More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6082 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_6082  transcriptional regulator GntR family  100 
 
 
230 aa  462  1e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6257  GntR family transcriptional regulator  72.02 
 
 
231 aa  322  3e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648776  normal  0.0618122 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5580  transcriptional regulator, GntR family  72.48 
 
 
231 aa  317  7.999999999999999e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6551  transcriptional regulator, GntR family  69.37 
 
 
230 aa  303  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0158828  normal  0.969199 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6117  GntR family transcriptional regulator  47.35 
 
 
248 aa  203  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.213518  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6111  GntR family transcriptional regulator  53.76 
 
 
235 aa  199  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2218  GntR family transcriptional regulator  46.76 
 
 
268 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0652374  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3443  GntR family transcriptional regulator  42.79 
 
 
266 aa  177  9e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3649  GntR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
250 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.078478  normal  0.168934 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2081  GntR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
250 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2254  GntR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
254 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.576687  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2671  transcriptional regulator, GntR family  41.44 
 
 
250 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0107111  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2259  GntR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
250 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2481  GntR family transcriptional regulator  43.13 
 
 
219 aa  172  5e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2405  transcriptional regulator GntR  42.01 
 
 
250 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.146644  normal  0.768585 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3236  GntR family transcriptional regulator  40.99 
 
 
250 aa  170  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.686096  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2569  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
227 aa  130  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0982  GntR family transcriptional regulator  36.53 
 
 
222 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.84517 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
232 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0450  GntR family transcriptional regulator  36.54 
 
 
224 aa  127  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.256428  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0383  GntR family transcriptional regulator  36.54 
 
 
224 aa  127  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000295575  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5802  GntR family transcriptional regulator  35.09 
 
 
227 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.154475  normal  0.167902 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  38.5 
 
 
233 aa  123  2e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1214  GntR family transcriptional regulator  36.06 
 
 
220 aa  123  2e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000309103  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3247  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
230 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  34.6 
 
 
239 aa  118  7e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1967  GntR family transcriptional regulator  35.45 
 
 
239 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0532674  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 
223 aa  115  5e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  34.88 
 
 
231 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2967  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 
229 aa  112  5e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 
231 aa  112  6e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 
235 aa  109  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
229 aa  107  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  32.57 
 
 
225 aa  106  4e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 
218 aa  105  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  32.16 
 
 
226 aa  104  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
230 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3403  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 
237 aa  103  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3148  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 
250 aa  103  3e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.275687  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  37.5 
 
 
237 aa  102  6e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3766  GntR family transcriptional regulator  45.86 
 
 
234 aa  101  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 
231 aa  100  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
223 aa  100  3e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  32.32 
 
 
230 aa  99.4  5e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  32.27 
 
 
229 aa  98.6  8e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  32.23 
 
 
239 aa  96.3  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  35.47 
 
 
246 aa  95.9  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  31.82 
 
 
229 aa  95.9  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
229 aa  95.9  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 
235 aa  95.9  5e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  30.16 
 
 
235 aa  95.5  6e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  29.1 
 
 
234 aa  94  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  31.22 
 
 
226 aa  93.2  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
232 aa  92.8  4e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3577  GntR family transcriptional regulator  27.04 
 
 
236 aa  92  7e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000218035  normal  0.39883 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 
229 aa  92  7e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 
230 aa  91.7  9e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 
228 aa  91.7  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  29.09 
 
 
227 aa  91.3  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
229 aa  90.1  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
214 aa  89.4  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  25.68 
 
 
227 aa  89.4  4e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
229 aa  88.6  8e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  28.18 
 
 
223 aa  88.6  8e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
222 aa  88.6  8e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  30.96 
 
 
227 aa  88.2  9e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  26.77 
 
 
267 aa  87  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  32.08 
 
 
233 aa  87  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  29.65 
 
 
227 aa  86.7  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1614  transcriptional regulator, GntR family  32.64 
 
 
217 aa  86.3  4e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 
219 aa  85.9  5e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 
226 aa  85.9  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5579  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 
220 aa  85.5  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5943  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 
220 aa  85.5  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.441915 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  26.98 
 
 
251 aa  85.1  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4119  GntR family transcriptional regulator  31.67 
 
 
258 aa  85.1  9e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.260522  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6445  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 
220 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  26.94 
 
 
231 aa  84  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  29.6 
 
 
229 aa  83.6  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4046  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
235 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3959  GntR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
219 aa  84  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.426708  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  29.1 
 
 
223 aa  83.2  0.000000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  29.94 
 
 
242 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1047  transcriptional regulator, GntR family  29.9 
 
 
230 aa  83.6  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
218 aa  83.2  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1127  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
265 aa  83.2  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2099  transcriptional regulator, GntR family  30.53 
 
 
245 aa  82.8  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.386507  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 
229 aa  83.2  0.000000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7250  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
220 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
242 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
241 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  29.86 
 
 
216 aa  82  0.000000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5712  transcriptional regulator, GntR family  34.2 
 
 
231 aa  82  0.000000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 
233 aa  81.6  0.000000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0405  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 
219 aa  82  0.000000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  46.24 
 
 
219 aa  80.9  0.00000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  32.58 
 
 
227 aa  81.3  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7582  GntR family transcriptional regulator  33.12 
 
 
234 aa  81.3  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  43.12 
 
 
221 aa  81.3  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1713  transcriptional regulator, GntR family  48.31 
 
 
219 aa  81.3  0.00000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.725183  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>