More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5853 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5853  transcriptional regulator GntR family  100 
 
 		 221 aa  438  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.110749  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2447  GntR family transcriptional regulator  61.86 
 
 		 222 aa  275  5e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0874  GntR family transcriptional regulator  61.4 
 
 		 226 aa  274  7e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.366821  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3295  transcriptional regulator, GntR family  60.29 
 
 		 232 aa  270  1e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3515  GntR family transcriptional regulator  60.09 
 
 		 226 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.715745  normal  0.6161 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0495  transcriptional regulator GntR  59.62 
 
 		 249 aa  265  4e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5027  transcriptional regulator, GntR family  60.39 
 
 		 224 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2173  hypothetical protein  57.67 
 
 		 222 aa  264  8.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0421026  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5376  transcriptional regulator, GntR family  58.72 
 
 		 221 aa  258  3e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0423654  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0318  GntR family transcriptional regulator  63.29 
 
 		 218 aa  259  3e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5735  GntR family transcriptional regulator  58.37 
 
 		 224 aa  258  5.0000000000000005e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.419462 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0537  transcriptional regulator, GntR family  52.38 
 
 		 245 aa  174  8e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0745569  normal  0.0258493 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3518  transcriptional regulator, GntR family  49.23 
 
 		 219 aa  173  1.9999999999999998e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2681  transcriptional regulator, GntR family  47.03 
 
 		 231 aa  170  2e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3560  transcriptional regulator, GntR family  43.63 
 
 		 236 aa  159  4e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.798269  normal  0.770006 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6997  transcriptional regulator, GntR family  45.81 
 
 		 232 aa  154  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0048  GntR family transcriptional regulator  44.32 
 
 		 194 aa  150  2e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4799  transcriptional regulator, GntR family  42.08 
 
 		 233 aa  131  9e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.197176 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6353  transcriptional regulator, GntR family  37.98 
 
 		 232 aa  129  3e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4225  transcriptional regulator, GntR family  39.34 
 
 		 215 aa  127  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625874  normal  0.700845 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00430  transcriptional regulator  38.6 
 
 		 227 aa  123  3e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.298541 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4450  GntR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 224 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3986  GntR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 224 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.963053  normal  0.126753 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3314  transcriptional regulator, GntR family  34.13 
 
 		 236 aa  116  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4086  GntR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 224 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.297751  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19230  transcriptional regulator  36 
 
 		 235 aa  113  2.0000000000000002e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0178  transcriptional regulator, GntR family  39.7 
 
 		 225 aa  112  4.0000000000000004e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0092  GntR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 236 aa  111  7.000000000000001e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6333  transcriptional regulator, GntR family  32.42 
 
 		 245 aa  102  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2798  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 216 aa  99.8  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  41.29 
 
 		 244 aa  95.1  7e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 265 aa  92.8  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5069  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 247 aa  91.3  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.046054  normal  0.249885 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 217 aa  89.4  4e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1922  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 245 aa  87.4  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4755  transcriptional regulator, GntR family  36.02 
 
 		 227 aa  87  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4083  GntR domain protein  35.81 
 
 		 222 aa  85.9  4e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2332  transcriptional regulator, GntR family  30.97 
 
 		 246 aa  85.9  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.738063 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  35.09 
 
 		 223 aa  85.1  7e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0568  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 396 aa  84.3  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  34.1 
 
 		 222 aa  83.6  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2531  GntR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 242 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1313  regulatory protein GntR, HTH  31.34 
 
 		 227 aa  83.2  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.568761  hitchhiker  0.00841206 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3144  GntR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 242 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3300  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 231 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1511  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 231 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 242 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2536  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 231 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.184129  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1282  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 231 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.932176  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2435  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 231 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303116  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 241 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2392  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 231 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2010  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 231 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 242 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0311  GntR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 202 aa  82  0.000000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2064  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 231 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 232 aa  81.6  0.000000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 241 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 242 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1304  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 234 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0497792 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 267 aa  78.6  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 222 aa  77  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5281  GntR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 234 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0412197 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 223 aa  77  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2025  transcriptional regulator, GntR family  34.72 
 
 		 232 aa  77  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00234923  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  33.95 
 
 		 223 aa  77  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2643  GntR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 206 aa  76.6  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.577807 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 222 aa  76.6  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5625  transcriptional regulator, GntR family  36.25 
 
 		 240 aa  75.9  0.0000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.489538  decreased coverage  0.00304331 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3025  GntR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 225 aa  75.1  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.131059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6111  GntR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 234 aa  75.1  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1966  GntR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 234 aa  75.1  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0673  GntR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 233 aa  75.1  0.0000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.990367 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 229 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5240  transcriptional regulator, GntR family  29.44 
 
 		 227 aa  73.9  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1990  GntR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 234 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.964349 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  31.48 
 
 		 233 aa  73.6  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 219 aa  73.9  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1505  transcriptional regulator, GntR family  29.67 
 
 		 243 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160619  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1271  GntR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 234 aa  72  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 229 aa  71.6  0.000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 		 225 aa  71.6  0.000000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2145  transcriptional regulator, GntR family  29.55 
 
 		 254 aa  71.6  0.000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0665  transcriptional regulator, GntR family  29.41 
 
 		 249 aa  71.6  0.000000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0305272 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  30.45 
 
 		 241 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5667  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 260 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3051  GntR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 231 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.487001  normal  0.14634 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1095  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 253 aa  70.5  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.103754 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  26.96 
 
 		 226 aa  70.5  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0013  GntR domain protein  29.79 
 
 		 218 aa  70.9  0.00000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.913161  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4063  GntR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 243 aa  70.1  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.299746  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 235 aa  70.1  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 241 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3219  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 257 aa  69.7  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0764465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  31.15 
 
 		 231 aa  69.7  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1538  transcriptional regulator, GntR family  28.77 
 
 		 242 aa  70.1  0.00000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0494418 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 222 aa  69.7  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5017  GntR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 231 aa  69.3  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.488746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2937  GntR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 242 aa  69.3  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0279772  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1303  GntR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 238 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.153269  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>