More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7487 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7487  nodulation protein T precursor  100 
 
 
490 aa  991    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5661  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  52.37 
 
 
474 aa  451  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434988 
 
 
-
 
NC_003296  RS05806  putative outer membrane lipoprotein  45.85 
 
 
490 aa  382  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2620  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  45.39 
 
 
476 aa  373  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.250647  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2969  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.21 
 
 
521 aa  336  7e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0473901 
 
 
-
 
NC_003296  RS01780  outer membrane CHANEL lipoprotein  39.78 
 
 
522 aa  304  3.0000000000000004e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3473  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.25 
 
 
525 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0809824  normal  0.12883 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.25 
 
 
525 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3371  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.77 
 
 
484 aa  272  1e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00556392  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4106  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.23 
 
 
485 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0438089  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3900  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.39 
 
 
488 aa  258  1e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362136  normal  0.120633 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2135  putative outer membrane channel lipoprotein  37.44 
 
 
483 aa  258  2e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0693732  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4662  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.88 
 
 
480 aa  253  4.0000000000000004e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4021  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.25 
 
 
483 aa  253  6e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227062  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2412  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.41 
 
 
498 aa  242  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.376385  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3157  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.58 
 
 
480 aa  202  9e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.48 
 
 
509 aa  196  7e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  31.57 
 
 
504 aa  196  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6027  nodulation protein T precursor  29.26 
 
 
483 aa  194  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.33 
 
 
493 aa  194  3e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  30.41 
 
 
489 aa  192  9e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  30.18 
 
 
479 aa  191  2.9999999999999997e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  29.98 
 
 
503 aa  187  5e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.15 
 
 
482 aa  184  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3447  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.98 
 
 
477 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.37 
 
 
518 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.52 
 
 
497 aa  183  6e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  30.42 
 
 
479 aa  181  4e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  34.11 
 
 
520 aa  179  1e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.34 
 
 
489 aa  177  3e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.54 
 
 
473 aa  177  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.91 
 
 
477 aa  177  3e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.02 
 
 
500 aa  177  5e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.81 
 
 
471 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.81 
 
 
471 aa  176  7e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  30.41 
 
 
479 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  31.98 
 
 
465 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.21 
 
 
501 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.57 
 
 
471 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.33 
 
 
465 aa  172  9e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.61 
 
 
502 aa  172  1e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  28.6 
 
 
547 aa  171  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2451  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.1 
 
 
514 aa  168  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.31 
 
 
486 aa  168  2e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.22 
 
 
462 aa  166  8e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  30.5 
 
 
512 aa  166  1.0000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  30.57 
 
 
479 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0868  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.79 
 
 
526 aa  165  2.0000000000000002e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  28.81 
 
 
569 aa  164  3e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.28 
 
 
494 aa  164  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.19 
 
 
471 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.68 
 
 
491 aa  164  5.0000000000000005e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.4 
 
 
496 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.4 
 
 
496 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  29.63 
 
 
518 aa  163  6e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.45 
 
 
492 aa  162  1e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.22 
 
 
512 aa  162  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1620  Outer membrane protein  28.82 
 
 
565 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3271  outer membrane efflux protein OprA  28.87 
 
 
467 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.51 
 
 
457 aa  161  2e-38  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.39 
 
 
513 aa  162  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6515  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.19 
 
 
477 aa  161  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0241936 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1798  hypothetical protein  28.82 
 
 
569 aa  161  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.54 
 
 
475 aa  160  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1641  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  28.82 
 
 
569 aa  161  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.06 
 
 
486 aa  160  5e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.54 
 
 
515 aa  159  8e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4671  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.25 
 
 
464 aa  159  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.68 
 
 
493 aa  159  1e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.17 
 
 
525 aa  159  1e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.28 
 
 
498 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.33 
 
 
486 aa  158  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1481  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.28 
 
 
498 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.497778 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  26.58 
 
 
520 aa  157  3e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6272  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.57 
 
 
558 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397121 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1750  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.04 
 
 
498 aa  157  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0410029 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6558  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.38 
 
 
464 aa  157  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101709  normal  0.434882 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1627  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.69 
 
 
538 aa  157  4e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6156  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.42 
 
 
560 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0572523 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.94 
 
 
483 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2559  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.77 
 
 
527 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.6 
 
 
531 aa  156  7e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.43 
 
 
514 aa  156  7e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.370375  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.84 
 
 
484 aa  156  8e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  26.42 
 
 
478 aa  156  9e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1921  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.43 
 
 
514 aa  156  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.330678  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4305  outer membrane efflux protein  28.44 
 
 
486 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1056  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.43 
 
 
498 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.14613  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0170  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.43 
 
 
498 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0737823  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1427  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.54 
 
 
498 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0987986 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  28.01 
 
 
511 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.68 
 
 
483 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1768  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  30.43 
 
 
493 aa  156  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0996  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.43 
 
 
498 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6558  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.6 
 
 
591 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1745  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  30.43 
 
 
498 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.134149  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6074  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.13 
 
 
464 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1387  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.54 
 
 
498 aa  155  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4373  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.76 
 
 
483 aa  155  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5710  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.13 
 
 
464 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>