251 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7108 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7108  hypothetical protein  100 
 
 		 358 aa  736    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0728  hypothetical protein  39.82 
 
 		 389 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.936074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5512  hypothetical protein  38.62 
 
 		 771 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.807443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1630  hypothetical protein  35.57 
 
 		 754 aa  227  2e-58  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0314  hypothetical protein  34.02 
 
 		 774 aa  219  5e-56  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1751  hypothetical protein  34.32 
 
 		 779 aa  212  1e-53  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29441  hypothetical protein  36.98 
 
 		 693 aa  207  2e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1417  hypothetical protein  34.02 
 
 		 779 aa  207  3e-52  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.196003  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1404  hypothetical protein  32.58 
 
 		 990 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.549738  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0660  hypothetical protein  32.1 
 
 		 815 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.81909 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0771  hypothetical protein  34.87 
 
 		 1022 aa  177  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3394  hypothetical protein  34.51 
 
 		 795 aa  169  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0014  hypothetical protein  32.7 
 
 		 814 aa  163  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0661545 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0704  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate- binding  27.82 
 
 		 797 aa  69.3  0.00000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5613  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate- binding protein  25.34 
 
 		 873 aa  63.2  0.000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.650843  normal  0.554799 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1713  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate- binding  23.93 
 
 		 867 aa  61.2  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0623992  normal  0.0493713 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0384  phosphoenolpyruvate synthase  24.6 
 
 		 907 aa  58.9  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0620  phosphoenolpyruvate synthase  28.42 
 
 		 842 aa  58.2  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3580  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate- binding protein  25.88 
 
 		 887 aa  57.4  0.0000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0751  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  21.81 
 
 		 887 aa  55.5  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0402174 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5551  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding protein  24.19 
 
 		 826 aa  53.5  0.000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0952263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3966  phosphoenolpyruvate synthase  52 
 
 		 793 aa  53.5  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05843  phosphoenolpyruvate synthase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G14790)  39.13 
 
 		 911 aa  53.1  0.000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.775081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0605  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  24.33 
 
 		 950 aa  53.1  0.000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00206316 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5064  phosphoenolpyruvate synthase  36.49 
 
 		 796 aa  52.8  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.307557 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2366  phosphoenolpyruvate synthase  36.99 
 
 		 796 aa  52.4  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.427072  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1816  phosphoenolpyruvate synthase  36.99 
 
 		 797 aa  52.4  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2009  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 791 aa  52.4  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000127973  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2297  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 808 aa  52.4  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000505096  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2879  phosphoenolpyruvate synthase  36.99 
 
 		 796 aa  52.4  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.286531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3257  phosphoenolpyruvate synthase  35.53 
 
 		 839 aa  51.6  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1894  Phosphoenolpyruvate synthase/pyruvate phosphate dikinase-like protein  39.39 
 
 		 971 aa  51.6  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2046  phosphoenolpyruvate synthase  38.81 
 
 		 799 aa  51.6  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0453767  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2864  phosphoenolpyruvate synthase  35.53 
 
 		 839 aa  51.6  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00890686  decreased coverage  0.000201975 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1583  phosphoenolpyruvate synthase  36.76 
 
 		 805 aa  51.6  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000580674  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2481  phosphoenolpyruvate synthase  34.25 
 
 		 789 aa  50.8  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0281757  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1445  phosphoenolpyruvate synthase  44.93 
 
 		 812 aa  51.2  0.00003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.123077 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5312  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 800 aa  50.8  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0521327  normal  0.180473 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1904  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 799 aa  51.2  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.809978 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1453  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 794 aa  50.8  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0718621  normal  0.314007 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6075  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 800 aa  50.8  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1405  phosphoenolpyruvate synthase  38.81 
 
 		 798 aa  50.8  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.640066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2035  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 799 aa  51.2  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.733283  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2022  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 800 aa  50.8  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.233402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2002  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 800 aa  50.8  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1863  phosphoenolpyruvate synthase  34.25 
 
 		 789 aa  50.8  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0183397  hitchhiker  0.0000000630455 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2601  phosphoenolpyruvate synthase  34.25 
 
 		 789 aa  50.8  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000925203  normal  0.0344247 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2728  phosphoenolpyruvate synthase  23.93 
 
 		 874 aa  50.4  0.00004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.336193 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2100  hypothetical protein  37.96 
 
 		 609 aa  50.4  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2191  phosphoenolpyruvate synthase  36.99 
 
 		 799 aa  50.8  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.750025  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3304  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase  32.82 
 
 		 556 aa  50.4  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2399  phosphoenolpyruvate synthase  35.62 
 
 		 799 aa  50.4  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.628825 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2488  phosphoenolpyruvate synthase  34.25 
 
 		 789 aa  50.8  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.172291  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1549  phosphoenolpyruvate synthase  35.62 
 
 		 789 aa  50.1  0.00005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0036639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1321  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 801 aa  50.4  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.134227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2080  phosphoenolpyruvate synthase  38.24 
 
 		 804 aa  50.4  0.00005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000171715 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1535  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 799 aa  50.4  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.116027  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2438  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 801 aa  50.4  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0972203  normal  0.0321023 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2561  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 799 aa  50.4  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.424098  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1274  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 799 aa  50.4  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1699  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 800 aa  50.4  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.251717  normal  0.789638 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1204  phosphoenolpyruvate synthase  39.76 
 
 		 810 aa  50.4  0.00005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.490144 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2470  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 799 aa  50.4  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1306  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 799 aa  50.4  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.124264  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2035  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 799 aa  50.4  0.00005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.128691  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3277  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 799 aa  50.4  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.818512  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1421  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 795 aa  50.1  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0887708  decreased coverage  0.00267655 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2243  phosphoenolpyruvate synthase  34.25 
 
 		 789 aa  50.1  0.00006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0079831  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1864  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 794 aa  50.1  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0751909  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1362  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 795 aa  50.1  0.00006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.106247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1298  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 795 aa  50.1  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.432708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1592  phosphoenolpyruvate synthase  34.25 
 
 		 789 aa  50.1  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000471516  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1736  phosphoenolpyruvate synthase  34.25 
 
 		 789 aa  50.1  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00335783  normal  0.358822 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2415  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 812 aa  50.1  0.00006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0611735  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4522  phosphoenolpyruvate synthase  51.92 
 
 		 799 aa  49.7  0.00007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.364539  normal  0.31692 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3585  phosphoenolpyruvate synthase  38.03 
 
 		 812 aa  50.1  0.00007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.737105 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4390  phosphoenolpyruvate synthase  51.92 
 
 		 799 aa  49.7  0.00007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1521  phosphoenolpyruvate synthase  35.62 
 
 		 784 aa  50.1  0.00007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0667373 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3011  phosphoenolpyruvate synthase  35.62 
 
 		 795 aa  49.7  0.00008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_494  phosphoenolpyruvate synthase/pyruvate phosphate dikinase  33.33 
 
 		 758 aa  49.7  0.00008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.00000095153  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1867  phosphoenolpyruvate synthase  50 
 
 		 794 aa  48.9  0.0001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0554  phosphoenolpyruvate synthase  33.33 
 
 		 758 aa  48.9  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.435689  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02382  phosphoenolpyruvate synthase  34.25 
 
 		 790 aa  48.9  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.223417  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0618  phosphoenolpyruvate synthase  48.08 
 
 		 779 aa  49.3  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.285681  normal  0.283307 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1446  phosphoenolpyruvate synthase  36.36 
 
 		 794 aa  48.9  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.529194  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1575  hypothetical protein  34.17 
 
 		 610 aa  48.9  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0270865  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2174  phosphoenolpyruvate synthase  35.82 
 
 		 792 aa  48.9  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0176662 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0339  phosphoenolpyruvate synthase  48.08 
 
 		 793 aa  49.3  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1888  phosphoenolpyruvate synthase  41.18 
 
 		 809 aa  49.3  0.0001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1382  phosphoenolpyruvate synthase  35.62 
 
 		 796 aa  49.3  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.446776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2164  phosphoenolpyruvate synthase  50 
 
 		 812 aa  48.9  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.573318 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2050  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 801 aa  49.3  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.112575  normal  0.511905 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3137  phosphoenolpyruvate synthase  25.81 
 
 		 868 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2644  phosphoenolpyruvate synthase  34.25 
 
 		 789 aa  48.5  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2960  phosphoenolpyruvate synthase  23.21 
 
 		 866 aa  48.1  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000180391 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0867  phosphoenolpyruvate synthase  38.81 
 
 		 795 aa  48.5  0.0002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3094  phosphoenolpyruvate synthase  37.31 
 
 		 803 aa  48.1  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.421568  normal  0.0476664 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1099  phosphoenolpyruvate synthase  46.15 
 
 		 814 aa  48.1  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.666444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2072  phosphoenolpyruvate synthase  32.88 
 
 		 789 aa  48.5  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.908755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0313  phosphoenolpyruvate synthase  38.55 
 
 		 809 aa  48.5  0.0002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>