More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5412 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5412  transcriptional regulator ROK family  100 
 
 		 396 aa  786    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.125738  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0064  ROK family protein  49.74 
 
 		 399 aa  329  7e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.370021  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1215  ROK family protein  39.53 
 
 		 393 aa  281  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0880  ROK  41.67 
 
 		 403 aa  278  2e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.185175  normal  0.0528281 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1304  ROK family protein  39.1 
 
 		 393 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3264  ROK domain-containing protein  38.87 
 
 		 404 aa  252  7e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.228362 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1507  ROK domain-containing protein  36.11 
 
 		 393 aa  249  5e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4996  ROK family protein  35.86 
 
 		 420 aa  211  1e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.165382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0868  ROK family protein  32.07 
 
 		 400 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.826865  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1183  ROK family protein  36.1 
 
 		 399 aa  180  4.999999999999999e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.159445  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1101  ROK family protein  34.19 
 
 		 392 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.150829 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5514  transcriptional regulator ROK family  35.91 
 
 		 332 aa  174  2.9999999999999996e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2195  transcriptional regulator ROK family  33.5 
 
 		 386 aa  167  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.652147  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0065  ROK family protein  33.86 
 
 		 373 aa  166  5e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.600972  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2180  transcriptional regulator ROK family  34.6 
 
 		 392 aa  162  1e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0660  ROK family protein  32.67 
 
 		 404 aa  158  1e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.546685  normal  0.645841 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1200  ROK family protein  34.33 
 
 		 391 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.680343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0688  ROK family protein  30.45 
 
 		 387 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7348  ROK family protein  31.79 
 
 		 393 aa  148  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0868629 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1092  ROK family protein  33.23 
 
 		 391 aa  144  3e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0163084  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  26.42 
 
 		 391 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1932  ROK family protein  31.51 
 
 		 390 aa  141  1.9999999999999998e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.472567  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2855  ROK family protein  29.49 
 
 		 396 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.133469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  30.71 
 
 		 418 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  26.8 
 
 		 395 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  25.49 
 
 		 408 aa  129  7.000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  29.2 
 
 		 398 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  30.81 
 
 		 401 aa  128  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3560  ROK domain-containing protein  29.79 
 
 		 374 aa  127  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2620  ROK family protein  34.72 
 
 		 379 aa  127  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.467563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5531  transcriptional regulator ROK family  31.16 
 
 		 402 aa  127  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.199786 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1923  putative transcriptional repressor protein  29.18 
 
 		 389 aa  126  6e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.585113  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5819  putative transcriptional regulator protein, ROK family  31.25 
 
 		 398 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.87328 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1583  ROK protein  29.17 
 
 		 387 aa  125  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.821608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1441  GntR family regulatory protein  31.66 
 
 		 382 aa  124  4e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.973861  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2381  ROK family protein  27.56 
 
 		 398 aa  123  5e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2402  ROK family protein  32.17 
 
 		 392 aa  123  6e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1105  ROK family protein  26.4 
 
 		 396 aa  123  6e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.348719  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1302  ROK family protein  29.56 
 
 		 400 aa  123  6e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.107905  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0090  ROK family protein  31.64 
 
 		 377 aa  122  8e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27730  transcriptional regulator/sugar kinase  26.65 
 
 		 410 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.514205 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3264  ROK family protein  26.94 
 
 		 387 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.198191  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  25.52 
 
 		 409 aa  120  6e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  25.28 
 
 		 414 aa  120  6e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4687  ROK family protein  29.41 
 
 		 391 aa  119  7e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.70275 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1432  ROK family protein  24.19 
 
 		 381 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00411657  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5256  ROK family protein  31.13 
 
 		 415 aa  118  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.516106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1925  ROK family protein  26.32 
 
 		 388 aa  117  3.9999999999999997e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.300813  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0159  ROK family protein  25.57 
 
 		 400 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01870  transcriptional regulator/sugar kinase  28.86 
 
 		 393 aa  116  5e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10490  transcriptional regulator/sugar kinase  28.11 
 
 		 395 aa  116  6e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2445  ROK family protein  24.12 
 
 		 417 aa  116  6e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0076  putative glucokinase  28.66 
 
 		 315 aa  116  6.9999999999999995e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0098  glucose kinase  28.66 
 
 		 315 aa  116  6.9999999999999995e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2133  ROK family protein  27.62 
 
 		 417 aa  115  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000789832 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  26.33 
 
 		 399 aa  114  3e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2683  ROK domain-containing protein  27.95 
 
 		 400 aa  114  3e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  25.44 
 
 		 410 aa  114  4.0000000000000004e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  25.57 
 
 		 396 aa  113  5e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4991  Transcriptional regulator/sugar kinase-like protein  27.07 
 
 		 388 aa  113  6e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0774439  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4867  ROK family protein  25.95 
 
 		 389 aa  112  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2309  glucokinase  26.43 
 
 		 323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00114411  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0580  ROK family protein  29.25 
 
 		 410 aa  112  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1608  putative xylose repressor  28.65 
 
 		 416 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000726705  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0258  ROK family protein  28.43 
 
 		 406 aa  111  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0904  ROK domain-containing protein  27.48 
 
 		 408 aa  111  3e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0169  ROK family protein  26.79 
 
 		 397 aa  111  3e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2018  ROK family protein  28.71 
 
 		 391 aa  110  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.812225  normal  0.981457 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0617  ROK family protein  28.39 
 
 		 399 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2553  ROK family protein  27.19 
 
 		 390 aa  110  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1116  ROK family protein  27.36 
 
 		 320 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0146441  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14840  transcriptional regulator/sugar kinase  27.12 
 
 		 443 aa  110  5e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3852  ROK family protein  27.75 
 
 		 390 aa  110  5e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2512  ROK family protein  25.26 
 
 		 401 aa  110  5e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1491  ROK family protein  29.6 
 
 		 410 aa  110  5e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  21.85 
 
 		 383 aa  110  6e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0693  ROK family protein  24.5 
 
 		 402 aa  108  1e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0289  ROK family protein  28.82 
 
 		 404 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3275  ROK family protein  23.94 
 
 		 372 aa  109  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.545553  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5341  ROK family protein  28.46 
 
 		 404 aa  108  1e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7622  Transcriptional regulator/sugar kinase-like protein  27.47 
 
 		 380 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.185605 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4658  ROK family protein  27.03 
 
 		 503 aa  109  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00909635  hitchhiker  0.00487921 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1772  ROK family protein  28.5 
 
 		 386 aa  109  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.415249  normal  0.404833 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1182  ROK family protein  25.6 
 
 		 396 aa  108  1e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000198514 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5345  ROK family protein  25.67 
 
 		 417 aa  108  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4286  ROK family protein  30.19 
 
 		 402 aa  108  1e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.333911  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1350  ROK family protein  29.41 
 
 		 403 aa  108  1e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.763813 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2001  putative xylose repressor  26.32 
 
 		 414 aa  108  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.244297  normal  0.176601 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2166  ROK family protein  25.59 
 
 		 370 aa  107  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.259459  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4952  ROK family protein  27.34 
 
 		 417 aa  107  3e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2054  ROK family protein  25.59 
 
 		 370 aa  107  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2486  ROK family protein  29.38 
 
 		 417 aa  107  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09540  transcriptional regulator/sugar kinase  25.91 
 
 		 427 aa  107  5e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.208854 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2589  ROK  30.46 
 
 		 389 aa  107  5e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0163398  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34830  transcriptional regulator/sugar kinase  27.61 
 
 		 384 aa  106  6e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.134022 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0799  glucokinase, ROK family  23.99 
 
 		 317 aa  105  1e-21  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1760  ROK family protein  26.4 
 
 		 425 aa  104  2e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.533551  normal  0.0181472 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0399  ROK domain-containing protein  27.6 
 
 		 402 aa  105  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.00000118651  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0286  ROK family protein  25.27 
 
 		 402 aa  105  2e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.162895  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0260  ROK family protein  27.75 
 
 		 404 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>