More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6280 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6280  transcriptional regulator GntR family  100 
 
 		 236 aa  471  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2921  transcriptional regulator, GntR family  58.47 
 
 		 236 aa  274  9e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.277929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2660  transcriptional regulator, GntR family  59.73 
 
 		 236 aa  268  7e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.182279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2755  GntR family transcriptional regulator  47.45 
 
 		 255 aa  170  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253691 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1585  GntR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 263 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.640337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3847  GntR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 251 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.458014 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4283  GntR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 251 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0169615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3609  GntR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 251 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.376641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1811  transcriptional regulator GntR  44.83 
 
 		 249 aa  161  9e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.148562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1793  GntR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 254 aa  159  5e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0459  GntR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 235 aa  152  4e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0399  GntR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 235 aa  152  4e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.333354  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5905  GntR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 244 aa  151  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44780  putative transcriptional regulator  43.88 
 
 		 259 aa  150  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.13802  normal  0.152718 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3813  putative transcriptional regulator  43.88 
 
 		 259 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.12567  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4275  transcriptional regulator, GntR family  41.58 
 
 		 235 aa  148  8e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1282  GntR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.932176  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1511  GntR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2536  GntR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.184129  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2435  GntR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303116  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2010  GntR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3300  GntR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5254  transcriptional regulator, GntR family  38.77 
 
 		 250 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.506774 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2392  GntR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2064  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 231 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3664  transcriptional regulator, GntR family  45.05 
 
 		 249 aa  146  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1364  GntR family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 244 aa  146  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0686539 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0428  transcriptional regulator, GntR family  37.89 
 
 		 255 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1052  GntR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 248 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0904043 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5281  GntR family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 234 aa  142  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0412197 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3638  hypothetical protein  44.56 
 
 		 230 aa  143  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.513406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1096  GntR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 277 aa  142  5e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2111  GntR family transcriptional regulator  42 
 
 		 225 aa  141  9e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.277645  normal  0.0294068 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5787  GntR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 225 aa  140  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00572916 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4418  GntR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 236 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.494465  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0737  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.268562  normal  0.925546 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4855  GntR domain-containing protein  41.29 
 
 		 233 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5342  transcriptional regulator, GntR family  41.29 
 
 		 233 aa  139  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.912563 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5617  GntR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 232 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.222304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1304  GntR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 234 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0497792 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0549  GntR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 255 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0069  GntR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 247 aa  137  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0403  GntR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 238 aa  136  2e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000148823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1112  GntR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 221 aa  136  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3926  transcriptional regulator, GntR family  38.31 
 
 		 224 aa  136  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1964  transcriptional regulator, GntR family  40.49 
 
 		 233 aa  135  5e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.117742 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3339  GntR family transcriptional regulator  41.97 
 
 		 237 aa  135  8e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4065  GntR family transcriptional regulator  41.97 
 
 		 237 aa  134  9e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3833  GntR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 242 aa  134  9e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.644681  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5379  transcriptional regulator, GntR family  38.97 
 
 		 252 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2079  GntR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 245 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.420159  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1990  GntR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 234 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.964349 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6111  GntR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 234 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1881  GntR family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 234 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.249163 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1954  GntR family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 234 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1966  GntR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 234 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3930  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 237 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.709239  normal  0.547681 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5125  transcriptional regulator, GntR family  40.19 
 
 		 243 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7611  transcriptional regulator GntR family  39.02 
 
 		 250 aa  132  5e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3280  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 230 aa  131  9e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1425  GntR family transcriptional regulator  39 
 
 		 221 aa  130  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.195614 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2332  transcriptional regulator, GntR family  42.08 
 
 		 246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.738063 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0334  GntR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 228 aa  129  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.389251  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1922  GntR family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 245 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3301  GntR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 235 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1296  transcriptional regulator, GntR family  37.56 
 
 		 233 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.032312  normal  0.299541 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0680  GntR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 226 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.231512  normal  0.107075 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3443  GntR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 235 aa  126  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0659534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1303  GntR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 238 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.153269  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3276  transcription regulator protein  39 
 
 		 229 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.693233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1101  GntR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 259 aa  125  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.178895 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3485  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 222 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.122835  normal  0.855003 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2253  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 222 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.218359  normal  0.132912 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3937  transcriptional regulator, GntR family  36.45 
 
 		 251 aa  124  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0563072  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3609  GntR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 246 aa  124  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.214475 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3147  transcriptional regulator, GntR family  38.21 
 
 		 246 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1118  GntR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 225 aa  124  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.232597  normal  0.166977 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1038  transcriptional regulator, GntR family  40.59 
 
 		 225 aa  124  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1007  GntR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 234 aa  123  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.511541  hitchhiker  0.00101659 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3445  GntR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 230 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0471  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 221 aa  124  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.915136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3474  transcriptional regulator, GntR family  38.42 
 
 		 246 aa  123  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3272  GntR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 236 aa  122  5e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2161  GntR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 231 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.111337  normal  0.915655 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3189  GntR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 268 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3371  GntR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 244 aa  119  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.302554 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1884  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 222 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.372242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0834  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 		 247 aa  119  3.9999999999999996e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0914  GntR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 249 aa  119  4.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0657  transcriptional regulator, GntR family  36.4 
 
 		 240 aa  118  7.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.322488  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0778  GntR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 253 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2435  GntR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.410895  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1727  GntR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 226 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.136748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5540  transcriptional regulator, GntR family  33.98 
 
 		 245 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3530  transcriptional regulator GntR  35.47 
 
 		 239 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.331945 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0727  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 232 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.475012 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1873  transcriptional regulator, GntR family  35.47 
 
 		 231 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.561866  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1281  GntR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 249 aa  114  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0236  GntR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 228 aa  113  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0884  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 247 aa  112  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.216104  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>