234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6220 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6220  hypothetical protein  100 
 
 		 238 aa  478  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.107819  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6013  protein of unknown function UPF0005  86.55 
 
 		 236 aa  412  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0713321 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7161  protein of unknown function UPF0005  85.29 
 
 		 236 aa  408  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.147509  normal  0.897358 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4550  hypothetical protein  75.11 
 
 		 236 aa  355  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00145642 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3093  integral membrane protein  77.33 
 
 		 237 aa  346  2e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.718082  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4482  protein of unknown function UPF0005  72.03 
 
 		 236 aa  346  2e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.295121  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3820  hypothetical protein  77.33 
 
 		 237 aa  346  2e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.562696  normal  0.246565 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3673  hypothetical protein  78.73 
 
 		 236 aa  337  7e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.915645 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3076  hypothetical protein  61.04 
 
 		 245 aa  282  3.0000000000000004e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0088  hypothetical protein  59.91 
 
 		 245 aa  274  7e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.695225  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0086  hypothetical protein  59.91 
 
 		 245 aa  274  1.0000000000000001e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3734  protein of unknown function UPF0005  57.63 
 
 		 242 aa  272  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4057  protein of unknown function UPF0005  56.78 
 
 		 242 aa  268  7e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3353  hypothetical protein  60.68 
 
 		 248 aa  262  4e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0100  hypothetical protein  55.87 
 
 		 260 aa  260  1e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.179512  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2225  protein of unknown function UPF0005  56.97 
 
 		 255 aa  260  1e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0352825 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1395  hypothetical protein  58.05 
 
 		 252 aa  259  2e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.681625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2543  protein of unknown function UPF0005  56.18 
 
 		 255 aa  257  9e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.516916  normal  0.0807809 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1912  protein of unknown function UPF0005  56.15 
 
 		 261 aa  251  6e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.224132 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2043  hypothetical protein  54.92 
 
 		 261 aa  251  9.000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.28558  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1019  hypothetical protein  54.55 
 
 		 256 aa  249  3e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.219255  normal  0.241296 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4182  hypothetical protein  48.41 
 
 		 256 aa  248  6e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.253743  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5385  hypothetical protein  56.96 
 
 		 241 aa  245  4.9999999999999997e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0050  putative membrane proetin  49.17 
 
 		 251 aa  243  9.999999999999999e-64  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5468  hypothetical protein  54.1 
 
 		 274 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.328597 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6925  hypothetical protein  55.96 
 
 		 239 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2779  hypothetical protein  54.02 
 
 		 240 aa  241  6e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.196634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1779  protein of unknown function UPF0005  52.46 
 
 		 274 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0529  hypothetical protein  51.33 
 
 		 263 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0129  hypothetical protein  59.19 
 
 		 241 aa  238  5e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.576127 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0413  hypothetical protein  51.7 
 
 		 263 aa  236  2e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.229598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0671  hypothetical protein  54.01 
 
 		 246 aa  236  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.435313  decreased coverage  0.00362929 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0287  hypothetical protein  50.57 
 
 		 263 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0137467 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0009  hypothetical protein  48.03 
 
 		 233 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  unclonable  0.0000179437  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3558  hypothetical protein  51.45 
 
 		 250 aa  233  3e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.487101  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1889  hypothetical protein  53.16 
 
 		 246 aa  231  5e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0536  hypothetical protein  53.16 
 
 		 246 aa  231  5e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1143  hypothetical protein  50.44 
 
 		 247 aa  230  1e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0386  putative transport protein  49.81 
 
 		 263 aa  229  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.631786 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0200  hypothetical protein  49.08 
 
 		 271 aa  229  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3668  hypothetical protein  50 
 
 		 244 aa  228  4e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.16725  hitchhiker  0.0000130091 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1913  hypothetical protein  51.64 
 
 		 259 aa  227  1e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.841584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0828  hypothetical protein  55.33 
 
 		 256 aa  226  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.273109 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2268  hypothetical protein  55.12 
 
 		 294 aa  225  4e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.476385 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0937  hypothetical protein  48.43 
 
 		 234 aa  222  3e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.0000000419647  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0443  hypothetical protein  46.25 
 
 		 256 aa  221  7e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0849  hypothetical protein  51.68 
 
 		 242 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.890327  normal  0.272287 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0813  hypothetical protein  53.94 
 
 		 242 aa  219  3e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0875239  hitchhiker  0.00101032 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0260  protein of unknown function UPF0005  49.18 
 
 		 259 aa  218  6e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0529527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0001  hypothetical protein  46.03 
 
 		 257 aa  218  7e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0551  hypothetical protein  49.45 
 
 		 271 aa  216  2e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1390  hypothetical protein  46.69 
 
 		 256 aa  216  2e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.330784 
 
 
-
 
NC_002978  WD0950  hypothetical protein  51.64 
 
 		 240 aa  209  3e-53  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.816971  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2947  protein of unknown function UPF0005  44.58 
 
 		 235 aa  192  6e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1278  hypothetical protein  47.06 
 
 		 235 aa  189  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.278652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1325  hypothetical protein  46.4 
 
 		 236 aa  189  5e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.891235  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1517  hypothetical protein  44.17 
 
 		 235 aa  187  1e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0870  membrane protein  45.7 
 
 		 234 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.484875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0956  inner membrane protein YbhL  45.7 
 
 		 234 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0842  inner membrane protein YbhL  45.7 
 
 		 234 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0901  inner membrane protein YbhL  45.7 
 
 		 234 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0933  hypothetical protein  45.66 
 
 		 237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0809  hypothetical protein  44.75 
 
 		 234 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00257878  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00753  predicted inner membrane protein  44.75 
 
 		 234 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2856  protein of unknown function UPF0005  44.75 
 
 		 234 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2566  hypothetical protein  44.75 
 
 		 234 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.155048  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0840  hypothetical protein  44.75 
 
 		 234 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2857  hypothetical protein  44.75 
 
 		 234 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496163 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0912  hypothetical protein  44.49 
 
 		 232 aa  183  2.0000000000000003e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.409421  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00770  hypothetical protein  44.75 
 
 		 234 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0849  hypothetical protein  44.75 
 
 		 234 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2832  hypothetical protein  44.55 
 
 		 236 aa  182  4.0000000000000006e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.448865  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2918  hypothetical protein  44.55 
 
 		 236 aa  182  4.0000000000000006e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.117943  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2518  protein of unknown function UPF0005  44.55 
 
 		 236 aa  182  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0945287  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2601  membrane protein, putaive  46.23 
 
 		 233 aa  181  1e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0232013  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0934  hypothetical protein  44.29 
 
 		 234 aa  180  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1438  hypothetical protein  44.09 
 
 		 236 aa  180  2e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2134  protein of unknown function UPF0005  46.05 
 
 		 235 aa  176  3e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00000000183428  normal  0.170874 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1437  protein of unknown function UPF0005  46.38 
 
 		 219 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1228  hypothetical protein  42.5 
 
 		 252 aa  171  7.999999999999999e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.181817  normal  0.877697 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2135  protein of unknown function UPF0005  46.23 
 
 		 224 aa  171  7.999999999999999e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000126881  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2081  protein of unknown function UPF0005  46.23 
 
 		 224 aa  171  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0430200000000002e-29 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1173  protein of unknown function UPF0005  43.96 
 
 		 240 aa  170  2e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00047203  normal  0.359337 
 
 
-
 
NC_002950  PG0795  hypothetical protein  41.67 
 
 		 236 aa  169  4e-41  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4993  hypothetical protein  41.37 
 
 		 248 aa  167  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.743316 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2427  protein of unknown function UPF0005  43.72 
 
 		 236 aa  167  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2141  hypothetical protein  47.72 
 
 		 232 aa  167  2e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000000126118  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1724  hypothetical protein  41.48 
 
 		 235 aa  166  4e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000390624  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3162  protein of unknown function UPF0005  44.08 
 
 		 234 aa  159  4e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0927  protein of unknown function UPF0005  42.06 
 
 		 235 aa  159  5e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.441127 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0738  protein of unknown function UPF0005  41.2 
 
 		 234 aa  155  4e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000107382  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0772  hypothetical protein  40.72 
 
 		 233 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.768217  normal  0.283665 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0549  hypothetical protein  38.43 
 
 		 232 aa  152  2.9999999999999998e-36  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.235256  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0302  hypothetical protein  39.19 
 
 		 234 aa  149  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171893  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0538  hypothetical protein  37.44 
 
 		 228 aa  143  2e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4095  protein of unknown function UPF0005  40.93 
 
 		 236 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4126  protein of unknown function UPF0005  40.47 
 
 		 236 aa  137  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3983  hypothetical protein  40.47 
 
 		 236 aa  135  4e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3782  protein of unknown function UPF0005  40.98 
 
 		 249 aa  132  6e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2911  hypothetical protein  34.32 
 
 		 254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>