More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5371 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011369  Rleg2_0574  malonyl-CoA synthase  81.24 
 
 
504 aa  852    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2797  malonyl-CoA synthase  66.32 
 
 
518 aa  635    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.676577 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0226  malonyl-CoA synthase  66 
 
 
508 aa  677    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0526846  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0876  malonyl-CoA synthase  62.82 
 
 
510 aa  638    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0768548 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0329  malonyl-CoA synthase  65.79 
 
 
511 aa  663    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0802  malonyl-CoA synthase  63.02 
 
 
510 aa  638    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.756606  normal  0.0286315 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0483  malonyl-CoA synthase  65.46 
 
 
503 aa  666    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5138  malonyl-CoA synthase  74.4 
 
 
510 aa  787    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.809655  normal  0.695279 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3600  malonyl-CoA synthase  65.93 
 
 
505 aa  657    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3408  malonyl-CoA synthase  61.43 
 
 
504 aa  642    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.787784 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7251  malonyl-CoA synthase  64.95 
 
 
507 aa  662    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0836  malonyl-CoA synthase  62.62 
 
 
510 aa  638    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.141452  normal  0.0577882 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1586  malonyl-CoA synthase  70.69 
 
 
506 aa  733    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0220  malonyl-CoA synthase  65.59 
 
 
503 aa  664    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601636  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0616  malonyl-CoA synthase  81.64 
 
 
504 aa  850    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.562715  normal  0.268093 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1719  malonyl-CoA synthase  66.14 
 
 
503 aa  667    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.982236 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6034  malonyl-CoA synthase  64.89 
 
 
507 aa  658    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.224104  normal  0.165563 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5371  malonyl-CoA synthase  100 
 
 
504 aa  1026    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0518  malonyl-CoA synthase  65.74 
 
 
509 aa  665    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0245  malonyl-CoA synthase  62.53 
 
 
504 aa  625  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0395238 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2999  malonyl-CoA synthase  61.03 
 
 
506 aa  622  1e-177  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3834  malonyl-CoA synthase  60.12 
 
 
504 aa  601  1.0000000000000001e-171  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.610168  normal  0.151644 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1480  malonyl-CoA synthase  61.96 
 
 
509 aa  601  1e-170  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000189244 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2702  malonyl-CoA synthase  59.13 
 
 
501 aa  594  1e-168  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0670195 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1041  malonyl-CoA synthase  59.13 
 
 
501 aa  589  1e-167  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.200492  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3566  malonyl-CoA synthase  60.64 
 
 
503 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.676985  normal  0.895128 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2790  malonyl-CoA synthase  59.67 
 
 
512 aa  576  1.0000000000000001e-163  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000139685  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2492  malonyl-CoA synthase  60.41 
 
 
504 aa  577  1.0000000000000001e-163  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.318474  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2794  malonyl-CoA synthase  57.34 
 
 
517 aa  564  1.0000000000000001e-159  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.71549  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0422  malonyl-CoA synthase  54.74 
 
 
526 aa  559  1e-158  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.149212  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2094  malonyl-CoA synthase  57.28 
 
 
506 aa  553  1e-156  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0754737  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2771  malonyl-CoA synthase  55.21 
 
 
536 aa  549  1e-155  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.594073  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0648  malonyl-CoA synthase  58.38 
 
 
517 aa  546  1e-154  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0770  AMP-dependent synthetase and ligase  57.56 
 
 
501 aa  547  1e-154  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0996  malonyl-CoA synthase  54.65 
 
 
519 aa  539  9.999999999999999e-153  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2870  malonyl-CoA synthase  56.44 
 
 
506 aa  535  1e-151  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.689672  normal  0.236454 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1080  malonyl-CoA synthase  56.49 
 
 
519 aa  536  1e-151  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.261639  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2538  malonyl-CoA synthase  56.02 
 
 
511 aa  532  1e-150  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1515  malonyl-CoA synthase  56.47 
 
 
539 aa  533  1e-150  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.624521  normal  0.177064 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0631  malonyl-CoA synthase  54.62 
 
 
507 aa  526  1e-148  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1101  malonyl-CoA synthase  54.42 
 
 
530 aa  524  1e-147  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1925  malonyl-CoA synthase  56.2 
 
 
500 aa  521  1e-146  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1293  malonyl-CoA synthase  55.95 
 
 
510 aa  518  1e-146  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00112545 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2752  malonyl-CoA synthase  52.9 
 
 
547 aa  514  1e-144  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0433908 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3119  malonyl-CoA synthase  54.44 
 
 
485 aa  493  9.999999999999999e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.646837  normal  0.278949 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  44.03 
 
 
502 aa  395  1e-109  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.597037  normal  0.34641 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  42.77 
 
 
507 aa  376  1e-103  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3859  AMP-dependent synthetase and ligase  42.16 
 
 
504 aa  372  1e-101  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.447607  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.11 
 
 
514 aa  315  1.9999999999999998e-84  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  36.44 
 
 
539 aa  307  2.0000000000000002e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.45 
 
 
510 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.18 
 
 
512 aa  304  3.0000000000000004e-81  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.24 
 
 
510 aa  303  5.000000000000001e-81  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.24 
 
 
510 aa  303  5.000000000000001e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.24 
 
 
510 aa  303  5.000000000000001e-81  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.24 
 
 
510 aa  303  6.000000000000001e-81  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.65 
 
 
510 aa  301  1e-80  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  37.1 
 
 
510 aa  301  2e-80  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.45 
 
 
510 aa  301  3e-80  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.45 
 
 
510 aa  300  3e-80  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.45 
 
 
510 aa  300  4e-80  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1867  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 
507 aa  300  5e-80  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.04 
 
 
510 aa  298  1e-79  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.84 
 
 
513 aa  298  1e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  36.69 
 
 
499 aa  297  3e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  38.09 
 
 
506 aa  295  2e-78  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  36.06 
 
 
569 aa  295  2e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  35.92 
 
 
521 aa  294  2e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  36.72 
 
 
527 aa  293  5e-78  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  35.9 
 
 
518 aa  293  5e-78  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.99 
 
 
510 aa  291  2e-77  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0079  AMP-dependent synthetase and ligase  36.47 
 
 
553 aa  288  1e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.737985 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.72 
 
 
582 aa  288  2e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2136  AMP-dependent synthetase and ligase  35.86 
 
 
493 aa  286  5e-76  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3969  AMP-dependent synthetase and ligase  35.05 
 
 
500 aa  286  5e-76  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.130763  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2184  AMP-dependent synthetase and ligase  35.65 
 
 
493 aa  286  7e-76  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.944129  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.25 
 
 
561 aa  286  7e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.33 
 
 
561 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  35.62 
 
 
521 aa  285  2.0000000000000002e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.48 
 
 
563 aa  284  3.0000000000000004e-75  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  35.11 
 
 
525 aa  284  3.0000000000000004e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  35.41 
 
 
520 aa  284  3.0000000000000004e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2699  AMP-binding enzyme, putative long chain fatty acid Co-A ligase, acetyl-CoA synthetase  34.85 
 
 
514 aa  284  3.0000000000000004e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.46 
 
 
561 aa  283  4.0000000000000003e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  35 
 
 
512 aa  283  4.0000000000000003e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.04 
 
 
561 aa  283  4.0000000000000003e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.48 
 
 
563 aa  283  5.000000000000001e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.33 
 
 
561 aa  283  6.000000000000001e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  35.51 
 
 
508 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 
566 aa  281  2e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  36.64 
 
 
508 aa  280  3e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 
549 aa  280  3e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  35.34 
 
 
518 aa  280  5e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  36.38 
 
 
544 aa  278  1e-73  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0667  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  35.73 
 
 
516 aa  278  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604577  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  35.24 
 
 
515 aa  278  2e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  32.95 
 
 
590 aa  278  2e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.28 
 
 
563 aa  277  2e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.28 
 
 
582 aa  278  2e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2616  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.39 
 
 
568 aa  278  2e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>