More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5666 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5594  extracellular solute-binding protein  80.45 
 
 		 535 aa  913    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459863  normal  0.392289 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5666  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  100 
 
 		 537 aa  1106    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5006  extracellular solute-binding protein family 5  81.23 
 
 		 536 aa  919    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.264167 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1922  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  77.97 
 
 		 535 aa  872    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.92103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5304  extracellular solute-binding protein family 5  80.6 
 
 		 536 aa  917    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.85757 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4961  extracellular solute-binding protein  70.58 
 
 		 537 aa  809    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  normal  0.0265573 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2914  extracellular solute-binding protein family 5  70.95 
 
 		 537 aa  822    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3074  extracellular solute-binding protein  51.54 
 
 		 536 aa  557  1e-157  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0483936 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0157  twin-arginine translocation pathway signal  48.62 
 
 		 545 aa  546  1e-154  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.695568  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0249  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  48.34 
 
 		 545 aa  542  1e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0058  extracellular solute-binding protein  48.79 
 
 		 539 aa  534  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6090  extracellular solute-binding protein family 5  49.23 
 
 		 538 aa  520  1e-146  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.194048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6591  extracellular solute-binding protein  49.33 
 
 		 540 aa  521  1e-146  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.476219 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0786  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.67 
 
 		 526 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2187  extracellular solute-binding protein  49.52 
 
 		 519 aa  516  1.0000000000000001e-145  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.843737  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5634  extracellular solute-binding protein family 5  48.32 
 
 		 540 aa  513  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1495  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  48.56 
 
 		 538 aa  514  1e-144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.045715  hitchhiker  0.00127227 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1543  extracellular solute-binding protein family 5  44.64 
 
 		 513 aa  503  1e-141  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.397228  normal  0.410252 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3699  extracellular solute-binding protein  49.27 
 
 		 527 aa  502  1e-141  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6277  extracellular solute-binding protein  48.18 
 
 		 527 aa  487  1e-136  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0281814  normal  0.114415 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6444  twin-arginine translocation pathway signal  48.18 
 
 		 527 aa  487  1e-136  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6679  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component  48.18 
 
 		 527 aa  487  1e-136  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6057  extracellular solute-binding protein  47.61 
 
 		 527 aa  481  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.195883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6354  extracellular solute-binding protein  47.42 
 
 		 527 aa  480  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2945  extracellular solute-binding protein  43.47 
 
 		 509 aa  453  1.0000000000000001e-126  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2781  extracellular solute-binding protein  39.92 
 
 		 525 aa  365  1e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0409  extracellular solute-binding protein  39.55 
 
 		 520 aa  360  4e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3746  extracellular solute-binding protein family 5  36.91 
 
 		 513 aa  336  5.999999999999999e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5072  extracellular solute-binding protein  35.77 
 
 		 519 aa  318  2e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.236333  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6426  extracellular solute-binding protein family 5  35.58 
 
 		 529 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0312111 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4497  extracellular solute-binding protein family 5  35 
 
 		 529 aa  303  7.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2178  extracellular solute-binding protein  34.69 
 
 		 529 aa  293  5e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.246301  normal  0.618007 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6105  extracellular solute-binding protein family 5  34.98 
 
 		 518 aa  290  4e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000312198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3816  twin-arginine translocation pathway signal  33.13 
 
 		 522 aa  290  4e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.961587  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4502  extracellular solute-binding protein family 5  33.91 
 
 		 526 aa  289  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.146925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3525  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  35.15 
 
 		 535 aa  286  5.999999999999999e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3169  extracellular solute-binding protein  34.95 
 
 		 535 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.116403 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2843  extracellular solute-binding protein  34.05 
 
 		 535 aa  279  8e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1820  twin-arginine translocation pathway signal  35.81 
 
 		 527 aa  278  1e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.575663  normal  0.77509 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6279  extracellular solute-binding protein family 5  33.59 
 
 		 512 aa  278  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2183  extracellular solute-binding protein  32.69 
 
 		 529 aa  273  6e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.226598 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6274  extracellular solute-binding protein family 5  33.06 
 
 		 511 aa  256  9e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0245039 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6276  extracellular solute-binding protein family 5  31.97 
 
 		 496 aa  249  9e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0695772 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3524  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  31.88 
 
 		 534 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.413747  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2844  extracellular solute-binding protein  31.52 
 
 		 534 aa  243  6e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.922612  normal  0.415189 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3168  extracellular solute-binding protein  31.44 
 
 		 534 aa  239  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  32.81 
 
 		 516 aa  236  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2105  extracellular solute-binding protein family 5  31.31 
 
 		 538 aa  223  8e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0251373  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5589  extracellular solute-binding protein  30.02 
 
 		 513 aa  214  2.9999999999999995e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.333853 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0953  extracellular solute-binding protein family 5  30 
 
 		 532 aa  213  5.999999999999999e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16230  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.89 
 
 		 516 aa  205  1e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.884302  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0576  extracellular solute-binding protein family 5  27.56 
 
 		 533 aa  199  1.0000000000000001e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1749  extracellular solute-binding protein family 5  28.12 
 
 		 538 aa  184  4.0000000000000006e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.483604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  27.9 
 
 		 514 aa  182  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3332  extracellular solute-binding protein  26.96 
 
 		 517 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3338  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 		 524 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2078  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 		 550 aa  166  1.0000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0155484  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0558  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 		 561 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.760139  hitchhiker  0.00152331 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  26.95 
 
 		 515 aa  164  4.0000000000000004e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3559  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 		 526 aa  162  2e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43971  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5692  extracellular solute-binding protein family 5  25.59 
 
 		 555 aa  161  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2653  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 		 517 aa  157  3e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.0051152  normal  0.33796 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2073  extracellular solute-binding protein  25.69 
 
 		 517 aa  157  4e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.610417  normal  0.462432 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1039  extracellular solute-binding protein family 5  27.6 
 
 		 503 aa  157  6e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.78614  normal  0.0480029 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3756  putative peptide ABC transporter, substrate- binding protein  26.25 
 
 		 514 aa  152  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0279615  normal  0.332846 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1086  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 		 523 aa  150  4e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3175  extracellular solute-binding protein family 5  23.98 
 
 		 554 aa  150  8e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000918408 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  26.4 
 
 		 509 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3508  extracellular solute-binding protein family 5  28.69 
 
 		 508 aa  149  1.0000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0424359 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0790  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  23.27 
 
 		 554 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3973  extracellular solute-binding protein family 5  29.61 
 
 		 505 aa  146  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617507  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.79 
 
 		 510 aa  144  4e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  26.92 
 
 		 520 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  25.43 
 
 		 512 aa  141  3e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  26.18 
 
 		 531 aa  138  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1360  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 543 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0151381 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1961  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.36 
 
 		 513 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.386989 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  24.2 
 
 		 502 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  26.4 
 
 		 534 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 		 528 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0939  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 517 aa  135  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  23.88 
 
 		 527 aa  134  3e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0391  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 		 522 aa  133  7.999999999999999e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5381  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  27.96 
 
 		 524 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.121189  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0074  twin-arginine translocation pathway signal  27.65 
 
 		 514 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0403886  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1632  extracellular solute-binding protein family 5  24.51 
 
 		 517 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2156  extracellular solute-binding protein  25.19 
 
 		 543 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.470572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0232  extracellular solute-binding protein  23.84 
 
 		 517 aa  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 512 aa  131  3e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  26 
 
 		 512 aa  130  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  26 
 
 		 512 aa  130  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  26 
 
 		 512 aa  130  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  28.66 
 
 		 520 aa  130  6e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  26.47 
 
 		 510 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  25.57 
 
 		 505 aa  129  1.0000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  24.27 
 
 		 528 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  26.71 
 
 		 509 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 521 aa  128  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.35 
 
 		 520 aa  128  3e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0996  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.68 
 
 		 528 aa  127  5e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.41324e-61 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>