More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5552 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5552  ABC transporter substrate binding protein (glutamine)  100 
 
 
250 aa  508  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5882  extracellular solute-binding protein  83.47 
 
 
278 aa  426  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5419  extracellular solute-binding protein family 3  83.33 
 
 
275 aa  418  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240079 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5123  extracellular solute-binding protein family 3  83.4 
 
 
275 aa  418  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.12567 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1983  extracellular solute-binding protein  67.36 
 
 
288 aa  330  1e-89  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.100881  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6340  extracellular solute-binding protein family 3  40.85 
 
 
270 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.646193  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0858  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.34 
 
 
598 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0229896 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5383  amino acid ABC transporter permease  39.08 
 
 
591 aa  162  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0606283  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5472  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.08 
 
 
591 aa  162  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.693793  normal  0.393619 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5759  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.08 
 
 
591 aa  162  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6047  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.69 
 
 
598 aa  158  8e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.166994  normal  0.759317 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3866  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.24 
 
 
582 aa  150  3e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2482  extracellular solute-binding protein family 3  35.5 
 
 
311 aa  144  2e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000146817 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1588  extracellular solute-binding protein  32.63 
 
 
260 aa  121  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  33.33 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0553  hypothetical protein  31.65 
 
 
244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2377  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.91 
 
 
243 aa  109  5e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1967  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.73 
 
 
243 aa  109  5e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.471515  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1701  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.83 
 
 
243 aa  107  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1655  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.36 
 
 
243 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.568539 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0529  hypothetical protein  30.73 
 
 
244 aa  106  3e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3710  extracellular solute-binding protein  30.45 
 
 
253 aa  106  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33118  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  31.38 
 
 
264 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  31.38 
 
 
264 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2141  extracellular solute-binding protein  32.41 
 
 
247 aa  105  5e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0343212 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2277  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.05 
 
 
243 aa  104  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.24 
 
 
255 aa  103  2e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.279039  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4274  extracellular solute-binding protein  30.57 
 
 
258 aa  103  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0882363  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3016  extracellular solute-binding protein  33.94 
 
 
246 aa  102  4e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.032906  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  31.05 
 
 
266 aa  102  4e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0592  amino acid ABC transporter, permease/substrate-binding lipoprotein  33.62 
 
 
252 aa  102  6e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000143889  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0714  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.88 
 
 
755 aa  102  6e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2704  putative lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  31.49 
 
 
260 aa  102  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2787  extracellular solute-binding protein family 3  29.24 
 
 
275 aa  102  7e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2595  putative lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  31.49 
 
 
260 aa  102  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.473996  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2583  putative lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  31.49 
 
 
260 aa  102  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.17472 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0854  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.33 
 
 
282 aa  102  7e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2541  putative lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  31.49 
 
 
260 aa  102  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.863466  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2495  putative lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  31.49 
 
 
260 aa  102  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.89405  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1773  glutamine ABC transporter periplasmic protein  33.79 
 
 
247 aa  102  8e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000148695  normal  0.114873 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1600  glutamine ABC transporter periplasmic protein  33.79 
 
 
247 aa  102  8e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  30.13 
 
 
264 aa  101  9e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  31.82 
 
 
266 aa  101  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  31.82 
 
 
266 aa  101  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2764  extracellular solute-binding protein  28.33 
 
 
275 aa  101  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2050  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.19 
 
 
251 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0241787  normal  0.446872 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1495  glutamine ABC transporter periplasmic protein  33.79 
 
 
247 aa  101  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000566563  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  31.82 
 
 
266 aa  101  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02234  histidine/lysine/arginine/ornithine transporter subunit  31.06 
 
 
260 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1347  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.06 
 
 
260 aa  100  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00212497  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2603  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  31.06 
 
 
260 aa  100  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2687  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  31.06 
 
 
260 aa  100  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.859955  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2397  extracellular solute-binding protein  29.82 
 
 
257 aa  100  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02194  hypothetical protein  31.06 
 
 
260 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3449  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  31.06 
 
 
260 aa  100  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1343  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.06 
 
 
260 aa  100  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.908604  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2465  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  31.06 
 
 
260 aa  100  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2459  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  31.06 
 
 
260 aa  100  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  30.63 
 
 
265 aa  100  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2858  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.64 
 
 
260 aa  100  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576007  normal  0.227891 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1964  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.17 
 
 
243 aa  99.8  3e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.822983  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2291  extracellular solute-binding protein family 3  32.46 
 
 
260 aa  100  3e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299609  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1562  extracellular solute-binding protein  27.95 
 
 
261 aa  100  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.470134  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1067  extracellular solute-binding protein family 3  27.9 
 
 
294 aa  99.8  4e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0464798 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0631  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.22 
 
 
253 aa  99.4  4e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00542513  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.22 
 
 
253 aa  99.4  4e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2596  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  30.13 
 
 
260 aa  99.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2584  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  30.13 
 
 
260 aa  99.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.176074 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2542  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  30.13 
 
 
260 aa  99.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.579681  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1538  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.79 
 
 
260 aa  99.4  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1428  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  29.79 
 
 
260 aa  99.4  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2496  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  30.13 
 
 
260 aa  99.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  31.51 
 
 
250 aa  99  6e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0353  histidine ABC transporter periplasmic histidine-binding protein  29.79 
 
 
302 aa  99  6e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.468361  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  30.45 
 
 
266 aa  99  6e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2705  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  30.13 
 
 
260 aa  99  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2859  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.71 
 
 
260 aa  99  7e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.582103  normal  0.224606 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3010  extracellular solute-binding protein  31.53 
 
 
294 aa  99  7e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  30.45 
 
 
285 aa  98.6  8e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2466  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  30.54 
 
 
260 aa  98.6  8e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2878  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.96 
 
 
248 aa  97.8  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0116852  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  30 
 
 
266 aa  98.2  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2235  extracellular solute-binding protein  30.47 
 
 
268 aa  98.2  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0632  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.19 
 
 
257 aa  97.8  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0329945  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  30 
 
 
266 aa  98.2  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  30 
 
 
266 aa  98.2  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2793  extracellular solute-binding protein  31.82 
 
 
255 aa  98.2  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1698  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.7 
 
 
243 aa  98.2  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.176126  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  29.29 
 
 
264 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1376  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.8 
 
 
243 aa  98.2  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  30 
 
 
266 aa  97.1  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  30 
 
 
266 aa  97.1  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0237  extracellular solute-binding protein family 3  29 
 
 
267 aa  97.4  2e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.640745  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  30 
 
 
266 aa  97.1  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4264  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.44 
 
 
259 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000272293  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  29.87 
 
 
266 aa  97.4  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0906  extracellular solute-binding protein  29.69 
 
 
279 aa  97.4  2e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.663665  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3045  extracellular solute-binding protein  29.86 
 
 
252 aa  97.8  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.29813  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1582  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtI  28.77 
 
 
243 aa  97.1  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2711  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.77 
 
 
243 aa  97.1  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>