42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6166 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6166  hypothetical protein  100 
 
 		 64 aa  132  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 94 aa  48.9  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  45.65 
 
 		 94 aa  49.3  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  45.65 
 
 		 94 aa  49.3  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 96 aa  47.8  0.00005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 95 aa  47.4  0.00006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1912  helix-turn-helix domain-containing protein  44 
 
 		 94 aa  47  0.00008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 95 aa  47  0.00009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 102 aa  46.6  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 		 102 aa  45.8  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2202  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 		 98 aa  46.2  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.119587 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3065  XRE family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 98 aa  45.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00074  DNA-binding protein  36 
 
 		 101 aa  45.1  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2677  helix-turn-helix domain-containing protein  39.22 
 
 		 107 aa  44.3  0.0005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110858  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  41.3 
 
 		 96 aa  43.9  0.0008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1993  putative transcriptional regulator  45.1 
 
 		 95 aa  43.9  0.0008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.964358 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1400  hypothetical protein  47.37 
 
 		 61 aa  43.5  0.0009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.193921 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1676  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0068  hypothetical protein  45.1 
 
 		 95 aa  42.4  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0182  putative transcriptional regulator  45.1 
 
 		 95 aa  42.7  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1541  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 94 aa  42.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0274839  hitchhiker  0.00170157 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4494  putative phage repressor  42.11 
 
 		 231 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1811  XRE family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 108 aa  42.4  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3684  hypothetical protein  42.31 
 
 		 98 aa  42.4  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.564903 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0653  XRE family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 99 aa  42.4  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1709  XRE family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 130 aa  41.6  0.003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.105629  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1619  hypothetical protein  40 
 
 		 100 aa  42  0.003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 97 aa  41.2  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 96 aa  41.2  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1232  transcriptional regulator protein  47.06 
 
 		 100 aa  41.2  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  40.43 
 
 		 96 aa  41.2  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1531  XRE family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 189 aa  41.2  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000256618  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1904  putative DNA-binding protein  42.55 
 
 		 96 aa  40.8  0.006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.652825  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0733  putative transcriptional regulator  44.44 
 
 		 161 aa  40.8  0.006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5216  transcriptional regulator, XRE family  33.96 
 
 		 97 aa  40.8  0.006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4312  transcriptional regulator, XRE family  44 
 
 		 108 aa  40.8  0.007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0881286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3446  XRE family transcriptional regulator  38 
 
 		 94 aa  40.4  0.007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0056  putative DNA-binding protein  41.3 
 
 		 114 aa  40.4  0.008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000362045  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0024  DNA-binding protein  41.3 
 
 		 113 aa  40.4  0.008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.31955  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2433  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 121 aa  40.4  0.009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.40389  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5091  putative DNA-binding protein  40 
 
 		 107 aa  40  0.01  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0262962 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5139  transcriptional regulator, XRE family  33.96 
 
 		 97 aa  40  0.01  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576626  normal  0.0207575 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>