222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5833 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5833  hydantoin utilization protein  100 
 
 
563 aa  1142    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1718  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  44 
 
 
556 aa  479  1e-134  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1966  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  44.32 
 
 
589 aa  457  1e-127  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1560  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  40.87 
 
 
584 aa  446  1.0000000000000001e-124  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0126981  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2446  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  42.29 
 
 
583 aa  443  1e-123  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4027  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.86 
 
 
558 aa  404  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5473  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  40.04 
 
 
552 aa  387  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.691063  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2300  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.48 
 
 
585 aa  359  8e-98  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.56332  normal  0.0979902 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3415  Hydantoinase B/oxoprolinase  35.39 
 
 
578 aa  359  9e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41537  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4192  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.45 
 
 
580 aa  354  2e-96  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4582  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.52 
 
 
577 aa  342  1e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3764  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.25 
 
 
564 aa  341  2e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3642  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.07 
 
 
557 aa  335  1e-90  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2941  5-oxoprolinase  36.35 
 
 
579 aa  329  1.0000000000000001e-88  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6261  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.39 
 
 
577 aa  327  5e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0857847  normal  0.425917 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2633  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.75 
 
 
577 aa  324  2e-87  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.286418 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9149  hydantoin utilization protein  34.36 
 
 
566 aa  320  3.9999999999999996e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.288319  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1981  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.3 
 
 
562 aa  320  6e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307299  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5219  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.66 
 
 
568 aa  317  3e-85  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.667486  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5647  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.21 
 
 
582 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.753702  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2708  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.82 
 
 
527 aa  308  1.0000000000000001e-82  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2207  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.33 
 
 
559 aa  305  2.0000000000000002e-81  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00887256  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5965  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.68 
 
 
597 aa  303  7.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.744958  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5631  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.01 
 
 
598 aa  301  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0685105 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3663  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.88 
 
 
586 aa  300  6e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0156041 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1062  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.5 
 
 
519 aa  299  8e-80  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0859035  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1059  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.22 
 
 
599 aa  299  1e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.331843  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9129  hydantoin utilization protein  33.69 
 
 
640 aa  299  1e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0692  hydantoin utilization protein B  35.01 
 
 
565 aa  291  2e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.755562  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4046  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.81 
 
 
559 aa  291  2e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0146598  decreased coverage  0.00136288 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4144  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.12 
 
 
601 aa  291  2e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.969544  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0080  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.39 
 
 
572 aa  288  2e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.740516  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2411  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.08 
 
 
515 aa  287  4e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.381663  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2210  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.92 
 
 
586 aa  285  1.0000000000000001e-75  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0561  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.43 
 
 
524 aa  283  6.000000000000001e-75  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.899145  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0037  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.61 
 
 
531 aa  282  9e-75  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1968  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.18 
 
 
528 aa  281  3e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.302268  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3921  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.26 
 
 
534 aa  281  3e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.710611  normal  0.101565 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7017  hydantoin utilization protein  32.25 
 
 
571 aa  280  4e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3116  Hydantoinase B/oxoprolinase  33.33 
 
 
548 aa  280  7e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.708743  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3104  N-methylhydantoinase B/acetone carboxylase, alpha subunit  36.83 
 
 
537 aa  278  2e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1578  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.33 
 
 
541 aa  278  2e-73  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6535  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.91 
 
 
582 aa  278  3e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.479598 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4696  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.72 
 
 
548 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0476  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.43 
 
 
579 aa  275  2.0000000000000002e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1128  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.48 
 
 
510 aa  271  2.9999999999999997e-71  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5989  N-methylhydantoinase B (Hydantoin utilization protein B)  33.75 
 
 
577 aa  269  8.999999999999999e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0982181 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0376  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.04 
 
 
657 aa  269  1e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3306  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.83 
 
 
561 aa  268  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.32832  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8487  Hydantoinase B/oxoprolinase  32.62 
 
 
671 aa  266  8e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1474  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.39 
 
 
660 aa  266  8.999999999999999e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.468362 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3956  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.45 
 
 
681 aa  265  1e-69  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6264  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.76 
 
 
544 aa  265  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0727  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.64 
 
 
513 aa  264  3e-69  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0372  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.14 
 
 
616 aa  263  6e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.014712  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8174  hydantoin utilization protein  32.05 
 
 
585 aa  263  8e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.246451  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3569  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.7 
 
 
575 aa  261  2e-68  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4352  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.89 
 
 
594 aa  258  3e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1934  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.8 
 
 
561 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0802  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.75 
 
 
561 aa  255  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.36294  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2292  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.95 
 
 
558 aa  255  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.169693 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0639  putative N-methylhydantoinase B  34.77 
 
 
558 aa  253  6e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1391  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.98 
 
 
517 aa  253  8.000000000000001e-66  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.251897  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3090  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.27 
 
 
645 aa  252  1e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0547803  hitchhiker  0.000201646 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8319  hydantoin utilization protein  32.68 
 
 
574 aa  250  4e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.113582  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3732  hydantoinase B/oxoprolinase  31.25 
 
 
674 aa  249  7e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3602  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.95 
 
 
597 aa  247  3e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0424  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.87 
 
 
514 aa  247  4.9999999999999997e-64  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1246  Hydantoinase B/oxoprolinase  36.07 
 
 
845 aa  246  6.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.446767  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4973  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.81 
 
 
652 aa  244  3.9999999999999997e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.175977 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3492  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.74 
 
 
645 aa  244  3.9999999999999997e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2462  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.9 
 
 
515 aa  243  7e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1912  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.69 
 
 
569 aa  243  7.999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0371737 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1856  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.52 
 
 
512 aa  241  2.9999999999999997e-62  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0996976  normal  0.357949 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0414  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.05 
 
 
513 aa  239  6.999999999999999e-62  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2413  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.36 
 
 
529 aa  239  1e-61  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0408738  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0791  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.91 
 
 
670 aa  239  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.549712 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6188  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.84 
 
 
539 aa  235  1.0000000000000001e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.104121 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1104  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.2 
 
 
511 aa  235  2.0000000000000002e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.723439  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1520  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.88 
 
 
588 aa  234  2.0000000000000002e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0467  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.4 
 
 
514 aa  234  3e-60  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.011841  hitchhiker  0.0000000457573 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4926  Hydantoin utilization protein B  31.42 
 
 
551 aa  232  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.253759  normal  0.500561 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5621  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.34 
 
 
708 aa  232  1e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.99583 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5330  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.51 
 
 
708 aa  232  2e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.288616 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3514  hydantoinase B/oxoprolinase  30.55 
 
 
581 aa  230  5e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2084  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.56 
 
 
587 aa  229  9e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.81629  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4825  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.54 
 
 
586 aa  229  1e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.308896  normal  0.0497189 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2859  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.87 
 
 
629 aa  228  2e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.832595  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2261  hydantoinase B/oxoprolinase  30.37 
 
 
581 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2367  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.08 
 
 
530 aa  227  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2646  hydantoinase B/oxoprolinase  29.03 
 
 
647 aa  227  5.0000000000000005e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0175  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.81 
 
 
628 aa  226  6e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2414  hydantoinase B/oxoprolinase  30.37 
 
 
581 aa  226  8e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.49373  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0131  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.01 
 
 
517 aa  225  2e-57  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.367473  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6594  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.59 
 
 
624 aa  224  4e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1695  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.16 
 
 
632 aa  223  9.999999999999999e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3648  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.93 
 
 
564 aa  221  3e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.101613  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2036  hydantoinase B/oxoprolinase  30.45 
 
 
600 aa  219  7.999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.524189  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20950  N-methylhydantoinase B/acetone carboxylase, alpha subunit  30.97 
 
 
647 aa  219  1e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0800854 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6273  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.42 
 
 
634 aa  218  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0677788 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>