198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5388 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5388  glucose/galactose transporter  100 
 
 		 424 aa  840    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2087  glucose/galactose transporter  62.68 
 
 		 423 aa  522  1e-147  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2132  glucose/galactose transporter  66.67 
 
 		 423 aa  523  1e-147  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2208  glucose/galactose transporter  66.5 
 
 		 423 aa  523  1e-147  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4572  hypothetical protein  62.68 
 
 		 423 aa  522  1e-147  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2286  glucose/galactose transporter  62.68 
 
 		 423 aa  522  1e-147  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2298  glucose/galactose transporter  62.68 
 
 		 423 aa  522  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00747197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2040  glucose/galactose transporter  62.68 
 
 		 423 aa  521  1e-147  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.441952  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2211  glucose/galactose transporter  63.59 
 
 		 424 aa  520  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17788  hitchhiker  0.00147708 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2310  glucose/galactose transporter  65.93 
 
 		 423 aa  513  1e-144  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.788662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1890  glucose/galactose transporter  63.15 
 
 		 421 aa  511  1e-144  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.621908  normal  0.769175 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1789  glucose/galactose transporter  62.68 
 
 		 421 aa  511  1e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540025  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1663  glucose/galactose transporter  62.26 
 
 		 415 aa  508  1e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.24323  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2389  glucose/galactose transporter family protein  60.33 
 
 		 436 aa  503  1e-141  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.706169  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3671  glucose/galactose transporter  58.18 
 
 		 435 aa  502  1e-141  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2027  glucose/galactose transporter  63.13 
 
 		 415 aa  501  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1217  glucose/galactose transporter  61.34 
 
 		 431 aa  498  1e-140  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00556902  normal  0.207324 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1403  glucose/galactose transporter  63.52 
 
 		 415 aa  501  1e-140  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000325262  normal  0.0455356 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1132  glucose/galactose transporter  61.34 
 
 		 431 aa  498  1e-140  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.165253  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3705  glucose/galactose transporter family protein  63.26 
 
 		 407 aa  496  1e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1317  glucose/galactose transporter  61.3 
 
 		 435 aa  498  1e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3173  glucose/galactose transporter  61.1 
 
 		 431 aa  497  1e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000854879  normal  0.83373 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03795  glucose/galactose transporter family protein  59.07 
 
 		 420 aa  472  1e-132  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268682  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1148  glucose/galactose transporter  60.05 
 
 		 428 aa  474  1e-132  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0931456  normal  0.671302 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2606  glucose/galactose transporter  59.29 
 
 		 435 aa  464  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.246448  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3761  glucose/galactose transporter  60.05 
 
 		 410 aa  460  9.999999999999999e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.807951 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1017  glucose/galactose transporter  56.94 
 
 		 428 aa  456  1e-127  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0119  glucose/galactose transporter  55.47 
 
 		 425 aa  437  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0292  glucose/galactose transporter  56.96 
 
 		 389 aa  434  1e-120  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1776  glucose/galactose transporter  56.13 
 
 		 437 aa  418  9.999999999999999e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.223071  normal  0.453321 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3930  glucose/galactose transporter  53.86 
 
 		 436 aa  416  9.999999999999999e-116  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.121013  normal  0.215751 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2649  glucose/galactose transporter family protein  53.14 
 
 		 428 aa  413  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000985214  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0562  glucose/galactose transporter  54.07 
 
 		 413 aa  402  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3386  glucose/galactose transporter  53.16 
 
 		 412 aa  392  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.134569 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1241  glucose/galactose transporter  50.25 
 
 		 426 aa  380  1e-104  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.184837  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1273  glucose/galactose transporter  50 
 
 		 426 aa  380  1e-104  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1266  L-fucose-proton symporter  50.49 
 
 		 403 aa  378  1e-103  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01229  glucose-galactose transporter  52.23 
 
 		 427 aa  377  1e-103  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0194609  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2311  glucose/galactose transporter  44.11 
 
 		 471 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0619981  normal  0.0518008 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2125  glucose/galactose transporter  43.97 
 
 		 468 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.957571 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08721  glucose/galactose transporter  44.2 
 
 		 440 aa  353  2.9999999999999997e-96  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.066118  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3292  glucose/galactose transporter  47.36 
 
 		 428 aa  347  2e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1994  L-fucose transporter  42.93 
 
 		 432 aa  339  5e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.486095 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2986  glucose/galactose transporter  42.14 
 
 		 412 aa  331  1e-89  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1324  glucose/galactose transporter  43.32 
 
 		 413 aa  323  3e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.927631  normal  0.568114 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1395  glucose/galactose transporter  50.13 
 
 		 431 aa  322  9.000000000000001e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.774597  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04150  glucose/galactose transporter protein  45.71 
 
 		 429 aa  320  1.9999999999999998e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.311164  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1259  L-fucose transporter  42.93 
 
 		 417 aa  318  7.999999999999999e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5644  L-fucose transporter  42.04 
 
 		 417 aa  311  1e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.183274  normal  0.735779 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5334  glucose/galactose transporter  44.39 
 
 		 405 aa  309  6.999999999999999e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120939  normal  0.764594 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4128  L-fucose transporter  43.36 
 
 		 431 aa  306  3e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1656  glucose/galactose transporter  39.73 
 
 		 458 aa  298  2e-79  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1486  glucose/galactose transporter  42.79 
 
 		 439 aa  296  5e-79  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4021  L-fucose transporter  40.73 
 
 		 417 aa  293  4e-78  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0364  glucose/galactose transporter family protein  42.21 
 
 		 408 aa  292  7e-78  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000442276  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1827  glucose/galactose transporter  41.97 
 
 		 408 aa  289  6e-77  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0773  fucose permease  48.22 
 
 		 485 aa  284  2.0000000000000002e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.380581 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2750  L-fucose transporter  37.76 
 
 		 431 aa  267  2e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0644  L-fucose transporter  35.49 
 
 		 409 aa  266  4e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.510185  normal  0.606188 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0911  L-fucose transporter  39.19 
 
 		 438 aa  262  8e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0887  L-fucose transporter  39.19 
 
 		 438 aa  262  8e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2945  L-fucose transporter  39.19 
 
 		 438 aa  262  8e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.824406  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3106  L-fucose transporter  39.19 
 
 		 438 aa  262  8e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.101933  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2942  L-fucose transporter  39.19 
 
 		 438 aa  262  1e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.643765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4065  L-fucose transporter  38.95 
 
 		 438 aa  261  2e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1551  L-fucose transporter  38.61 
 
 		 434 aa  255  9e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3185  L-fucose transporter  38.19 
 
 		 438 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.780035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3137  L-fucose transporter  38.19 
 
 		 438 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.436667 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3300  L-fucose transporter  38.19 
 
 		 438 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3200  L-fucose transporter  38.19 
 
 		 438 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3120  L-fucose transporter  38.19 
 
 		 438 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.38497  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17660  fucose permease  36.34 
 
 		 425 aa  247  3e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.634966  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2428  L-fucose permease  37.17 
 
 		 433 aa  244  3e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0960  fucose permease  38.12 
 
 		 421 aa  243  5e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.608891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02756  L-fucose:H+ symporter permease  39.17 
 
 		 411 aa  243  6e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0536  L-fucose permease  35.37 
 
 		 418 aa  240  4e-62  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.186143  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1448  L-fucose permease  35.12 
 
 		 418 aa  237  3e-61  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4044  L-fucose transporter  34.07 
 
 		 420 aa  230  3e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6905  L-fucose permease  35.35 
 
 		 457 aa  229  9e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.499924 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6949  L-fucose transporter  35.35 
 
 		 457 aa  229  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1002  glucose/galactose transporter  36.19 
 
 		 406 aa  228  2e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00935633  normal  0.690968 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1540  L-fucose permease  35.35 
 
 		 457 aa  227  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.284647  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6289  L-fucose transporter  35.35 
 
 		 457 aa  227  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.642767 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3368  L-fucose transporter  33.25 
 
 		 413 aa  224  2e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3437  L-fucose transporter  31.59 
 
 		 412 aa  224  3e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.697396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5715  L-fucose transporter  33.25 
 
 		 417 aa  224  3e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.988636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4488  L-fucose permease  34.15 
 
 		 443 aa  223  4e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.530054  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1494  L-fucose transporter  33.49 
 
 		 414 aa  223  4e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.289824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3397  glucose/galactose transporter  35.25 
 
 		 419 aa  223  4e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3606  fucose permease  31.62 
 
 		 425 aa  222  9.999999999999999e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0872  major facilitator transporter  37.38 
 
 		 426 aa  219  5e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.224242  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0875  glucose/galactose transporter  33.82 
 
 		 429 aa  215  9.999999999999999e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.742352  hitchhiker  0.000720356 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1066  L-fucose:H+ symporter permease  34.08 
 
 		 399 aa  212  1e-53  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0827702  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1612  L-fucose transporter  33.09 
 
 		 434 aa  211  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0487027  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3687  glucose/galactose transporter  34.37 
 
 		 413 aa  210  3e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.202302  normal  0.04252 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0364  L-fucose permease  32.68 
 
 		 448 aa  210  3e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF01060  conserved hypothetical protein  33.84 
 
 		 468 aa  210  4e-53  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4175  glucose/galactose transporter  31.69 
 
 		 446 aa  199  6e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0466  glucose/galactose transporter  32.46 
 
 		 408 aa  199  9e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.187531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4565  major facilitator transporter  30.66 
 
 		 488 aa  197  4.0000000000000005e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.178249  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>