More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5946 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 312 aa  622  1e-177  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  57.91 
 
 		 292 aa  319  3e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3052  LysR family transcriptional regulator  58.72 
 
 		 292 aa  318  1e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  54.88 
 
 		 299 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  54.67 
 
 		 300 aa  309  4e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  51.7 
 
 		 308 aa  304  2.0000000000000002e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  46.8 
 
 		 334 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 290 aa  251  1e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3974  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 328 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.140467 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1860  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 328 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547107 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4796  transcriptional regulator, LysR family  46.67 
 
 		 292 aa  241  1e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.511675  normal  0.87125 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4646  transcriptional regulator, LysR family  46.94 
 
 		 312 aa  241  1e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0479434  normal  0.927807 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 301 aa  209  4e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3189  LysR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 279 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2886  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 299 aa  185  8e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0958949  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 294 aa  172  5e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 291 aa  166  4e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4568  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.759587 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  31.73 
 
 		 315 aa  164  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0840  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 288 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1565  transcriptional regulator, LysR family  34.51 
 
 		 302 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0386  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 298 aa  162  9e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447442 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3368  transcriptional regulator, LysR family  35.57 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 313 aa  156  3e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 315 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 315 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 315 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  36.84 
 
 		 293 aa  155  6e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1135  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 299 aa  155  7e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0556811  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 313 aa  154  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03181  transcription regulator protein  35.69 
 
 		 328 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.30577 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 290 aa  152  7e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2289  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 293 aa  152  8.999999999999999e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 313 aa  152  8.999999999999999e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3188  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 291 aa  150  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.708036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 296 aa  150  4e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 311 aa  149  5e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1782  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 302 aa  149  7e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 294 aa  149  9e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4178  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 294 aa  146  5e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3308  transcription regulator protein  34.27 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.31701  normal  0.818104 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4310  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 293 aa  144  3e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2707  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.23 
 
 		 295 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0135797  normal  0.0584976 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5300  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 349 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.233752 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5209  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 349 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405506  normal  0.396133 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3178  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 293 aa  142  8e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5348  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 290 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261949 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3503  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 293 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.061821 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  32.76 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2973  putative transcriptional regulator  36.7 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5859  transcriptional regulator, LysR family  32.05 
 
 		 315 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35250  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 298 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.587508 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3600  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 307 aa  139  4.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0857675  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0173  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 290 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130123 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 308 aa  138  8.999999999999999e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.9 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 322 aa  136  6.0000000000000005e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2440  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 300 aa  135  9e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0826701  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 293 aa  135  9e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 291 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 304 aa  134  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 307 aa  132  6e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 303 aa  132  6e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 332 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2903  transcriptional regulator, LysR family  36.6 
 
 		 300 aa  132  9e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0770921  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2754  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 296 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0355  transcriptional regulator  29.15 
 
 		 293 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.837334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.86 
 
 		 289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1036  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0761  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0031  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 312 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 298 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 283 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 298 aa  129  7.000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 317 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 329 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2454  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 297 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.262838 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3003  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42287  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0055  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>