33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6219 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6219  transcriptional regulator  100 
 
 		 274 aa  554  1e-157  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0474635  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7160  putative transmembrane anti-sigma factor  49.07 
 
 		 255 aa  252  6e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.494902  normal  0.704477 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6012  putative transmembrane anti-sigma factor  49.81 
 
 		 255 aa  250  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.784619  normal  0.0731526 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3672  hypothetical protein  42.59 
 
 		 255 aa  185  8e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.671386 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3094  putative transmembrane anti-sigma factor  42.01 
 
 		 255 aa  175  8e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.334579  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3821  putative transmembrane anti-sigma factor  41.64 
 
 		 255 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.563425 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4551  putative transmembrane anti-sigma factor  38.98 
 
 		 257 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  decreased coverage  0.00125777 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4483  putative transmembrane anti-sigma factor  38.4 
 
 		 259 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3927  putative transmembrane anti-sigma factor  37.13 
 
 		 255 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.771731 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1369  putative transmembrane anti-sigma factor  35.6 
 
 		 256 aa  125  7e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1649  putative transmembrane anti-sigma factor  34.8 
 
 		 256 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0261743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1375  hypothetical protein  34.4 
 
 		 266 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018937 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3973  putative transmembrane anti-sigma factor  34.39 
 
 		 251 aa  116  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.323006  normal  0.293955 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  27.56 
 
 		 268 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0264  putative transmembrane anti-sigma factor  28.02 
 
 		 266 aa  66.6  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.0227624 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2661  putative transmembrane anti-sigma factor  28.02 
 
 		 266 aa  66.6  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.260623  normal  0.584947 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5734  putative transmembrane anti-sigma factor  27.1 
 
 		 266 aa  60.5  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0853  putative transmembrane anti-sigma factor  52.94 
 
 		 274 aa  55.8  0.0000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3142  transmembrane protein  28.57 
 
 		 277 aa  55.1  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0145  putative transmembrane anti-sigma factor  28.57 
 
 		 256 aa  54.7  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.617823  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4979  putative transmembrane anti-sigma factor  26.52 
 
 		 275 aa  53.1  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.0783383 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1672  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  26.52 
 
 		 275 aa  52.4  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2466  hypothetical protein  27.08 
 
 		 256 aa  51.2  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0229  hypothetical protein  47.92 
 
 		 255 aa  48.9  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3793  hypothetical protein  48.08 
 
 		 265 aa  48.9  0.00009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0670841  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5401  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  46.15 
 
 		 271 aa  48.1  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0173  putative transmembrane anti-sigma factor  45.83 
 
 		 255 aa  47  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.365386  normal  0.0709192 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0298  putative transmembrane anti-sigma factor  51.35 
 
 		 257 aa  45.8  0.0007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5261  putative transmembrane anti-sigma factor  23.55 
 
 		 268 aa  44.3  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.127786  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2913  putative transmembrane anti-sigma factor  29.11 
 
 		 286 aa  43.5  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0030577 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0012  putative transmembrane anti-sigma factor  33.33 
 
 		 252 aa  43.5  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.237975  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0059  putative transmembrane anti-sigma factor  33.33 
 
 		 252 aa  43.5  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.13724  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3667  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma-factor)  25.77 
 
 		 250 aa  43.5  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000130088  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>