More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6227 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6227  two component sensor kinase for C4-dicarboxylate transport  100 
 
 		 600 aa  1196    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.970393  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4177  histidine kinase  55.86 
 
 		 620 aa  619  1e-176  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.661658  normal  0.571454 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3479  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  53.42 
 
 		 621 aa  619  1e-176  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2718  histidine kinase  56.29 
 
 		 623 aa  610  1e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2979  histidine kinase  56.58 
 
 		 622 aa  599  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0797138 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1436  histidine kinase  47.16 
 
 		 617 aa  443  1e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1775  histidine kinase  45.61 
 
 		 615 aa  436  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.520686  normal  0.0542298 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0184  histidine kinase  41.45 
 
 		 604 aa  423  1e-117  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.981711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3284  histidine kinase  41.16 
 
 		 625 aa  386  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3259  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.47 
 
 		 622 aa  388  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.157895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3060  ATPase domain-containing protein  41.16 
 
 		 625 aa  387  1e-106  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457203  normal  0.839364 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1457  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.08 
 
 		 618 aa  377  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.798107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0131  histidine kinase  40.89 
 
 		 630 aa  363  5.0000000000000005e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0399979  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0368  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.2 
 
 		 620 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4764  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.02 
 
 		 560 aa  333  5e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4196  histidine kinase  36.06 
 
 		 666 aa  330  4e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.531315 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0519  histidine kinase  36.22 
 
 		 666 aa  330  4e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0541835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3112  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.25 
 
 		 592 aa  320  3e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.909891  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2927  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.25 
 
 		 672 aa  317  4e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.600674  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0431  histidine kinase  38.25 
 
 		 668 aa  316  8e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4771  histidine kinase  41.52 
 
 		 624 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15318  normal  0.415438 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6214  histidine kinase  37.91 
 
 		 669 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0457  C4-dicarboxylate transport sensor histidine kinase DctB  37.11 
 
 		 677 aa  314  3.9999999999999997e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.7577  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0477  C4-dicarboxylate transport sensor histidine kinase DctB  37.11 
 
 		 677 aa  314  3.9999999999999997e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.277779  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0226  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.82 
 
 		 683 aa  313  5.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0641  C4-dicarboxylate transport sensor protein  37.11 
 
 		 677 aa  310  6.999999999999999e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2883  histidine kinase  36.1 
 
 		 669 aa  309  9e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.296171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2258  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.89 
 
 		 669 aa  309  9e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2872  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.89 
 
 		 669 aa  309  9e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13678  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2789  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.46 
 
 		 677 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0400  C4-dicarboxylate transport sensor protein  37.34 
 
 		 677 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1515  C4-dicarboxylate transport sensor protein  35.21 
 
 		 597 aa  306  6e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0225348  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0276  sensor histidine kinase  36.31 
 
 		 659 aa  306  7e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3454  histidine kinase  33.72 
 
 		 623 aa  303  7.000000000000001e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0478  histidine kinase  35.75 
 
 		 616 aa  298  2e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.936007 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0187  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.97 
 
 		 672 aa  296  1e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.622547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0229  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.92 
 
 		 668 aa  290  3e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.930854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5668  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34 
 
 		 623 aa  290  4e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0193  histidine kinase  34.58 
 
 		 670 aa  289  8e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0541233 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0331  C4-dicarboxylate transport sensor kinase transcription regulator protein  33.82 
 
 		 665 aa  287  4e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3389  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.61 
 
 		 627 aa  281  3e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4294  histidine kinase  34.54 
 
 		 626 aa  280  6e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0465122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4927  histidine kinase  34.22 
 
 		 627 aa  280  6e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4539  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  32.18 
 
 		 637 aa  276  6e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0810573  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0714  C4-dicarboxylate transport sensor protein ATPase subunit  33.69 
 
 		 594 aa  276  8e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5220  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.5 
 
 		 631 aa  274  3e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.747879 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3461  histidine kinase  33.73 
 
 		 600 aa  274  4.0000000000000004e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.350821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2668  histidine kinase  35.79 
 
 		 638 aa  273  7e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3025  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.66 
 
 		 634 aa  272  1e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4691  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33 
 
 		 638 aa  272  1e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.203801 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5341  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.66 
 
 		 634 aa  272  1e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.556905 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0307  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.61 
 
 		 627 aa  271  2e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.876198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4049  putative two-component sensor  32.49 
 
 		 618 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2212  putative two-component sensor histidine kinase protein  31.94 
 
 		 600 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3170  histidine kinase  32.83 
 
 		 597 aa  269  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.111612  normal  0.304086 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2406  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.11 
 
 		 652 aa  269  1e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46980  putative two-component sensor  32.77 
 
 		 633 aa  268  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0066179  normal  0.0520947 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1425  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.88 
 
 		 603 aa  266  8e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.524026  normal  0.827969 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004046  signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system  31.44 
 
 		 601 aa  265  2e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0733416  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1360  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.88 
 
 		 603 aa  265  2e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.062671 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3901  histidine kinase  33.1 
 
 		 615 aa  264  4e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.896437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2503  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.22 
 
 		 603 aa  264  4e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1413  ATPase domain-containing protein  31.34 
 
 		 603 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3788  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.1 
 
 		 635 aa  263  6e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2012  C4-dicarboxylate transport sensor protein  29.51 
 
 		 611 aa  262  1e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1197  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.8 
 
 		 622 aa  262  1e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.534155 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4049  histidine kinase  33.79 
 
 		 630 aa  260  4e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.431231  normal  0.418791 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07091  histidine kinase  30.6 
 
 		 637 aa  258  2e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4175  sensor histidine kinase  31.84 
 
 		 643 aa  257  4e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1248  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.94 
 
 		 628 aa  256  6e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68230  two-component sensor  34.88 
 
 		 612 aa  256  8e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0604681 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72740  putative two-component sensor  34.58 
 
 		 588 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.658354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1043  histidine kinase  32.47 
 
 		 585 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6314  putative two-component sensor  34.24 
 
 		 586 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4457  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  33.62 
 
 		 586 aa  254  3e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3912  sensor histidine kinase  32.13 
 
 		 635 aa  253  6e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.277084 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3935  histidine kinase  32.64 
 
 		 667 aa  253  6e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.707276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1096  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.23 
 
 		 634 aa  252  1e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2827  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.98 
 
 		 598 aa  252  1e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4409  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.47 
 
 		 585 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2718  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.29 
 
 		 598 aa  251  2e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1402  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.64 
 
 		 585 aa  250  4e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2809  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.81 
 
 		 598 aa  251  4e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1549  histidine kinase  29.81 
 
 		 598 aa  251  4e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.924403  normal  0.563022 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2952  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.81 
 
 		 598 aa  251  4e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.078149 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2911  ATPase domain-containing protein  28.6 
 
 		 613 aa  250  5e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4562  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.46 
 
 		 591 aa  250  6e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0289  histidine kinase  32.63 
 
 		 604 aa  250  6e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1420  histidine kinase  34.51 
 
 		 621 aa  249  9e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.990056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1731  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.57 
 
 		 621 aa  249  1e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.144225  normal  0.746753 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0589  histidine kinase  33.61 
 
 		 590 aa  249  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4321  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.47 
 
 		 585 aa  249  1e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1067  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.06 
 
 		 635 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.457116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1108  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.06 
 
 		 634 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.287066 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4293  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.68 
 
 		 604 aa  248  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.536405 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5398  sensor histidine kinase  33.91 
 
 		 602 aa  248  3e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001013  signal transduction histidine kinase  29.09 
 
 		 624 aa  247  4e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4345  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.06 
 
 		 634 aa  247  4e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.970987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1259  ATPase domain-containing protein  34.33 
 
 		 626 aa  247  4e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.27586 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5904  two-component sensor  33.85 
 
 		 599 aa  247  6e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>