More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7194 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7194  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  100 
 
 
528 aa  1069    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169026  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0872  extracellular solute-binding protein family 5  52.06 
 
 
527 aa  541  1e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3144  extracellular solute-binding protein  49.7 
 
 
526 aa  530  1e-149  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000116165  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2819  extracellular solute-binding protein  48.93 
 
 
529 aa  524  1e-147  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000112764  normal  0.172306 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1240  extracellular solute-binding protein  52.03 
 
 
530 aa  524  1e-147  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4426  extracellular solute-binding protein  50.9 
 
 
556 aa  512  1e-144  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169116  normal  0.480332 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  47.48 
 
 
531 aa  488  1e-136  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4139  extracellular solute-binding protein  44.4 
 
 
528 aa  424  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.414652 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3541  extracellular solute-binding protein family 5  44 
 
 
528 aa  420  1e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4792  extracellular solute-binding protein  44.44 
 
 
528 aa  421  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0663  extracellular solute-binding protein family 5  40.04 
 
 
526 aa  370  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.373149  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1091  extracellular solute-binding protein family 5  39.45 
 
 
528 aa  369  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.264739  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0685  extracellular solute-binding protein  40.04 
 
 
526 aa  370  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0429103 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0255  extracellular solute-binding protein  43.15 
 
 
531 aa  367  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.146115  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1303  extracellular solute-binding protein  39.01 
 
 
544 aa  364  2e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.949785 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0936  extracellular solute-binding protein  40.12 
 
 
526 aa  357  3.9999999999999996e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1300  extracellular solute-binding protein  38.35 
 
 
526 aa  354  2e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.901266 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2113  extracellular solute-binding protein  37.3 
 
 
527 aa  350  5e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142361  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2857  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  39.11 
 
 
532 aa  348  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.207734 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1097  putative binding-dependent transport protein (periplasmic)  39.18 
 
 
528 aa  344  2.9999999999999997e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1815  extracellular solute-binding protein  41.18 
 
 
532 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4474  extracellular solute-binding protein  38.19 
 
 
538 aa  330  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0422  extracellular solute-binding protein  37.55 
 
 
527 aa  327  3e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.147362  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0666  extracellular solute-binding protein family 5  36.98 
 
 
523 aa  317  4e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404568  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0688  extracellular solute-binding protein  36.98 
 
 
523 aa  316  5e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.110035  normal  0.066295 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3143  extracellular solute-binding protein  37.7 
 
 
524 aa  316  7e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0573017  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2822  extracellular solute-binding protein  35.5 
 
 
517 aa  309  5.9999999999999995e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.687608  normal  0.0566169 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0423  extracellular solute-binding protein  37.6 
 
 
527 aa  307  3e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.204725  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5796  extracellular solute-binding protein  35.4 
 
 
526 aa  306  5.0000000000000004e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00815808  hitchhiker  0.00391201 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0877  4-phytase  37.36 
 
 
460 aa  295  2e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  35.52 
 
 
520 aa  287  2.9999999999999996e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  34.91 
 
 
526 aa  271  2.9999999999999997e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  33.78 
 
 
517 aa  255  2.0000000000000002e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  32.76 
 
 
542 aa  254  3e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1829  extracellular solute-binding protein family 5  33.74 
 
 
520 aa  253  6e-66  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  32.01 
 
 
528 aa  252  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1361  extracellular solute-binding protein family 5  32.16 
 
 
516 aa  249  1e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000166548  normal  0.279813 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1792  extracellular solute-binding protein family 5  33.53 
 
 
514 aa  248  1e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0136295  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0275  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide/dipeptide-binding protein  32.92 
 
 
595 aa  246  8e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1686  extracellular solute-binding protein  31.53 
 
 
514 aa  245  1.9999999999999999e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.898408  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2799  extracellular solute-binding protein  32.66 
 
 
520 aa  245  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.741108 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  32.03 
 
 
535 aa  244  3e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  34.34 
 
 
530 aa  244  3.9999999999999997e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0449  extracellular solute-binding protein  34.72 
 
 
520 aa  243  6e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  33.85 
 
 
517 aa  242  1e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  32.08 
 
 
509 aa  240  5e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  34.04 
 
 
519 aa  239  1e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2532  extracellular solute-binding protein  31.35 
 
 
535 aa  236  6e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  32.63 
 
 
533 aa  236  1.0000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  33.53 
 
 
532 aa  231  3e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3706  extracellular solute-binding protein family 5  32.06 
 
 
533 aa  229  1e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  33.4 
 
 
532 aa  228  1e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  32.57 
 
 
526 aa  228  3e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0562  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  30.6 
 
 
518 aa  228  3e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  29.96 
 
 
514 aa  225  2e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2006  transport binding transmembrane protein  32.61 
 
 
528 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  32.45 
 
 
522 aa  218  2e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  32.93 
 
 
549 aa  216  8e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  30.99 
 
 
537 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  30.64 
 
 
516 aa  213  7.999999999999999e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2496  extracellular solute-binding protein  30.84 
 
 
538 aa  212  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0292957  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2474  extracellular solute-binding protein  29.53 
 
 
525 aa  210  5e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  31.95 
 
 
525 aa  209  8e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  30.12 
 
 
516 aa  208  2e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2335  extracellular solute-binding protein  29.75 
 
 
531 aa  208  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913035  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  30.5 
 
 
497 aa  206  6e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  28.74 
 
 
512 aa  203  6e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  30.74 
 
 
521 aa  200  5e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1240  extracellular solute-binding protein  30.47 
 
 
544 aa  196  7e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.602045  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  30.32 
 
 
521 aa  196  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  29.36 
 
 
534 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4690  extracellular solute-binding protein family 5  31.39 
 
 
524 aa  190  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  31.18 
 
 
505 aa  181  4e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2790  extracellular solute-binding protein family 5  26.4 
 
 
527 aa  180  4.999999999999999e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  28.81 
 
 
535 aa  179  1e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3881  extracellular solute-binding protein  31.75 
 
 
515 aa  179  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.441306  normal  0.0413131 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  29.51 
 
 
521 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  29.51 
 
 
521 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  29.51 
 
 
521 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.51 
 
 
521 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  29.51 
 
 
521 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  28.27 
 
 
532 aa  174  3.9999999999999995e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.08 
 
 
510 aa  171  3e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  29.55 
 
 
534 aa  169  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  29.15 
 
 
534 aa  168  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0184  extracellular solute-binding protein family 5  28.27 
 
 
518 aa  166  1.0000000000000001e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1803  extracellular solute-binding protein family 5  29.88 
 
 
499 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0045678  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5265  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  28.8 
 
 
515 aa  160  5e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.154423  normal  0.0706788 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2974  extracellular solute-binding protein  28.37 
 
 
530 aa  159  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0342651 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  27.96 
 
 
512 aa  157  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  27.96 
 
 
512 aa  157  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  27.96 
 
 
512 aa  157  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3653  extracellular solute-binding protein family 5  29.05 
 
 
513 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0310608  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5070  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 
495 aa  155  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27843  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  28.25 
 
 
495 aa  154  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4392  extracellular solute-binding protein  27.02 
 
 
521 aa  153  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  31.38 
 
 
502 aa  152  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3737  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 
517 aa  152  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  28.66 
 
 
510 aa  151  3e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  26.69 
 
 
516 aa  149  9e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>