More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5983 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5983  TonB system transport protein ExbD  100 
 
 
155 aa  311  2e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.241351  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1255  TonB system transport protein ExbD type-1  75.54 
 
 
169 aa  216  1e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.51439  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0726  biopolymer transport protein ExbD/TolR  67.35 
 
 
187 aa  195  2e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.15869  normal  0.498503 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0234  TonB system transport protein ExbD  60.39 
 
 
177 aa  192  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.617554 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0937  biopolymer transport protein ExbD/TolR  67.15 
 
 
145 aa  191  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2419  TonB system transport protein ExbD  68.94 
 
 
145 aa  189  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4003  biopolymer transport protein ExbD/TolR  68.89 
 
 
145 aa  189  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1613  TonB system transport protein ExbD  74.82 
 
 
164 aa  186  1e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1667  TonB system transport protein ExbD  74.82 
 
 
164 aa  186  1e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2358  biopolymer transport protein ExbD/TolR  66.67 
 
 
145 aa  186  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1242  biopolymer transport protein ExbD/TolR  68.18 
 
 
146 aa  184  3e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0853044  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1433  TonB system transport protein ExbD  66.19 
 
 
145 aa  184  5e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584969  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2995  biopolymer transport protein ExbD/TolR  64.96 
 
 
142 aa  181  4e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.310145  normal  0.213252 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4274  TonB system transport protein ExbD type-1  64.96 
 
 
164 aa  181  4e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0093154 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  62.86 
 
 
141 aa  179  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25042  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0204  biopolymer transport protein ExbD  64.89 
 
 
141 aa  177  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0068  TonB system transport protein ExbD  64.39 
 
 
141 aa  177  5e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0921  biopolymer transport protein, ExbD  63.57 
 
 
141 aa  175  2e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284427  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10620  TonB system transport protein ExbD  65.15 
 
 
141 aa  175  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.160821  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0825  TonB system transport protein ExbD  66.92 
 
 
153 aa  175  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.027584 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5556  biopolymer transport protein ExbD  61.59 
 
 
142 aa  174  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2039  biopolymer transport protein ExbD/TolR  63.5 
 
 
156 aa  173  9e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.827879  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0748  biopolymer transport protein ExbD/TolR  64.23 
 
 
152 aa  172  1e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4650  TonB system transport protein ExbD  62.04 
 
 
145 aa  171  2e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.404384 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1147  TonB system transport protein ExbD type-1  63.57 
 
 
141 aa  171  4e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103894  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0704  biopolymer transport protein ExbD/TolR  65.93 
 
 
156 aa  171  5e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.486388 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1656  biopolymer transport protein ExbD/TolR  60.69 
 
 
151 aa  171  5e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0374  TonB system transport protein ExbD type-1  62.12 
 
 
141 aa  170  6e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5216  biopolymer transport protein ExbD  63.36 
 
 
142 aa  167  4e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5307  biopolymer transport protein ExbD  63.36 
 
 
142 aa  167  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.153689 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1981  biopolymer transport protein ExbD/TolR  61.87 
 
 
157 aa  166  8e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0594702  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0346  biopolymer transport protein ExbD  61.59 
 
 
141 aa  166  9e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5355  biopolymer transport protein ExbD  62.6 
 
 
142 aa  166  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610359  normal  0.681563 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0166  biopolymer transport protein ExbD  62.6 
 
 
142 aa  164  3e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0981914 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  62.12 
 
 
142 aa  164  5e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4541  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.55 
 
 
142 aa  162  1e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  60.43 
 
 
141 aa  160  6e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  61.59 
 
 
141 aa  160  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0389  biopolymer transport protein ExbD  58.7 
 
 
141 aa  160  7e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.627769  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0673  biopolymer transport protein ExbD  60.74 
 
 
143 aa  159  9e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717059  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  60.87 
 
 
141 aa  159  1e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  60.87 
 
 
141 aa  159  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  60.87 
 
 
141 aa  159  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0267  biopolymer transport protein ExbD  60.74 
 
 
143 aa  159  1e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.134786  normal  0.162508 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  60.87 
 
 
141 aa  159  1e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0592  biopolymer transport protein ExbD  60.74 
 
 
143 aa  159  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  60.87 
 
 
141 aa  159  1e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3640  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.83 
 
 
150 aa  159  1e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  60.87 
 
 
141 aa  159  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  60.87 
 
 
141 aa  159  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  61.03 
 
 
141 aa  159  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  60.87 
 
 
141 aa  159  1e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  60.87 
 
 
141 aa  159  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  60.87 
 
 
141 aa  159  1e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3760  TonB system transport protein ExbD  65.04 
 
 
139 aa  159  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  60.87 
 
 
141 aa  159  1e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1308  biopolymer transport exbD protein  54.97 
 
 
151 aa  159  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.47684  normal  0.431843 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3597  TonB system transport protein ExbD  64.23 
 
 
139 aa  157  4e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  60.14 
 
 
141 aa  157  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3544  biopolymer transport protein ExbD  56.94 
 
 
156 aa  157  5e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1132  TonB system transport protein ExbD  62.81 
 
 
157 aa  154  5e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2306  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.53 
 
 
156 aa  152  1e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.426715  normal  0.290697 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1268  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.53 
 
 
156 aa  152  1e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0930334  normal  0.120494 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3966  TonB system transport protein ExbD  59.38 
 
 
149 aa  152  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3332  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.91 
 
 
150 aa  151  3e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.156003  normal  0.605878 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1516  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.6 
 
 
156 aa  150  8e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.890263  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.14 
 
 
149 aa  148  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0300188 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3309  TonB system transport protein ExbD  60.16 
 
 
141 aa  145  2e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.537817  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2229  inner membrane protein  55.91 
 
 
141 aa  144  4e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.243191  normal  0.205918 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0174  TonB system transport protein ExbD  46.05 
 
 
152 aa  128  2e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3696  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.59 
 
 
149 aa  122  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.45 
 
 
144 aa  119  2e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.86 
 
 
147 aa  113  1e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0746  protein TolR  46.61 
 
 
148 aa  107  8e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0173  biopolymer ExbD/TolR family transporter  44.83 
 
 
136 aa  106  1e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.311198  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3058  biopolymer transport TolR  48.33 
 
 
152 aa  105  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0312035  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4434  protein TolR  45.76 
 
 
147 aa  105  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620039  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  44.44 
 
 
147 aa  104  4e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  44.92 
 
 
152 aa  102  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3389  protein TolR  44.92 
 
 
145 aa  102  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.436196  normal  0.250194 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1109  biopolymer transport TolR  49.58 
 
 
134 aa  101  4e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00176605  normal  0.311844 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5229  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.65 
 
 
149 aa  100  6e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.334933  normal  0.0672636 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4762  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.65 
 
 
149 aa  100  6e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.718124  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.91 
 
 
166 aa  100  7e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5304  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.07 
 
 
149 aa  100  9e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.159444  normal  0.423662 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0971  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.61 
 
 
137 aa  98.6  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3630  biopolymer ExbD/TolR family transporter  47.06 
 
 
146 aa  98.6  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  39.71 
 
 
153 aa  97.8  4e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  39.57 
 
 
153 aa  97.4  6e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  39.57 
 
 
153 aa  97.4  6e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3136  protein TolR  38.51 
 
 
146 aa  96.7  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0684  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.06 
 
 
154 aa  95.5  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.508331  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3166  protein TolR  40.74 
 
 
158 aa  95.5  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0330  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.53 
 
 
173 aa  95.5  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.175992  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2367  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.07 
 
 
162 aa  95.1  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1396  protein TolR  43.22 
 
 
156 aa  93.6  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1641  protein TolR  41.32 
 
 
150 aa  93.6  9e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1699  ExbD/TolR family TonB system transport protein  41.32 
 
 
150 aa  93.6  9e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1216  biopolymer transport TolR  41.32 
 
 
150 aa  93.2  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212808  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.03 
 
 
155 aa  92.4  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.8914  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>