More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5634 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5634  hypothetical protein  100 
 
 		 568 aa  1179    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00869862  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2178  extracellular solute-binding protein  62.91 
 
 		 561 aa  710    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2124  hypothetical protein  54.15 
 
 		 566 aa  624  1e-177  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.415891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2848  4-phytase  46.28 
 
 		 563 aa  539  9.999999999999999e-153  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.540815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0438  extracellular solute-binding protein  35.19 
 
 		 549 aa  295  2e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3425  extracellular solute-binding protein family 5  27.88 
 
 		 563 aa  215  9.999999999999999e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2177  extracellular solute-binding protein family 5  29.37 
 
 		 554 aa  213  1e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3988  extracellular solute-binding protein  28.49 
 
 		 540 aa  192  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3255  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  28.3 
 
 		 540 aa  191  4e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3275  hypothetical protein  28.95 
 
 		 540 aa  187  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.349389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1751  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 		 538 aa  178  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150343  normal  0.0954392 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0212  extracellular solute-binding protein  28.65 
 
 		 538 aa  166  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0260102  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1821  putative peptide transport system substrate-binding protein  26.27 
 
 		 587 aa  155  1e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3512  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  25.94 
 
 		 568 aa  152  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.321069  normal  0.988555 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6676  extracellular solute-binding protein family 5  29.36 
 
 		 539 aa  152  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479975  normal  0.420932 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1850  extracellular solute-binding protein family 5  25.62 
 
 		 584 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33430  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  24.44 
 
 		 562 aa  141  3e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.175667 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4719  4-phytase  25.87 
 
 		 564 aa  140  7e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0883166  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33360  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  24.58 
 
 		 549 aa  138  3.0000000000000003e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.722475  normal  0.940695 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7148  extracellular solute-binding protein family 5  25.83 
 
 		 586 aa  128  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.118228 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24240  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.38 
 
 		 573 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00730  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  23.06 
 
 		 560 aa  125  2e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0438  extracellular solute-binding protein  24.12 
 
 		 569 aa  125  2e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000302418 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4557  extracellular solute-binding protein family 5  26.97 
 
 		 570 aa  124  4e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1289  extracellular solute-binding protein family 5  26.95 
 
 		 610 aa  124  5e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.172232  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2586  extracellular solute-binding protein family 5  23.6 
 
 		 603 aa  122  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.653336  decreased coverage  0.00337365 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5913  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  26.42 
 
 		 593 aa  122  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0808698  normal  0.0457082 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  24.85 
 
 		 544 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2247  extracellular solute-binding protein  26.34 
 
 		 535 aa  120  7e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0125251  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4685  extracellular solute-binding protein  25.14 
 
 		 532 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.192999  normal  0.292705 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  24.65 
 
 		 544 aa  118  3e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1553  extracellular solute-binding protein family 5  23.32 
 
 		 587 aa  118  3.9999999999999997e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.525667  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2982  extracellular solute-binding protein family 5  23.19 
 
 		 573 aa  118  3.9999999999999997e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.270832  normal  0.0254721 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3028  twin-arginine translocation pathway signal  24.25 
 
 		 562 aa  117  5e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000374916  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0985  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 		 511 aa  117  6.9999999999999995e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.252461  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0699  extracellular solute-binding protein family 5  28.45 
 
 		 590 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2296  extracellular solute-binding protein family 5  25.23 
 
 		 584 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000797709  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  24.7 
 
 		 565 aa  114  7.000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1481  ABC oligopeptide transporter, perplasmic substrate-binding protein OppA  25.1 
 
 		 529 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.869658  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2457  extracellular solute-binding protein family 5  23.73 
 
 		 562 aa  112  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3812  extracellular solute-binding protein family 5  24.56 
 
 		 528 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0629305 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0132  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 529 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.229364  normal  0.957515 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1581  periplasmic oligopeptide-binding protein  24.3 
 
 		 543 aa  110  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0418  extracellular solute-binding protein family 5  26.04 
 
 		 622 aa  110  5e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2890  extracellular solute-binding protein  25.05 
 
 		 529 aa  110  6e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.271762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  24.73 
 
 		 531 aa  110  8.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5711  extracellular solute-binding protein family 5  24.56 
 
 		 550 aa  110  1e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.789808 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2302  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 		 544 aa  109  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00365913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1937  periplasmic oligopeptide-binding protein  24.09 
 
 		 543 aa  109  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.26638 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4848  peptide/opine/nickel uptake ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.95 
 
 		 539 aa  108  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.227052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1874  periplasmic oligopeptide-binding protein  24.32 
 
 		 543 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1880  periplasmic oligopeptide-binding protein  24.09 
 
 		 543 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1399  periplasmic oligopeptide-binding protein  24.32 
 
 		 543 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.530492  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  25.85 
 
 		 505 aa  108  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5116  ABC transporter periplasmic binding protein  24.9 
 
 		 531 aa  107  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0038  extracellular solute-binding protein  23.19 
 
 		 533 aa  107  5e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.830083  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3462  extracellular solute-binding protein  23.11 
 
 		 552 aa  107  7e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0173201  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5507  extracellular solute-binding protein family 5  21.92 
 
 		 582 aa  106  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.553842  normal  0.243799 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58420  putative binding protein component of ABC dipeptid  24.44 
 
 		 533 aa  106  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.851894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2701  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 		 545 aa  106  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.301975  hitchhiker  0.00251286 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1086  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 		 523 aa  105  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1286  extracellular solute-binding protein family 5  23.69 
 
 		 594 aa  105  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2998  extracellular solute-binding protein family 5  27.78 
 
 		 610 aa  105  3e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.869563  normal  0.0845343 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2049  extracellular solute-binding protein family 5  25.19 
 
 		 595 aa  104  4e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.352532  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1982  extracellular solute-binding protein  24.13 
 
 		 543 aa  104  4e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.17175 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  25.28 
 
 		 535 aa  104  5e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1412  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  23.14 
 
 		 543 aa  104  5e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.706367  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5889  extracellular solute-binding protein family 5  21.47 
 
 		 595 aa  104  5e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  26.97 
 
 		 512 aa  104  6e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001004  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein OppA  24.11 
 
 		 541 aa  103  7e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  29.24 
 
 		 516 aa  103  9e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2405  extracellular solute-binding protein family 5  22.81 
 
 		 558 aa  102  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000900492  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  28.25 
 
 		 515 aa  103  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01217  oligopeptide transporter subunit  23.14 
 
 		 543 aa  102  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.584763  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0573  oligopeptide-binding protein, putative  24.4 
 
 		 530 aa  102  2e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1352  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  23.14 
 
 		 543 aa  102  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0153639  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1405  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.62 
 
 		 532 aa  102  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  25.69 
 
 		 514 aa  102  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1729  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  23.14 
 
 		 558 aa  102  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.654548  normal  0.238122 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2385  extracellular solute-binding protein  23.14 
 
 		 558 aa  102  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.190524  hitchhiker  0.0000021243 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01227  hypothetical protein  23.14 
 
 		 543 aa  102  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.595865  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1391  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  23.14 
 
 		 543 aa  102  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768286  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 		 522 aa  101  3e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5343  extracellular solute-binding protein  23.17 
 
 		 535 aa  102  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.220066  normal  0.0289508 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  24.17 
 
 		 520 aa  102  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0020  extracellular solute-binding protein  26.76 
 
 		 558 aa  101  4e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  27.55 
 
 		 524 aa  101  4e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1897  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  22.93 
 
 		 558 aa  100  5e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.340522  normal  0.197408 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1483  extracellular solute-binding protein  23.33 
 
 		 542 aa  101  5e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1285  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23 
 
 		 540 aa  100  5e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  24.48 
 
 		 509 aa  100  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3842  extracellular solute-binding protein  27.49 
 
 		 568 aa  100  6e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0450891  normal  0.108057 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3907  extracellular solute-binding protein family 5  28.16 
 
 		 535 aa  100  6e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09061  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, peptide-binding protein  21.3 
 
 		 538 aa  100  7e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.593779  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0547  extracellular solute-binding protein  25.2 
 
 		 531 aa  100  7e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2070  extracellular solute-binding protein  23.8 
 
 		 545 aa  100  8e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.174491  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1960  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  23.8 
 
 		 545 aa  100  8e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.390049  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2163  periplasmic oligopeptide-binding protein precursor  23.8 
 
 		 525 aa  100  8e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.037967  normal  0.0426294 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  24.06 
 
 		 528 aa  99.8  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4730  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 		 537 aa  100  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>