More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5888 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4956  FAD dependent oxidoreductase  71.69 
 
 		 439 aa  634    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.579279  normal  0.246978 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5888  oxidoreductase  100 
 
 		 445 aa  898    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2919  FAD dependent oxidoreductase  72.87 
 
 		 442 aa  615  1e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1548  FAD dependent oxidoreductase  68.31 
 
 		 441 aa  610  1e-173  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.746039 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5300  FAD dependent oxidoreductase  71.01 
 
 		 441 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.158205 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5001  FAD dependent oxidoreductase  71.46 
 
 		 441 aa  604  9.999999999999999e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.58394  normal  0.404419 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5589  FAD dependent oxidoreductase  71.01 
 
 		 441 aa  607  9.999999999999999e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.17966 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3069  FAD dependent oxidoreductase  66.07 
 
 		 441 aa  595  1e-169  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.211431  hitchhiker  0.00906466 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6064  FAD dependent oxidoreductase  68.09 
 
 		 441 aa  591  1e-168  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1649  FAD dependent oxidoreductase  68.76 
 
 		 441 aa  590  1e-167  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.756737  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2637  FAD dependent oxidoreductase  65.84 
 
 		 441 aa  585  1e-166  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.754665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6361  FAD dependent oxidoreductase  67.42 
 
 		 441 aa  587  1e-166  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6437  FAD dependent oxidoreductase  67.64 
 
 		 441 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6270  FAD dependent oxidoreductase  67.64 
 
 		 441 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.119616 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6672  FAD dependent oxidoreductase  67.64 
 
 		 441 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5517  FAD dependent oxidoreductase  62.02 
 
 		 441 aa  578  1e-164  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.176807  normal  0.255694 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2806  FAD dependent oxidoreductase  66.74 
 
 		 466 aa  575  1.0000000000000001e-163  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00827549  normal  0.954723 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5907  FAD dependent oxidoreductase  67.64 
 
 		 441 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.579318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1927  putative deaminase  65.39 
 
 		 441 aa  551  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.70122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8165  oxidoreductase  47.34 
 
 		 460 aa  409  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0557691  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5298  FAD dependent oxidoreductase  50.81 
 
 		 441 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.494862  normal  0.217732 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3695  FAD dependent oxidoreductase  45.68 
 
 		 445 aa  380  1e-104  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.822265  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2645  FAD dependent oxidoreductase  44.74 
 
 		 443 aa  366  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.864133  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4955  FAD dependent oxidoreductase  44.7 
 
 		 442 aa  362  7.0000000000000005e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.916041  normal  0.433563 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0765  putative FAD dependent oxidoreductase  42.43 
 
 		 442 aa  352  1e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.144956 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3826  FAD dependent oxidoreductase  39.31 
 
 		 442 aa  323  3e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0702  D-amino acid oxidase family protein  39.77 
 
 		 442 aa  320  5e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.382621  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2825  FAD dependent oxidoreductase  43.15 
 
 		 443 aa  318  1e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.893963 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5297  oxidoreductase  41.82 
 
 		 443 aa  313  3.9999999999999997e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.893259  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4605  FAD dependent oxidoreductase  42.29 
 
 		 444 aa  309  6.999999999999999e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6338  FAD dependent oxidoreductase  40.28 
 
 		 446 aa  307  3e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2277  FAD dependent oxidoreductase  38.75 
 
 		 433 aa  289  6e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.811789 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0236  AgaE protein  39.67 
 
 		 447 aa  289  8e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1879  FAD dependent oxidoreductase  39.44 
 
 		 447 aa  289  8e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.846969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3761  FAD dependent oxidoreductase  40.09 
 
 		 431 aa  283  3.0000000000000004e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3166  FAD dependent oxidoreductase  38.58 
 
 		 430 aa  281  2e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.71572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3290  FAD dependent oxidoreductase  37.68 
 
 		 451 aa  280  4e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.298058 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3518  FAD dependent oxidoreductase  38.84 
 
 		 431 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00768036  normal  0.224647 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1578  FAD dependent oxidoreductase  40.75 
 
 		 447 aa  271  1e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.497346  normal  0.349993 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0459  FAD dependent oxidoreductase  35.78 
 
 		 430 aa  268  1e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1592  FAD dependent oxidoreductase  36.88 
 
 		 430 aa  263  4.999999999999999e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1838  FAD dependent oxidoreductase  36.7 
 
 		 430 aa  253  7e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.659002  normal  0.295676 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3346  FAD dependent oxidoreductase  34.89 
 
 		 446 aa  236  7e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00864738 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1769  hypothetical protein  33.41 
 
 		 446 aa  231  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000748216 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4903  FAD dependent oxidoreductase  33.89 
 
 		 446 aa  226  7e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0595104 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3709  FAD dependent oxidoreductase  32.43 
 
 		 444 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.611519  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5640  FAD dependent oxidoreductase  32.65 
 
 		 444 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.738738  normal  0.548415 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4659  FAD dependent oxidoreductase  32.43 
 
 		 444 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4505  FAD dependent oxidoreductase  32.58 
 
 		 444 aa  212  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4047  FAD dependent oxidoreductase  32.81 
 
 		 455 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.345279  normal  0.812767 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1294  hypothetical protein  31.38 
 
 		 442 aa  211  3e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0272  hypothetical protein  31.38 
 
 		 442 aa  211  3e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0655938  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1362  FAD-dependent oxidoreductase  31.38 
 
 		 442 aa  211  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1023  FAD-dependent oxidoreductase  31.38 
 
 		 442 aa  211  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0543  hypothetical protein  31.38 
 
 		 442 aa  211  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1284  FAD-dependent oxidoreductase  31.38 
 
 		 442 aa  210  4e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1161  FAD dependent oxidoreductase  32.63 
 
 		 444 aa  210  5e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.309102 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2539  agaE protein  31.57 
 
 		 442 aa  209  9e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.154835  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1461  putative lipoprotein  31.24 
 
 		 436 aa  208  2e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0860  FAD dependent oxidoreductase  31.47 
 
 		 471 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.300011 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4693  FAD dependent oxidoreductase  30.25 
 
 		 423 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1159  putative FAD dependent oxidoreductase  30.37 
 
 		 428 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1938  FAD dependent oxidoreductase  31.76 
 
 		 388 aa  159  1e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2644  FAD dependent oxidoreductase  28.41 
 
 		 396 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.875281  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04340  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  26.52 
 
 		 386 aa  145  1e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.704442 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0595  FAD dependent oxidoreductase  26.93 
 
 		 390 aa  144  3e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.140462  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2308  FAD dependent oxidoreductase  28.09 
 
 		 395 aa  139  7e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3942  FAD dependent oxidoreductase  28.21 
 
 		 385 aa  137  4e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.741631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1730  FAD dependent oxidoreductase  27.1 
 
 		 382 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4123  hypothetical protein  27.66 
 
 		 371 aa  126  7e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00603105  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0048  FAD dependent oxidoreductase  23.24 
 
 		 376 aa  123  8e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3036  FAD dependent oxidoreductase  26.79 
 
 		 394 aa  122  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.385806 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1751  FAD dependent oxidoreductase  26.2 
 
 		 382 aa  122  9.999999999999999e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.18751 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6585  FAD dependent oxidoreductase  28.78 
 
 		 389 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.19426 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0207  FAD dependent oxidoreductase  27.18 
 
 		 388 aa  120  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.654488  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2939  FAD dependent oxidoreductase  28.64 
 
 		 378 aa  119  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1388  FAD dependent oxidoreductase  28.5 
 
 		 492 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.569106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47850  hypothetical protein  27.79 
 
 		 371 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000392863  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4350  FAD dependent oxidoreductase  27.36 
 
 		 816 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248836 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0151  FAD dependent oxidoreductase  26.49 
 
 		 389 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6294  FAD dependent oxidoreductase  24.87 
 
 		 387 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0964  glycine oxidase ThiO  27.94 
 
 		 361 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0437682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4373  FAD dependent oxidoreductase  24.77 
 
 		 385 aa  116  6.9999999999999995e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0781  putative FAD dependent oxidoreductase  26.68 
 
 		 391 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.740851 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2330  FAD dependent oxidoreductase  29.27 
 
 		 394 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00484515  normal  0.869499 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3400  FAD dependent oxidoreductase  26.76 
 
 		 394 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0126015  normal  0.687523 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4021  FAD dependent oxidoreductase  26.89 
 
 		 816 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0086  FAD dependent oxidoreductase  25.52 
 
 		 385 aa  115  2.0000000000000002e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.024354  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6532  FAD dependent oxidoreductase  23.88 
 
 		 374 aa  113  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.330707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2072  FAD dependent oxidoreductase  25.8 
 
 		 392 aa  113  8.000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1296  FAD dependent oxidoreductase  27.84 
 
 		 401 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.43026  normal  0.445947 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1830  SoxB protein  25.86 
 
 		 377 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.01775  normal  0.260331 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0255  oxidoreductase, FAD-binding protein  25.31 
 
 		 384 aa  111  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5264  FAD dependent oxidoreductase  29.07 
 
 		 398 aa  111  3e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.363597 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2281  FAD dependent oxidoreductase  26.4 
 
 		 385 aa  110  4.0000000000000004e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.405661  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4544  glycine oxidase ThiO  22.41 
 
 		 369 aa  110  6e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.569361 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4985  FAD dependent oxidoreductase  28.84 
 
 		 398 aa  110  6e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4896  FAD dependent oxidoreductase  28.84 
 
 		 398 aa  110  6e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0161  FAD dependent oxidoreductase  24.88 
 
 		 394 aa  110  7.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7805  FAD dependent oxidoreductase  25.42 
 
 		 395 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.436057  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>