.17 
 
 		 488 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.441724 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3342  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  55 
 
 		 524 aa  558  1e-157  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1321  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  50.19 
 
 		 513 aa  544  1e-153  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000477414  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0351  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  50.39 
 
 		 532 aa  533  1e-150  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1032  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  45.83 
 
 		 544 aa  451  1e-125  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000591223  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0273  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  46.85 
 
 		 525 aa  451  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2033  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  43.99 
 
 		 530 aa  448  1.0000000000000001e-124  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0020  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  43.5 
 
 		 539 aa  441  9.999999999999999e-123  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00232018  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2761  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  44.85 
 
 		 524 aa  433  1e-120  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0902479  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1518  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  38.72 
 
 		 538 aa  389  1e-107  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000374669  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2543  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  35.56 
 
 		 532 aa  363  5.0000000000000005e-99  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0657942  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2494  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  35.56 
 
 		 532 aa  363  5.0000000000000005e-99  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0259695  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2372  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  34.74 
 
 		 532 aa  349  6e-95  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0542  extracellular solute-binding protein family 5  30.09 
 
 		 537 aa  228  2e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.578152 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5619  extracellular solute-binding protein  29.92 
 
 		 526 aa  226  9e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3973  extracellular solute-binding protein family 5  28.44 
 
 		 549 aa  224  4e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0473  nickel ABC transporter, solute-binding protein  32.12 
 
 		 538 aa  219  1e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1771  extracellular solute-binding protein family 5  31.25 
 
 		 547 aa  216  8e-55  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0689  extracellular solute-binding protein family 5  32.44 
 
 		 544 aa  215  9.999999999999999e-55  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0062  ABC nickel transporter, periplasmic ligand binding protein  30.83 
 
 		 511 aa  206  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.88 
 
 		 516 aa  193  5e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  27.71 
 
 		 512 aa  180  4e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  30.86 
 
 		 524 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2767  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 555 aa  171  3e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3603  extracellular solute-binding protein family 5  29.94 
 
 		 542 aa  170  5e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0645  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  33.33 
 
 		 524 aa  170  6e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  27.96 
 
 		 520 aa  169  8e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.19 
 
 		 545 aa  167  5e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  28.86 
 
 		 509 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  28.49 
 
 		 509 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49168  predicted protein  30.45 
 
 		 597 aa  166  1.0000000000000001e-39  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  27.45 
 
 		 519 aa  163  7e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0428  extracellular solute-binding protein family 5  28.99 
 
 		 537 aa  160  4e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0507  extracellular solute-binding protein family 5  28.79 
 
 		 537 aa  160  6e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3479  extracellular solute-binding protein  27.86 
 
 		 546 aa  159  1e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.116614  normal  0.0951056 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3479  extracellular solute-binding protein family 5  28.27 
 
 		 541 aa  157  4e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  30.02 
 
 		 551 aa  157  4e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5184  ABC-type transporter, substrate binding protein  32.88 
 
 		 550 aa  157  6e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.532866  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  27.77 
 
 		 559 aa  156  9e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  29.88 
 
 		 534 aa  156  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.87 
 
 		 538 aa  155  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12220  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.35 
 
 		 550 aa  155  2e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.91 
 
 		 511 aa  154  2.9999999999999998e-36  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.14 
 
 		 534 aa  152  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3039  4-phytase  28.32 
 
 		 518 aa  152  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0365  extracellular solute-binding protein family 5  28.86 
 
 		 517 aa  152  2e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  26.92 
 
 		 535 aa  152  2e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6171  4-phytase  28.1 
 
 		 546 aa  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1266  extracellular solute-binding protein  28.1 
 
 		 546 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.335203  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6565  extracellular solute-binding protein  28.1 
 
 		 546 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0953437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1569  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.42 
 
 		 511 aa  150  5e-35  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4832  putative ABC transporter (substrate binding protein)  30.51 
 
 		 551 aa  150  6e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264059  normal  0.92248 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  27.67 
 
 		 538 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  28.45 
 
 		 528 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  27.59 
 
 		 541 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  28.6 
 
 		 531 aa  148  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  31.03 
 
 		 489 aa  147  4.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1935  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.98 
 
 		 511 aa  146  1e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  29.41 
 
 		 526 aa  145  2e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  24.95 
 
 		 519 aa  145  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2382  peptide ABC transporter  29.48 
 
 		 560 aa  145  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2930  extracellular solute-binding protein family 5  26.87 
 
 		 531 aa  144  3e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.892948  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  28.43 
 
 		 508 aa  145  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  31.62 
 
 		 542 aa  144  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2116  hypothetical protein  24.24 
 
 		 510 aa  144  4e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  25.68 
 
 		 534 aa  143  8e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2115  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 		 511 aa  143  9e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.435863  normal  0.188347 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 		 540 aa  143  9e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1531  extracellular solute-binding protein family 5  26.49 
 
 		 531 aa  142  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  31.3 
 
 		 492 aa  142  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  24.71 
 
 		 521 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.47 
 
 		 511 aa  142  1.9999999999999998e-32  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1599  extracellular solute-binding protein family 5  27.93 
 
 		 535 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.525219 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.98 
 
 		 539 aa  141  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  24.71 
 
 		 521 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.71 
 
 		 521 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  24.71 
 
 		 521 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  24.71 
 
 		 521 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3152  extracellular solute-binding protein family 5  30.03 
 
 		 506 aa  140  4.999999999999999e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2678  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 		 500 aa  140  6e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00233729  normal  0.64261 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.74 
 
 		 540 aa  140  6e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  31.08 
 
 		 494 aa  140  7.999999999999999e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1253  extracellular solute-binding protein family 5  26.68 
 
 		 517 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.245274  normal  0.49371 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0241  extracellular solute-binding protein family 5  27.52 
 
 		 551 aa  139  1e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.161576  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>