91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7577 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7577  Biotin synthase-related enzyme  100 
 
 		 323 aa  663    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.146272  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0057  Radical SAM domain protein  76.73 
 
 		 367 aa  510  1e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.615692  normal  0.0888986 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5394  Radical SAM domain protein  77.04 
 
 		 367 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.313238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0246  radical SAM domain-containing protein  74.53 
 
 		 367 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0560  Radical SAM domain protein  71.7 
 
 		 360 aa  484  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1993  Radical SAM domain protein  73.35 
 
 		 370 aa  476  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3477  hypothetical protein  72.24 
 
 		 359 aa  476  1e-133  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1409  hypothetical protein  68.55 
 
 		 356 aa  463  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2103  radical SAM domain-containing protein  71.29 
 
 		 362 aa  459  9.999999999999999e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.938739  normal  0.248825 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2714  Radical SAM domain protein  67.92 
 
 		 356 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4562  radical SAM domain-containing protein  68.87 
 
 		 360 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.343645  normal  0.720303 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2620  Radical SAM domain protein  64.98 
 
 		 371 aa  430  1e-119  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0838  Elongator protein 3/MiaB/NifB  58.36 
 
 		 365 aa  380  1e-104  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.195743  normal  0.168484 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1109  Elongator protein 3/MiaB/NifB  56.66 
 
 		 362 aa  375  1e-103  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.370435 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13141  hypothetical protein  55.84 
 
 		 362 aa  375  1e-103  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4750  Radical SAM domain protein  55.31 
 
 		 379 aa  352  5e-96  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.219205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2060  Radical SAM domain protein  50.35 
 
 		 374 aa  270  2e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6661  radical SAM domain-containing protein  50 
 
 		 337 aa  263  2e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000604358  normal  0.799079 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1221  radical SAM domain-containing protein  48.75 
 
 		 356 aa  251  2e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142364 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4690  Radical SAM domain protein  49.64 
 
 		 351 aa  244  9.999999999999999e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0963  hypothetical protein  27.21 
 
 		 380 aa  91.3  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2885  Radical SAM domain protein  26.37 
 
 		 405 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.806461  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0775  radical SAM domain-containing protein  24.48 
 
 		 404 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1164  Radical SAM domain protein  25.09 
 
 		 331 aa  80.1  0.00000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.987774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2001  radical SAM domain-containing protein  27.68 
 
 		 377 aa  79.7  0.00000000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1508  radical SAM domain-containing protein  24.74 
 
 		 266 aa  76.6  0.0000000000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0844  radical SAM domain-containing protein  26.03 
 
 		 421 aa  70.5  0.00000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.757233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0631  radical SAM domain-containing protein  26.1 
 
 		 314 aa  69.3  0.00000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0187035  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0644  Radical SAM domain protein  23.26 
 
 		 390 aa  68.9  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.14053  normal  0.0928811 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2747  hypothetical protein  24.39 
 
 		 401 aa  67.8  0.0000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0196  hypothetical protein  23.39 
 
 		 401 aa  67.8  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2204  radical SAM domain protein  22.97 
 
 		 383 aa  67.4  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0596  radical SAM domain-containing protein  23.9 
 
 		 322 aa  65.1  0.000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.351823  normal  0.189258 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0270  hypothetical protein  24.1 
 
 		 405 aa  65.5  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.901692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2046  radical SAM domain-containing protein  25.12 
 
 		 331 aa  64.7  0.000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0394  radical SAM domain-containing protein  26.38 
 
 		 322 aa  64.3  0.000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2140  Radical SAM domain protein  26.04 
 
 		 323 aa  63.9  0.000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.103642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1803  radical SAM family protein  30.71 
 
 		 321 aa  62.8  0.000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2171  Radical SAM domain protein  22.35 
 
 		 378 aa  61.2  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00159358  decreased coverage  0.000000000651126 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2543  radical SAM domain protein  22.35 
 
 		 378 aa  61.2  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1034  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 375 aa  60.5  0.00000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0230  hypothetical protein  22.47 
 
 		 343 aa  59.3  0.00000009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5825  hypothetical protein  25.41 
 
 		 433 aa  59.3  0.00000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.952499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0445  radical SAM family protein  29.37 
 
 		 349 aa  58.5  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2197  radical SAM family protein  21.01 
 
 		 330 aa  58.2  0.0000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.804971  normal  0.445705 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1662  radical SAM family Fe-S protein  25.3 
 
 		 327 aa  57  0.0000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0756  hypothetical protein  22.27 
 
 		 331 aa  55.5  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000116616 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6000  radical SAM domain-containing protein  24.45 
 
 		 380 aa  52.8  0.000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2906  lipoyl synthase  29.94 
 
 		 298 aa  52.8  0.000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2373  lipoyl synthase  30.29 
 
 		 348 aa  52.4  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3051  lipoyl synthase  29.38 
 
 		 298 aa  51.2  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1727  hypothetical protein  23.47 
 
 		 421 aa  50.4  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1052  Radical SAM domain protein  27.05 
 
 		 366 aa  50.1  0.00005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.652305  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0033  radical SAM domain-containing protein  25.55 
 
 		 296 aa  47.8  0.0002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.531209  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3189  lipoyl synthase  29.55 
 
 		 290 aa  48.1  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.411626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0912  radical SAM domain-containing protein  23.12 
 
 		 295 aa  46.6  0.0005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3791  lipoyl synthase  27.59 
 
 		 350 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5116  lipoyl synthase  28 
 
 		 298 aa  46.6  0.0006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00190183  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2088  Radical SAM domain protein  23.85 
 
 		 351 aa  46.2  0.0007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0096  lipoic acid synthetase  28.09 
 
 		 303 aa  45.8  0.0009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2833  lipoic acid synthetase  28.09 
 
 		 303 aa  45.8  0.0009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5109  lipoyl synthase  27.43 
 
 		 298 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4840  lipoyl synthase  27.43 
 
 		 298 aa  45.4  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000478803  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4682  lipoyl synthase  27.43 
 
 		 298 aa  45.4  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000492626  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4698  lipoyl synthase  27.43 
 
 		 298 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000012904  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5205  lipoyl synthase  27.43 
 
 		 298 aa  45.4  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745622  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5076  lipoyl synthase  27.43 
 
 		 298 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0124  lipoyl synthase  27.43 
 
 		 298 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00208739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1552  lipoyl synthase  28.74 
 
 		 368 aa  45.4  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5114  lipoyl synthase  27.43 
 
 		 298 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000010765  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0572  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  26.36 
 
 		 349 aa  45.4  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00705994  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1558  radical SAM domain-containing protein  24.43 
 
 		 355 aa  45.4  0.001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0417812 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2195  lipoic acid synthetase  26.4 
 
 		 328 aa  45.4  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0919  Radical SAM domain protein  27.37 
 
 		 308 aa  44.7  0.002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000116556  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0116  lipoyl synthase  27.27 
 
 		 334 aa  44.3  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4796  lipoyl synthase  27.43 
 
 		 298 aa  45.1  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000356063  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3568  lipoyl synthase  28 
 
 		 298 aa  45.1  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1738  biotin synthase  22.05 
 
 		 349 aa  43.9  0.003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0107  biotin synthase  28.83 
 
 		 344 aa  44.3  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.156568  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1476  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  22.37 
 
 		 299 aa  44.3  0.003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0962  radical SAM domain-containing protein  18.04 
 
 		 290 aa  44.3  0.003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0906  hypothetical protein  24.22 
 
 		 354 aa  43.9  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000883258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0645  Radical SAM domain protein  32.43 
 
 		 459 aa  43.9  0.004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1503  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  24.07 
 
 		 340 aa  43.1  0.006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.578618  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  28.06 
 
 		 372 aa  43.1  0.006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0210  radical SAM enzyme, Cfr family  22.9 
 
 		 367 aa  43.1  0.007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.128689 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1115  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  27.21 
 
 		 392 aa  42.7  0.008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2740  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  27.21 
 
 		 393 aa  42.7  0.008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2644  lipoyl synthase  26.44 
 
 		 276 aa  42.7  0.008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1757  lipoyl synthase  25.95 
 
 		 308 aa  42.4  0.01  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.43043  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0592  radical SAM domain-containing protein  25.81 
 
 		 419 aa  42.4  0.01  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>