141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7159 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  100 
 
 		 442 aa  897    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  71.36 
 
 		 446 aa  625  1e-178  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  66.74 
 
 		 446 aa  610  1e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  66.52 
 
 		 466 aa  610  1e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  62.33 
 
 		 444 aa  571  1e-161  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  61.87 
 
 		 444 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  62.39 
 
 		 446 aa  543  1e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  61.27 
 
 		 449 aa  540  9.999999999999999e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  61.76 
 
 		 429 aa  535  1e-151  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  57.54 
 
 		 457 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  57.54 
 
 		 457 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  57.63 
 
 		 454 aa  508  1e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  52.54 
 
 		 444 aa  460  9.999999999999999e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  52.13 
 
 		 443 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0552  hypothetical protein  53.19 
 
 		 441 aa  428  1e-119  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  50.46 
 
 		 441 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  50.46 
 
 		 441 aa  428  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43510  hypothetical protein  51.82 
 
 		 441 aa  426  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0230529  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  47.71 
 
 		 444 aa  399  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  46.08 
 
 		 445 aa  372  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  47.16 
 
 		 447 aa  374  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  46.63 
 
 		 441 aa  372  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1435  hypothetical protein  45.27 
 
 		 455 aa  372  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  hitchhiker  0.00000490769 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  45.13 
 
 		 445 aa  369  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  46.56 
 
 		 440 aa  360  4e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  44.1 
 
 		 441 aa  354  2e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  41.84 
 
 		 442 aa  333  3e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  43.74 
 
 		 440 aa  329  5.0000000000000004e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  42.3 
 
 		 443 aa  328  1.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  41.59 
 
 		 443 aa  324  2e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  40.5 
 
 		 437 aa  320  3e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  40.23 
 
 		 441 aa  315  9e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  40.23 
 
 		 441 aa  315  9.999999999999999e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  40.19 
 
 		 444 aa  303  3.0000000000000004e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  39.54 
 
 		 440 aa  293  4e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  38.63 
 
 		 438 aa  289  6e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  38.88 
 
 		 426 aa  281  1e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  39.12 
 
 		 429 aa  281  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  38.63 
 
 		 429 aa  277  3e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  38.63 
 
 		 429 aa  276  4e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  38.48 
 
 		 426 aa  265  1e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  34.58 
 
 		 427 aa  234  3e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4004  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein  34.96 
 
 		 450 aa  225  1e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.781532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  32.98 
 
 		 418 aa  179  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5205  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.64 
 
 		 444 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.7 
 
 		 438 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 394 aa  95.5  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.12 
 
 		 420 aa  73.9  0.000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.41 
 
 		 403 aa  72.8  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  24.01 
 
 		 389 aa  70.1  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.73 
 
 		 410 aa  68.9  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  24.19 
 
 		 385 aa  67.8  0.0000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  23.77 
 
 		 389 aa  66.6  0.0000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.04 
 
 		 425 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  25.53 
 
 		 410 aa  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  24 
 
 		 393 aa  63.9  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  24.72 
 
 		 402 aa  63.5  0.000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  23.8 
 
 		 391 aa  62.8  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 385 aa  62  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 385 aa  62  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  23.94 
 
 		 414 aa  61.6  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  31.16 
 
 		 407 aa  59.3  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  24.12 
 
 		 408 aa  58.9  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  25.75 
 
 		 409 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  30.43 
 
 		 410 aa  58.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  23.38 
 
 		 415 aa  58.2  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  22.67 
 
 		 404 aa  58.2  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  24.69 
 
 		 405 aa  57  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  22.65 
 
 		 397 aa  56.6  0.0000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  29.71 
 
 		 409 aa  56.6  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 		 409 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  23.96 
 
 		 411 aa  55.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  27.24 
 
 		 407 aa  55.5  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 		 411 aa  54.7  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 		 410 aa  54.7  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 		 384 aa  53.9  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 		 398 aa  53.9  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  28.26 
 
 		 411 aa  53.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  26.97 
 
 		 394 aa  52.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  24 
 
 		 426 aa  52.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  27.37 
 
 		 379 aa  52.4  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  23.86 
 
 		 426 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  21.99 
 
 		 402 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 411 aa  51.2  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  23.13 
 
 		 414 aa  51.6  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.61 
 
 		 395 aa  51.6  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 		 406 aa  50.8  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.37 
 
 		 415 aa  50.8  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 		 415 aa  50.8  0.00005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0045  extracellular ligand-binding receptor  22.51 
 
 		 385 aa  50.4  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.406138  normal  0.264074 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  21.99 
 
 		 408 aa  50.1  0.00007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0065  Extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 		 385 aa  50.1  0.00007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  28.26 
 
 		 404 aa  50.4  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  24.51 
 
 		 403 aa  50.1  0.00008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 		 363 aa  49.7  0.00009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  24.92 
 
 		 386 aa  50.1  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 		 435 aa  49.7  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  25.07 
 
 		 438 aa  49.7  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  24.88 
 
 		 405 aa  49.7  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 		 407 aa  49.7  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>