More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5710 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5710  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  100 
 
 
280 aa  553  1e-157  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.249557  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.77 
 
 
281 aa  382  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.302413  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.5 
 
 
277 aa  364  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.603353  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.13 
 
 
278 aa  349  3e-95  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2510  ABC sugar transporter inner membrane binding protein  48.85 
 
 
278 aa  251  1e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.686515 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2199  monosaccharide-transporting ATPase  41.22 
 
 
269 aa  191  9e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.139368  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
284 aa  191  1e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.354053  normal  0.174244 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.5 
 
 
287 aa  190  2e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1636  sugar ABC transporter, permease  38.52 
 
 
277 aa  185  8e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.43 
 
 
273 aa  184  1.0000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1901  sugar ABC transporter, permease protein  37.98 
 
 
277 aa  183  3e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.682079  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.21 
 
 
270 aa  183  3e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07090  carbohydrate ABC transporter membrane protein  36.82 
 
 
297 aa  182  6e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484771  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
289 aa  180  2e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.467109  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.37 
 
 
281 aa  180  2e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.52 
 
 
300 aa  179  2.9999999999999997e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.385749  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.31 
 
 
301 aa  179  4e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.38 
 
 
277 aa  177  2e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000457855  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.21 
 
 
275 aa  176  3e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2094  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.16 
 
 
279 aa  176  4e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.179988  hitchhiker  0.00000184258 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29400  carbohydrate ABC transporter membrane protein  34.89 
 
 
305 aa  176  5e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.709644  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.23 
 
 
275 aa  175  8e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.326622  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.85 
 
 
270 aa  175  9.999999999999999e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.668515  normal  0.267306 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05240  carbohydrate ABC transporter membrane protein  37.08 
 
 
312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1550  MalG-type ABC sugar transport system permease component  32.05 
 
 
308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0478  ABC transporter, permease protein  36.12 
 
 
275 aa  173  2.9999999999999996e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2313  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.13 
 
 
280 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0326071  normal  0.242877 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.27 
 
 
283 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0788706  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0205  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.48 
 
 
279 aa  172  3.9999999999999995e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.67338  normal  0.16615 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.03 
 
 
301 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00882  L-arabinose transport system permease protein AraQ  34.07 
 
 
278 aa  172  5.999999999999999e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0407955  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2917  ABC-type sugar transport system, permease component  39.74 
 
 
273 aa  171  1e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.4 
 
 
292 aa  171  2e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.35 
 
 
271 aa  170  2e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2522  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.31 
 
 
297 aa  170  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000227991  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4398  Monosaccharide-transporting ATPase  36.07 
 
 
281 aa  170  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000709548  normal  0.804646 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2265  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.97 
 
 
298 aa  171  2e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15321  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5582  ABC transporter membrane spanning protein (galacturonic acid)  37.64 
 
 
293 aa  170  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2724  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.84 
 
 
290 aa  169  4e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.191447  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
274 aa  169  4e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.270796  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2681  Monosaccharide-transporting ATPase  35.06 
 
 
278 aa  169  5e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.515759  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
294 aa  169  5e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000583333  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1314  ABC transporter, permease protein  35.51 
 
 
273 aa  169  5e-41  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0956  monosaccharide-transporting ATPase  35.02 
 
 
277 aa  169  5e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0922285  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06290  carbohydrate ABC transporter membrane protein  38.82 
 
 
291 aa  169  7e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0512  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.47 
 
 
298 aa  167  1e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0906  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  34.56 
 
 
283 aa  167  2e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.100399  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2231  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.54 
 
 
297 aa  167  2e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.807172 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.83 
 
 
294 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.466926 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.02 
 
 
275 aa  167  2e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.260696  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.07 
 
 
295 aa  166  2.9999999999999998e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.48115  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.73 
 
 
277 aa  166  2.9999999999999998e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1548  monosaccharide-transporting ATPase  39.19 
 
 
278 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.02 
 
 
299 aa  166  5e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0163331  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05110  carbohydrate ABC transporter membrane protein  34.9 
 
 
295 aa  166  5.9999999999999996e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.34 
 
 
275 aa  165  6.9999999999999995e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3955  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.84 
 
 
274 aa  165  6.9999999999999995e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.78 
 
 
299 aa  165  8e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3424  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  32.13 
 
 
277 aa  165  9e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.224569  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0383  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 
268 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2820  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0050805  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29030  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.84 
 
 
275 aa  164  1.0000000000000001e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1605  ABC transporter sugar permease  38.36 
 
 
278 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.732965  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.18 
 
 
311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00417428  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2366  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.22 
 
 
288 aa  163  2.0000000000000002e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.125554  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29430  ABC-type sugar transport system, permease component  33.33 
 
 
298 aa  163  3e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.98 
 
 
280 aa  162  4.0000000000000004e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.23 
 
 
324 aa  162  5.0000000000000005e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2301  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.69 
 
 
285 aa  162  6e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.866945  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.74 
 
 
290 aa  162  6e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4695  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
271 aa  162  7e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00258755  normal  0.655339 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.85 
 
 
315 aa  162  7e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03070  carbohydrate ABC transporter membrane protein  34.1 
 
 
296 aa  162  8.000000000000001e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.386443  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.15 
 
 
310 aa  161  9e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21170  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.66 
 
 
302 aa  161  9e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.281989  normal  0.140209 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2544  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.73 
 
 
299 aa  161  9e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.238071  normal  0.0688071 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33 
 
 
297 aa  161  9e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.714989  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.61 
 
 
300 aa  161  9e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.17142  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1703  putative transport system permease ABC transporter protein  37.55 
 
 
292 aa  161  1e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.757038  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0471  ABC-type sugar transport system permease component-like  35.25 
 
 
276 aa  161  1e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1700  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.22 
 
 
281 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3327  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
295 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.925961 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.98 
 
 
272 aa  161  1e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2231  Monosaccharide-transporting ATPase  32.94 
 
 
271 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2832  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.32 
 
 
324 aa  160  2e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.051903  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.94 
 
 
271 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00314445 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.84 
 
 
294 aa  160  2e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000948808  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1140  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.31 
 
 
278 aa  160  2e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2023  Monosaccharide-transporting ATPase  35.9 
 
 
295 aa  160  2e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000143411  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
285 aa  160  2e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000816013  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
299 aa  160  3e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3420  proteophosphoglycan ppg4  33.33 
 
 
272 aa  160  3e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.257772  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.54 
 
 
297 aa  160  3e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.852647  hitchhiker  0.00315678 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
272 aa  160  3e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00685083  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29710  carbohydrate ABC transporter membrane protein  36.78 
 
 
304 aa  159  5e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.942295  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
271 aa  159  6e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0525  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.59 
 
 
282 aa  159  6e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.641488  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.59 
 
 
295 aa  159  7e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.574995  hitchhiker  0.00173435 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4346  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.03 
 
 
292 aa  158  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000934569 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.95 
 
 
296 aa  158  8e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>