62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7450 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7450  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 380 aa  774    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6580  extracellular solute-binding protein family 1  47.51 
 
 		 381 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.384654  normal  0.213985 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5613  ABC transporter substrate binding protein  47.24 
 
 		 395 aa  377  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0532  putative ABC transporter solute-binding protein  26.17 
 
 		 439 aa  94  4e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.96386  normal  0.487675 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0759  putative ABC transporter solute-binding protein  27.24 
 
 		 429 aa  87.8  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4231  putative ABC transporter solute-binding protein  25.33 
 
 		 410 aa  85.1  0.000000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0182  extracellular solute-binding protein  24.26 
 
 		 382 aa  81.6  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.455804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1199  putative ABC transporter solute-binding protein  28.57 
 
 		 430 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.134978 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3703  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 		 377 aa  81.3  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0180  extracellular solute-binding protein family 1  24.64 
 
 		 377 aa  75.5  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2122  putative ABC transporter solute-binding protein  23.05 
 
 		 409 aa  73.6  0.000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.708087 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5538  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  26.58 
 
 		 396 aa  70.5  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5512  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.69 
 
 		 393 aa  69.3  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.142427  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0810  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.72 
 
 		 393 aa  68.9  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0760  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.72 
 
 		 393 aa  68.9  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.372778  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3226  putative ABC transporter solute-binding protein  25.68 
 
 		 401 aa  66.2  0.0000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0901142  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3278  putative ABC transporter solute-binding protein  28.8 
 
 		 408 aa  65.5  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0200  putative ABC transporter solute-binding protein  25.78 
 
 		 401 aa  65.1  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.91232  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1832  putative ABC transporter solute-binding protein  25.78 
 
 		 401 aa  64.7  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.563171 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0791  putative ABC transporter solute-binding protein  28.42 
 
 		 403 aa  65.5  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0518  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  27.2 
 
 		 385 aa  63.5  0.000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2752  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.19 
 
 		 418 aa  63.5  0.000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3337  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.9 
 
 		 394 aa  63.5  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1446  putative ABC transporter solute-binding protein  25.4 
 
 		 401 aa  59.3  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.50777  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1874  extracellular solute-binding protein family 1  25.37 
 
 		 375 aa  58.5  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.58176  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1205  extracellular solute-binding protein  24.61 
 
 		 388 aa  57  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1684  extracellular solute-binding protein  24.61 
 
 		 388 aa  57  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0361  putative ABC transporter solute-binding protein  25.67 
 
 		 380 aa  56.6  0.0000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.083844  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2153  extracellular solute-binding protein  23.62 
 
 		 404 aa  56.6  0.0000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000427732 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4845  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  24.61 
 
 		 388 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0226871  decreased coverage  0.000145502 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1609  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  25.65 
 
 		 388 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.154443 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1562  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 		 385 aa  55.5  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.155307 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6869  extracellular solute-binding protein family 1  25.7 
 
 		 419 aa  55.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1656  extracellular solute-binding protein  24.08 
 
 		 388 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.432631  normal  0.449187 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2959  putative ABC transporter solute-binding protein  22.11 
 
 		 419 aa  55.1  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1236  hypothetical protein  23 
 
 		 429 aa  54.7  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1590  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  24.61 
 
 		 388 aa  54.7  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4279  extracellular solute-binding protein family 1  23.95 
 
 		 389 aa  53.9  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.796314  normal  0.290658 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4443  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 		 392 aa  53.5  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2068  putative ABC transporter solute-binding protein  25.62 
 
 		 424 aa  53.1  0.000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2181  ABC transporter substrate binding protein  25.91 
 
 		 409 aa  53.1  0.000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.459496  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003793  ABC transporter substrate-binding protein YnjB  26.76 
 
 		 386 aa  51.6  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000277117  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2094  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  21.94 
 
 		 377 aa  51.2  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2251  putative ABC transporter solute-binding protein  23.78 
 
 		 399 aa  50.4  0.00005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4046  putative ABC transporter solute-binding protein  27.6 
 
 		 406 aa  50.1  0.00006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.24 
 
 		 363 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2438  hypothetical protein  23.04 
 
 		 409 aa  48.1  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.557423  normal  0.459913 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2194  extracellular solute-binding protein  24.46 
 
 		 414 aa  48.9  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00903267  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4218  spermidine/putrescine transport system substrate-binding protein  24.1 
 
 		 413 aa  47.8  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.244138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0976  putative ABC transporter solute-binding protein  25.85 
 
 		 435 aa  47  0.0005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0656307 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2451  hypothetical protein  30.28 
 
 		 360 aa  46.6  0.0006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  23.81 
 
 		 363 aa  46.6  0.0008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0132  extracellular solute-binding protein  22.92 
 
 		 367 aa  45.8  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.911312  normal  0.781797 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2059  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.89 
 
 		 360 aa  45.4  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.791804  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.14 
 
 		 369 aa  45.4  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2171  extracellular solute-binding protein  29.58 
 
 		 360 aa  45.4  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.56432  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25 
 
 		 370 aa  43.9  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  24.07 
 
 		 369 aa  43.1  0.008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  24.07 
 
 		 369 aa  43.1  0.008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  23.75 
 
 		 369 aa  43.1  0.008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  24.07 
 
 		 369 aa  43.1  0.008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.31 
 
 		 369 aa  42.7  0.009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>