More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7005 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  100 
 
 		 568 aa  1164    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6549  diguanylate cyclase  44.53 
 
 		 546 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6137  diguanylate cyclase  45.13 
 
 		 551 aa  442  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11555  normal  0.0857113 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  28.84 
 
 		 560 aa  173  7.999999999999999e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  29.06 
 
 		 609 aa  165  2.0000000000000002e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2390  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  26.39 
 
 		 600 aa  148  3e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4523  diguanylate cyclase  40.08 
 
 		 532 aa  147  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.646592 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 523 aa  135  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 544 aa  134  5e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 524 aa  133  9e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  45.45 
 
 		 455 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1225  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  41.62 
 
 		 985 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.90661  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 582 aa  131  3e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 309 aa  131  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 569 aa  130  6e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  44.38 
 
 		 609 aa  130  7.000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 523 aa  130  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  37.19 
 
 		 965 aa  130  9.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  44.38 
 
 		 709 aa  129  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 532 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  37 
 
 		 458 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  37.84 
 
 		 333 aa  128  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  40.8 
 
 		 308 aa  127  5e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  35.02 
 
 		 464 aa  127  6e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  40.24 
 
 		 418 aa  126  9e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  39.59 
 
 		 1637 aa  126  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 457 aa  126  1e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  41.25 
 
 		 431 aa  126  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 772 aa  125  2e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05115  hypothetical protein  32.61 
 
 		 527 aa  125  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  36.72 
 
 		 355 aa  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.44 
 
 		 317 aa  125  2e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  36.52 
 
 		 722 aa  125  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  40 
 
 		 457 aa  124  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.2 
 
 		 505 aa  125  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.44 
 
 		 663 aa  124  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0096  diguanylate cyclase  43.05 
 
 		 555 aa  124  4e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 530 aa  124  4e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 490 aa  124  5e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.01 
 
 		 324 aa  124  5e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 381 aa  124  5e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  36.5 
 
 		 458 aa  124  5e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 526 aa  124  6e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 464 aa  123  8e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 314 aa  123  9e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 461 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 355 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 172 aa  123  9.999999999999999e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 359 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  38.68 
 
 		 533 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  38.32 
 
 		 568 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  41.67 
 
 		 626 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 661 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  43.23 
 
 		 529 aa  122  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 298 aa  122  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2682  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  38.42 
 
 		 596 aa  121  3e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 456 aa  121  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 614 aa  121  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  37.37 
 
 		 454 aa  121  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.5 
 
 		 335 aa  121  3.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  39.78 
 
 		 548 aa  121  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.22 
 
 		 594 aa  121  3.9999999999999996e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 339 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 527 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0831  diguanylate cyclase  26.77 
 
 		 627 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 354 aa  120  4.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  34.48 
 
 		 946 aa  120  4.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 630 aa  120  6e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 432 aa  120  6e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  35.47 
 
 		 459 aa  120  6e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 559 aa  120  7e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 349 aa  120  7e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 365 aa  120  7e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  36.02 
 
 		 355 aa  120  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 310 aa  120  7e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 357 aa  120  7.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 628 aa  120  9e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3851  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 380 aa  120  9e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.344739 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 556 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 581 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  39.01 
 
 		 322 aa  119  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  40.12 
 
 		 425 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  41.61 
 
 		 353 aa  119  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 494 aa  119  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 457 aa  120  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 360 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  41.38 
 
 		 448 aa  119  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  42.94 
 
 		 457 aa  119  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 459 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4159  diguanylate cyclase  29.55 
 
 		 530 aa  119  1.9999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.956326 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1301  two component regulator propeller domain protein  37.9 
 
 		 1008 aa  119  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.503431  normal  0.30236 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  36.87 
 
 		 340 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.63 
 
 		 1079 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 352 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2011  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 558 aa  118  1.9999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0457364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2989  response regulator receiver protein  38.59 
 
 		 577 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 457 aa  119  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 545 aa  119  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 381 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.99 
 
 		 457 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>