107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7160 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  73.12 
 
 		 444 aa  682    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  72.44 
 
 		 444 aa  680    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  100 
 
 		 449 aa  920    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  71.88 
 
 		 446 aa  653    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  67.87 
 
 		 446 aa  602  1.0000000000000001e-171  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  63 
 
 		 446 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  63 
 
 		 466 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  64.01 
 
 		 429 aa  571  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  59.01 
 
 		 457 aa  555  1e-157  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  62.44 
 
 		 454 aa  556  1e-157  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  60.38 
 
 		 457 aa  554  1e-156  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  59.21 
 
 		 442 aa  526  1e-148  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  57.28 
 
 		 444 aa  523  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  56.66 
 
 		 443 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0552  hypothetical protein  56.55 
 
 		 441 aa  494  9.999999999999999e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115646  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  54.09 
 
 		 441 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  54.09 
 
 		 441 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43510  hypothetical protein  56.2 
 
 		 441 aa  488  1e-136  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0230529  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  49.55 
 
 		 447 aa  440  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  49.88 
 
 		 444 aa  438  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1435  hypothetical protein  49.27 
 
 		 455 aa  429  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  hitchhiker  0.00000490769 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  42.98 
 
 		 440 aa  389  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  44.88 
 
 		 445 aa  390  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  44.28 
 
 		 445 aa  389  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  44.53 
 
 		 441 aa  381  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  44.23 
 
 		 441 aa  378  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  41.07 
 
 		 443 aa  340  2.9999999999999998e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  39.81 
 
 		 442 aa  337  1.9999999999999998e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  40.67 
 
 		 441 aa  332  9e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  40.67 
 
 		 441 aa  331  1e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  40.18 
 
 		 443 aa  332  1e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  38.94 
 
 		 437 aa  320  3e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  40.49 
 
 		 440 aa  317  4e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  39.18 
 
 		 444 aa  310  2.9999999999999997e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  37.59 
 
 		 440 aa  302  9e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  40.29 
 
 		 429 aa  300  4e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.54 
 
 		 429 aa  299  6e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.54 
 
 		 429 aa  299  7e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  37.5 
 
 		 438 aa  299  7e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  40.05 
 
 		 426 aa  295  8e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  39.71 
 
 		 426 aa  294  3e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  37.84 
 
 		 427 aa  280  4e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4004  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein  36.72 
 
 		 450 aa  260  4e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.781532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5205  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  32.4 
 
 		 444 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.53 
 
 		 438 aa  173  5e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  31.66 
 
 		 418 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  24.16 
 
 		 394 aa  95.5  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  24.9 
 
 		 389 aa  79.3  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  24.52 
 
 		 385 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  23.08 
 
 		 393 aa  74.3  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  24.6 
 
 		 397 aa  71.2  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 		 391 aa  70.9  0.00000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  22.28 
 
 		 410 aa  68.9  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  21.91 
 
 		 389 aa  68.6  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  21.89 
 
 		 403 aa  68.6  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  23.38 
 
 		 410 aa  67.4  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.26 
 
 		 420 aa  67  0.0000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  24.61 
 
 		 402 aa  63.9  0.000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  23.26 
 
 		 404 aa  61.2  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 		 411 aa  53.1  0.000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  23.4 
 
 		 395 aa  53.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  22.95 
 
 		 411 aa  52.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  21.84 
 
 		 408 aa  52.4  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 403 aa  51.6  0.00003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  23.44 
 
 		 407 aa  51.6  0.00003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 		 411 aa  51.6  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  24.52 
 
 		 409 aa  51.2  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  22.34 
 
 		 409 aa  51.2  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  21.68 
 
 		 414 aa  50.8  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  26.95 
 
 		 405 aa  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  23.14 
 
 		 410 aa  49.7  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  21.33 
 
 		 397 aa  48.5  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  22.73 
 
 		 451 aa  48.9  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  23.21 
 
 		 414 aa  48.9  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  23.6 
 
 		 407 aa  48.5  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  22.75 
 
 		 411 aa  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  25.51 
 
 		 404 aa  48.5  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  19.6 
 
 		 397 aa  47.8  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  21.36 
 
 		 384 aa  47.4  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  24.8 
 
 		 407 aa  47.4  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  24.15 
 
 		 411 aa  47.4  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  23.35 
 
 		 410 aa  47.4  0.0006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 		 385 aa  47  0.0007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 		 385 aa  47  0.0008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  23.46 
 
 		 401 aa  46.6  0.0009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  23.24 
 
 		 398 aa  46.6  0.0009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  23.59 
 
 		 406 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  24.67 
 
 		 409 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  22.76 
 
 		 414 aa  46.2  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1462  extracellular ligand-binding receptor  24.06 
 
 		 421 aa  46.2  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  21.62 
 
 		 406 aa  46.6  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 		 379 aa  46.2  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  23.72 
 
 		 435 aa  45.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  23.6 
 
 		 393 aa  45.8  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  24.68 
 
 		 403 aa  45.4  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  21.77 
 
 		 402 aa  45.8  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  22.94 
 
 		 395 aa  45.8  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  23.79 
 
 		 410 aa  44.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  23.27 
 
 		 385 aa  45.1  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3166  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.67 
 
 		 423 aa  45.1  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0130839  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>