58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5379 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5379  hypothetical protein  100 
 
 
374 aa  766    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1850  hypothetical protein  67.61 
 
 
372 aa  516  1.0000000000000001e-145  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.683335  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1824  hypothetical protein  43.26 
 
 
367 aa  296  5e-79  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0864  protein of unknown function DUF917  43.18 
 
 
366 aa  290  2e-77  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00125947  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1964  hypothetical protein  42.77 
 
 
367 aa  281  1e-74  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2140  protein of unknown function DUF917  45.66 
 
 
362 aa  280  2e-74  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0447006 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2417  hypothetical protein  42.86 
 
 
367 aa  268  1e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3585  protein of unknown function DUF917  41.57 
 
 
365 aa  267  2.9999999999999995e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0428  hypothetical protein  40.35 
 
 
362 aa  265  8.999999999999999e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301963  normal  0.232081 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3065  protein of unknown function DUF917  40 
 
 
369 aa  265  1e-69  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0429  hypothetical protein  43.25 
 
 
367 aa  260  3e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.329691  normal  0.645536 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1546  hypothetical protein  40.06 
 
 
366 aa  258  8e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1849  hypothetical protein  41.23 
 
 
361 aa  253  4.0000000000000004e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1994  protein of unknown function DUF917  37.02 
 
 
369 aa  250  2e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4195  hypothetical protein  39.08 
 
 
374 aa  251  2e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0569866  normal  0.0852747 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3365  hypothetical protein  42.94 
 
 
355 aa  246  4e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.117929 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1726  hypothetical protein  37.29 
 
 
369 aa  245  9.999999999999999e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22870  hypothetical protein  42.54 
 
 
368 aa  244  1.9999999999999999e-63  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.594068 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4109  protein of unknown function DUF917  41.57 
 
 
362 aa  239  5e-62  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.300745  normal  0.453442 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4084  hypothetical protein  39.6 
 
 
381 aa  239  5.999999999999999e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.3135  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2950  hypothetical protein  37.32 
 
 
356 aa  225  1e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.559043  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0096  hypothetical protein  36.84 
 
 
366 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5380  hypothetical protein  39.68 
 
 
325 aa  221  1.9999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4113  hypothetical protein  37.76 
 
 
360 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0651  protein of unknown function DUF917  38.41 
 
 
367 aa  212  7e-54  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0286525 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22880  hypothetical protein  39.81 
 
 
362 aa  212  9e-54  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.602917 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4117  protein of unknown function DUF917  37.64 
 
 
375 aa  210  3e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.716234  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1543  hypothetical protein  33.92 
 
 
371 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2451  protein of unknown function DUF917  34.93 
 
 
360 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3582  protein of unknown function DUF917  33.9 
 
 
371 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0395  hypothetical protein  31.77 
 
 
369 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2453  protein of unknown function DUF917  30.92 
 
 
348 aa  159  8e-38  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.465127  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2201  protein of unknown function DUF917  29.43 
 
 
372 aa  159  1e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3369  hypothetical protein  32.39 
 
 
390 aa  155  8e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000644747  normal  0.359309 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_41374  predicted protein  31.12 
 
 
983 aa  149  6e-35  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB04610  hydantoinase, putative  30.2 
 
 
999 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.6497  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2213  protein of unknown function DUF917  30.72 
 
 
357 aa  145  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.800798 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1967  hypothetical protein  29.53 
 
 
369 aa  143  4e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2212  protein of unknown function DUF917  38.3 
 
 
381 aa  143  5e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1347  hypothetical protein  30.29 
 
 
370 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3468  hypothetical protein  27.97 
 
 
373 aa  137  4e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07952  conserved hypothetical protein  29.68 
 
 
994 aa  127  4.0000000000000003e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.77272  normal  0.240542 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0430  hypothetical protein  31.3 
 
 
354 aa  124  2e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.204192  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0098  hypothetical protein  30.75 
 
 
358 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3647  hypothetical protein  27.27 
 
 
360 aa  97.8  3e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.673078  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4042  hypothetical protein  24.92 
 
 
344 aa  81.3  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.277323  decreased coverage  0.00123714 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2687  protein of unknown function DUF917  22.11 
 
 
354 aa  77.8  0.0000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0300826  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22860  hypothetical protein  27.99 
 
 
344 aa  76.6  0.0000000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.420757 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0210  hypothetical protein  23.13 
 
 
363 aa  73.9  0.000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2548  hypothetical protein  25.87 
 
 
355 aa  60.8  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.836938  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3015  hypothetical protein  22.62 
 
 
363 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.621778 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4633  protein of unknown function DUF917  24.65 
 
 
365 aa  54.3  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.951403  normal  0.119918 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2042  hypothetical protein  21.69 
 
 
363 aa  54.3  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.17375  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2183  OsrF  22.09 
 
 
376 aa  54.3  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2260  hypothetical protein  24.76 
 
 
409 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.294656  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4362  protein of unknown function DUF917  24.48 
 
 
365 aa  50.1  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0183208 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2639  hypothetical protein  23.9 
 
 
361 aa  49.3  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.195179  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0137  hypothetical protein  23.26 
 
 
427 aa  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0278483 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>