43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7055 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7055  hypothetical protein  100 
 
 
356 aa  728    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0582367  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1160  hypothetical protein  43.02 
 
 
356 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.860855 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2759  hypothetical protein  34.72 
 
 
357 aa  206  5e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7560  hypothetical protein  30.94 
 
 
348 aa  136  7.000000000000001e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0171  hypothetical protein  30.86 
 
 
370 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0291  hypothetical protein  30.82 
 
 
337 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01180  hypothetical protein  30.86 
 
 
399 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.176675  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3186  hypothetical protein  30.74 
 
 
335 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3467  hypothetical protein  31.25 
 
 
340 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.103474  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4073  hypothetical protein  32.79 
 
 
373 aa  120  4.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000125532 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2334  hypothetical protein  29.61 
 
 
370 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00524729  normal  0.0110062 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3112  hypothetical protein  30.92 
 
 
340 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.192331  normal  0.139244 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2439  hypothetical protein  31.94 
 
 
366 aa  116  7.999999999999999e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.646599  normal  0.310656 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2438  Protein of unknown function DUF2169  28.1 
 
 
383 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0538  hypothetical protein  27.84 
 
 
373 aa  110  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1192  hypothetical protein  25.55 
 
 
447 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3869  hypothetical protein  25.21 
 
 
438 aa  89.4  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0106797  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05867  hypothetical protein  28.27 
 
 
330 aa  89  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000445  pentapeptide repeat family protein  29.24 
 
 
330 aa  89  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2128  hypothetical protein  25.39 
 
 
438 aa  87.4  3e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.469876 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3387  hypothetical protein  25.39 
 
 
338 aa  86.7  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.128743  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3484  hypothetical protein  28.85 
 
 
330 aa  72  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.341689 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4428  hypothetical protein  23.44 
 
 
445 aa  72  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2827  hypothetical protein  29.63 
 
 
352 aa  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3786  hypothetical protein  25.29 
 
 
343 aa  64.7  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6142  hypothetical protein  29.57 
 
 
192 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.69496 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2443  Protein of unknown function DUF2169  26.23 
 
 
846 aa  58.5  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0930  hypothetical protein  28.71 
 
 
338 aa  54.3  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0087813  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0029  pentapeptide repeat-containing protein  24.9 
 
 
976 aa  54.7  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.271954 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1900  pentapeptide repeat-containing protein  28.88 
 
 
825 aa  50.8  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4191  pentapeptide repeat-containing protein  26.79 
 
 
844 aa  51.2  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2173  pentapeptide repeat-containing protein  28.88 
 
 
825 aa  50.8  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1198  pentapeptide repeat-containing protein  28.88 
 
 
825 aa  50.8  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0911  pentapeptide repeat-containing protein  28.88 
 
 
825 aa  50.8  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1704  pentapeptide repeat-containing protein  28.88 
 
 
862 aa  50.8  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0252  pentapeptide repeat-containing protein  28.88 
 
 
825 aa  50.8  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0024  pentapeptide repeat-containing protein  26.13 
 
 
949 aa  50.1  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0343  pentapeptide repeat-containing protein  27.87 
 
 
825 aa  48.9  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.1938  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2738  hypothetical protein  24.91 
 
 
383 aa  46.2  0.0008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.109672  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0203  pentapeptide repeat protein  26.83 
 
 
886 aa  45.4  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.713128  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3780  pentapeptide repeat protein  24.16 
 
 
866 aa  45.4  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3016  hypothetical protein  37.5 
 
 
320 aa  45.8  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.935221 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26580  Pentapeptide repeat protein  25.82 
 
 
872 aa  43.5  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>