More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5541 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5541  response regulator  100 
 
 		 134 aa  269  1e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6935  response regulator  65.15 
 
 		 141 aa  178  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4556  response regulator  47.58 
 
 		 155 aa  110  7.000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0622  response regulator  45.38 
 
 		 145 aa  103  6e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.453794 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4036  response regulator  49.6 
 
 		 154 aa  102  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4406  response regulator  49.6 
 
 		 154 aa  102  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.402272  normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4518  response regulator  48.8 
 
 		 162 aa  97.8  4e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.864476  normal  0.695665 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6002  response regulator  44.83 
 
 		 136 aa  85.1  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.282143 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4738  response regulator receiver protein  39.53 
 
 		 147 aa  81.3  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7150  response regulator  43.1 
 
 		 146 aa  79.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  39.47 
 
 		 849 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.33 
 
 		 481 aa  69.3  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2822  two-component response regulator  35.96 
 
 		 267 aa  68.6  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.230061  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2485  response regulator  36.52 
 
 		 125 aa  67.4  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2193  response regulator  39.25 
 
 		 124 aa  67  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0128803  normal  0.268173 
 
 
-
 
NC_004310  BR1657  two-component response regulator  40.96 
 
 		 264 aa  66.6  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1604  two-component response regulator  40.96 
 
 		 264 aa  66.6  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.476211  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1215  response regulator receiver protein  33.03 
 
 		 124 aa  65.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0588681  normal  0.159144 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1246  two-component response regulator  40.96 
 
 		 264 aa  65.1  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.660623  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3278  two-component response regulator  38.55 
 
 		 264 aa  65.1  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442682  hitchhiker  0.00956717 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0488  two-component response regulator  36.14 
 
 		 265 aa  65.1  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2347  two-component response regulator  38.55 
 
 		 264 aa  65.5  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.177509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.74 
 
 		 875 aa  65.1  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3026  two-component response regulator  38.55 
 
 		 264 aa  65.1  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.246349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3239  two-component response regulator  34.26 
 
 		 235 aa  64.3  0.0000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4846  response regulator receiver protein  38.32 
 
 		 126 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.211413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6261  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  37.38 
 
 		 121 aa  63.9  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.235266  normal  0.732793 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3509  signal transduction histidine kinase  35.51 
 
 		 125 aa  63.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.316868  normal  0.542318 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0286  two-component response regulator  33.33 
 
 		 274 aa  62.4  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173395 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2532  response regulator receiver protein  36.8 
 
 		 138 aa  62.4  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3109  two-component response regulator  37.35 
 
 		 265 aa  62.4  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3837  two-component response regulator  32.46 
 
 		 271 aa  62.4  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.539705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2725  two-component response regulator  39.74 
 
 		 267 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.127392 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4399  two-component response regulator  39.74 
 
 		 267 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.042433  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0337  two-component response regulator  37.35 
 
 		 265 aa  61.2  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.101907 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1368  two-component response regulator  38.46 
 
 		 268 aa  61.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2402  response regulator receiver and unknown domain protein  35.85 
 
 		 126 aa  60.8  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000734485  normal  0.97225 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1274  two-component response regulator  31.58 
 
 		 269 aa  61.2  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2932  two-component response regulator  31.58 
 
 		 269 aa  61.2  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2703  two-component response regulator  31.58 
 
 		 269 aa  61.2  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6064  response regulator receiver domain-containing protein  34.69 
 
 		 126 aa  60.8  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.08 
 
 		 653 aa  60.5  0.000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4704  two-component response regulator  37.18 
 
 		 268 aa  60.5  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.868333  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1334  response regulator receiver protein  33.67 
 
 		 126 aa  60.1  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.395948 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6000  two-component response regulator  38.55 
 
 		 264 aa  59.7  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0773  response regulator receiver  35.85 
 
 		 149 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.863112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3427  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.11 
 
 		 256 aa  60.1  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.239231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1388  two-component response regulator  38.46 
 
 		 268 aa  60.1  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4028  two-component response regulator  38.46 
 
 		 268 aa  60.1  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.215518 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5238  response regulator receiver protein  38.32 
 
 		 127 aa  60.1  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.516097  normal  0.262734 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2905  two-component response regulator  40.51 
 
 		 293 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5008  two-component response regulator  40.51 
 
 		 267 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.16011  normal  0.0859661 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3759  response regulator receiver protein  36.11 
 
 		 127 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.514361  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0250  two-component response regulator  36.14 
 
 		 264 aa  59.3  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  37.38 
 
 		 852 aa  59.3  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0268  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.04 
 
 		 651 aa  59.3  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3029  two-component response regulator  40.51 
 
 		 267 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3131  two-component response regulator  40.51 
 
 		 267 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.734649 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7001  two-component response regulator  35.9 
 
 		 254 aa  59.3  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.746604 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5346  response regulator receiver protein  31.82 
 
 		 118 aa  58.5  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2722  two-component response regulator  36.19 
 
 		 273 aa  58.5  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.625093  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5416  response regulator  35.48 
 
 		 133 aa  58.9  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.122104 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3285  two-component response regulator  38.55 
 
 		 265 aa  58.2  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.77 
 
 		 457 aa  57.8  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0089  two-component response regulator  30.09 
 
 		 266 aa  57  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0453236 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4542  PAS sensor protein  36.45 
 
 		 1096 aa  57  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.220973  normal  0.0899725 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4365  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.93 
 
 		 471 aa  57  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.231326 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0052  two-component response regulator  28.32 
 
 		 264 aa  57  0.00000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.669902 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2771  two-component response regulator  37.18 
 
 		 268 aa  56.6  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.724162 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  33.33 
 
 		 846 aa  56.6  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2179  response regulator receiver protein  29.31 
 
 		 132 aa  56.6  0.0000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.896157  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2323  response regulator receiver protein  28.97 
 
 		 121 aa  56.6  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.03657 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2091  response regulator receiver protein  29.31 
 
 		 132 aa  56.6  0.0000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.494931  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0834  response regulator receiver  28.18 
 
 		 134 aa  56.6  0.0000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000017528  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  34.26 
 
 		 842 aa  56.6  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4279  response regulator receiver protein  32.18 
 
 		 120 aa  55.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.718019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1296  response regulator receiver protein  38.75 
 
 		 136 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2085  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.18 
 
 		 457 aa  55.8  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0694  response regulator  28.03 
 
 		 147 aa  55.5  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  31.82 
 
 		 844 aa  55.8  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2186  two-component response regulator  31.03 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0621  response regulator receiver protein  33.63 
 
 		 120 aa  55.8  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2407  response regulator receiver protein  32.37 
 
 		 182 aa  55.8  0.0000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2510  transcriptional regulator  30.25 
 
 		 157 aa  55.1  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000843612  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3925  two-component response regulator  30.09 
 
 		 264 aa  55.1  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  35.14 
 
 		 844 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.62 
 
 		 635 aa  55.1  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0432  hypothetical protein  29.69 
 
 		 151 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.603744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4155  response regulator receiver domain-containing protein  35.19 
 
 		 123 aa  55.1  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.918011  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4798  response regulator receiver protein  35.85 
 
 		 120 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.107601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5270  signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 		 559 aa  54.3  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.909185 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5055  signal transduction histidine kinase  34.65 
 
 		 1111 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.372822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2052  putative PAS/PAC sensor protein  32.76 
 
 		 414 aa  54.3  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.948346  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.77 
 
 		 461 aa  54.3  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5755  response regulator receiver protein  39.47 
 
 		 129 aa  54.3  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3385  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.63 
 
 		 384 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0060  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.63 
 
 		 384 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  34.75 
 
 		 254 aa  53.9  0.0000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2338  response regulator receiver protein  34.96 
 
 		 127 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0449719  normal  0.223899 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0287  two-component response regulator  29.2 
 
 		 264 aa  53.5  0.0000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.162207  normal  0.615861 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>