296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6007 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_0803  ATP-dependent DNA ligase  75.88 
 
 		 541 aa  835    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.117454 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0032  ATP-dependent DNA ligase  63.87 
 
 		 536 aa  676    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0915  ATP-dependent DNA ligase  75.32 
 
 		 541 aa  830    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137062  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4044  ATP-dependent DNA ligase  62.59 
 
 		 539 aa  655    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2804  ATP-dependent DNA ligase  71.75 
 
 		 537 aa  787    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.414276  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6007  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 539 aa  1091    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4898  ATP-dependent DNA ligase  55.6 
 
 		 539 aa  588  1e-167  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1541  ATP dependent DNA ligase  54.2 
 
 		 570 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1470  ATP dependent DNA ligase  54.56 
 
 		 542 aa  572  1.0000000000000001e-162  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.997789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  57.46 
 
 		 514 aa  573  1.0000000000000001e-162  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3691  ATP dependent DNA ligase  52.15 
 
 		 572 aa  560  1e-158  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0628  ATP dependent DNA ligase  53.68 
 
 		 568 aa  561  1e-158  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.639244  decreased coverage  0.00714589 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0751  ATP-dependent DNA ligase  54.13 
 
 		 578 aa  557  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.280099 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0462  ATP-dependent DNA ligase  49.92 
 
 		 594 aa  549  1e-155  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3432  ATP dependent DNA ligase  51.77 
 
 		 576 aa  543  1e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0304262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0553  ATP-dependent DNA ligase  53.5 
 
 		 561 aa  539  9.999999999999999e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0068  ATP-dependent DNA ligase  52.23 
 
 		 531 aa  531  1e-150  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1071  ATP dependent DNA ligase  52.48 
 
 		 574 aa  532  1e-150  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.088062 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3237  ATP dependent DNA ligase  49.25 
 
 		 613 aa  532  1e-150  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.330095  normal  0.222492 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3561  ATP dependent DNA ligase  48.84 
 
 		 614 aa  531  1e-149  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.147448 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3979  ATP-dependent DNA ligase  53.59 
 
 		 532 aa  531  1e-149  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  51.58 
 
 		 522 aa  505  9.999999999999999e-143  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  47.95 
 
 		 550 aa  503  1e-141  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0870  ATP-dependent DNA ligase  55.56 
 
 		 622 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140434  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0793  ATP-dependent DNA ligase  54.33 
 
 		 630 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.758441 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0798  ATP-dependent DNA ligase  55.13 
 
 		 648 aa  464  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109452  normal  0.0163574 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4617  ATP-dependent DNA ligase  55.33 
 
 		 622 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00668  DNA ligase  41.64 
 
 		 576 aa  432  1e-120  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.60466  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  37.57 
 
 		 584 aa  333  4e-90  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  41.38 
 
 		 535 aa  324  2e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075537 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3895  ATP-dependent DNA ligase  39.46 
 
 		 551 aa  317  3e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0306  ATP-dependent DNA ligase  38.27 
 
 		 559 aa  316  8e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247281  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  38.05 
 
 		 533 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2589  ATP-dependent DNA ligase  39.64 
 
 		 534 aa  315  1.9999999999999998e-84  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00328254 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  38.24 
 
 		 533 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  39.14 
 
 		 538 aa  314  2.9999999999999996e-84  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1105  ATP-dependent DNA ligase  38.54 
 
 		 552 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.660067 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  38.43 
 
 		 552 aa  313  5.999999999999999e-84  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  36.53 
 
 		 530 aa  313  5.999999999999999e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2195  ATP-dependent DNA ligase  37.7 
 
 		 552 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0151417  hitchhiker  0.0044454 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4307  ATP-dependent DNA ligase  38.01 
 
 		 552 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.66248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1518  ATP-dependent DNA ligase  38.12 
 
 		 542 aa  311  2.9999999999999997e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111157  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01736  ATP-dependent DNA ligase  38.8 
 
 		 534 aa  310  5e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1145  ATP-dependent DNA ligase  38.37 
 
 		 552 aa  309  9e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.646236 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  37.98 
 
 		 532 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.583345 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  38.13 
 
 		 558 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0311  ATP-dependent DNA ligase  37.74 
 
 		 559 aa  306  5.0000000000000004e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.194095 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2562  ATP dependent DNA ligase  35.03 
 
 		 535 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  38.24 
 
 		 558 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  38.83 
 
 		 532 aa  304  3.0000000000000004e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3334  ATP dependent DNA ligase  36.26 
 
 		 532 aa  304  3.0000000000000004e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  37.54 
 
 		 544 aa  302  8.000000000000001e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1134  ATP-dependent DNA ligase  38.35 
 
 		 553 aa  302  1e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1755  ATP dependent DNA ligase  35.83 
 
 		 533 aa  301  2e-80  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02270  DNA ligase  37.11 
 
 		 530 aa  300  3e-80  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  37.37 
 
 		 566 aa  292  1e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  37.86 
 
 		 561 aa  291  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1211  ATP-dependent DNA ligase  36.35 
 
 		 562 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837533 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4859  ATP-dependent DNA ligase  36.4 
 
 		 551 aa  288  2.9999999999999996e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425556  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3044  ATP-dependent DNA ligase  36.8 
 
 		 563 aa  287  4e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0164872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3873  ATP-dependent DNA ligase  35.47 
 
 		 567 aa  279  8e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.537943 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4135  DNA ligase, ATP-dependent  35.38 
 
 		 571 aa  277  3e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07831  ATP-dependent DNA ligase  32.26 
 
 		 546 aa  268  1e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.555428  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1462  ATP-dependent DNA ligase  34.46 
 
 		 551 aa  266  5.999999999999999e-70  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0685513 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07831  ATP-dependent DNA ligase  31.54 
 
 		 546 aa  266  8e-70  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  32.36 
 
 		 545 aa  266  1e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1040  ATP-dependent DNA ligase  34.18 
 
 		 554 aa  261  2e-68  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.081093  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0733  ATP-dependent DNA ligase  32.36 
 
 		 546 aa  261  3e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.12622  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  30.11 
 
 		 576 aa  194  3e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  35.12 
 
 		 1017 aa  156  8e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  29.1 
 
 		 567 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  33.65 
 
 		 527 aa  135  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.54 
 
 		 592 aa  127  3e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.74 
 
 		 562 aa  128  3e-28  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.48 
 
 		 531 aa  127  7e-28  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  28.26 
 
 		 547 aa  126  1e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.88 
 
 		 550 aa  125  1e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.39 
 
 		 556 aa  124  3e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.03 
 
 		 553 aa  124  3e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  29.07 
 
 		 546 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.09 
 
 		 548 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  32.06 
 
 		 513 aa  121  3e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.92 
 
 		 594 aa  120  7e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  27.27 
 
 		 568 aa  120  7.999999999999999e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.5 
 
 		 509 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  30.89 
 
 		 513 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  30.89 
 
 		 513 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.35 
 
 		 522 aa  118  3e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.58 
 
 		 539 aa  116  1.0000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  30.42 
 
 		 519 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.26 
 
 		 582 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  25.83 
 
 		 584 aa  114  5e-24  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  28.3 
 
 		 584 aa  113  7.000000000000001e-24  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.12 
 
 		 552 aa  113  8.000000000000001e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4316  ATP-dependent DNA ligase  32.6 
 
 		 503 aa  112  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.375111  normal  0.488131 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.05 
 
 		 588 aa  112  2.0000000000000002e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2642  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.71 
 
 		 592 aa  112  2.0000000000000002e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.750554  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2344  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.75 
 
 		 510 aa  111  3e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.873695  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0272  ATP-dependent DNA ligase  32.08 
 
 		 512 aa  111  4.0000000000000004e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.000560558  hitchhiker  0.000258657 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0096  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.53 
 
 		 506 aa  110  6e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0228406  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>