More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5299 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  100 
 
 		 556 aa  1144    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  31.74 
 
 		 546 aa  232  1e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  31.05 
 
 		 538 aa  231  3e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  30.02 
 
 		 540 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  30.26 
 
 		 538 aa  213  5.999999999999999e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  31.22 
 
 		 539 aa  212  2e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  31.49 
 
 		 540 aa  211  3e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  29.08 
 
 		 576 aa  208  2e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  29.53 
 
 		 534 aa  207  5e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  28.92 
 
 		 533 aa  204  3e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  29.84 
 
 		 509 aa  202  1.9999999999999998e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 		 544 aa  194  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  30.92 
 
 		 535 aa  194  4e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  30.26 
 
 		 526 aa  192  1e-47  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  30.92 
 
 		 551 aa  192  1e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.51 
 
 		 511 aa  188  2e-46  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0872  extracellular solute-binding protein  26.83 
 
 		 541 aa  187  6e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00426332  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2321  extracellular solute-binding protein family 5  28.03 
 
 		 580 aa  186  8e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.815964 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2270  extracellular solute-binding protein family 5  28.03 
 
 		 580 aa  186  8e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1563  extracellular solute-binding protein  28.47 
 
 		 588 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.176735  normal  0.279007 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  31.01 
 
 		 565 aa  185  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0337  extracellular solute-binding protein family 5  25.99 
 
 		 581 aa  184  4.0000000000000006e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  28.21 
 
 		 524 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  28.98 
 
 		 534 aa  180  5.999999999999999e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.46 
 
 		 511 aa  178  2e-43  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  28.37 
 
 		 555 aa  177  4e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  28.52 
 
 		 537 aa  177  4e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0265  oligopeptide-binding protein OppA  27.41 
 
 		 566 aa  177  4e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  27.77 
 
 		 559 aa  177  5e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  27.89 
 
 		 537 aa  176  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.02 
 
 		 516 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3501  extracellular solute-binding protein  28.06 
 
 		 639 aa  175  1.9999999999999998e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000268642  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  29.78 
 
 		 508 aa  175  1.9999999999999998e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0247  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein, putative  27.03 
 
 		 567 aa  174  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.460021  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2798  extracellular solute-binding protein family 5  27.37 
 
 		 557 aa  172  1e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0608  extracellular solute-binding protein  29.54 
 
 		 566 aa  172  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3875  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.42 
 
 		 568 aa  171  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0205  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.17 
 
 		 575 aa  171  4e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  26.45 
 
 		 541 aa  171  5e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0208  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 		 575 aa  171  5e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0207  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 		 567 aa  170  5e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  26.1 
 
 		 505 aa  170  6e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  28.65 
 
 		 532 aa  170  6e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2657  extracellular solute-binding protein  26.41 
 
 		 617 aa  170  7e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000297428  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  28.6 
 
 		 520 aa  169  9e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0892  extracellular solute-binding protein  26.47 
 
 		 596 aa  169  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5080  oligopeptide-binding protein OppA  27.83 
 
 		 575 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  26.25 
 
 		 575 aa  168  2.9999999999999998e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0245  oligopeptide-binding protein OppA  27.83 
 
 		 575 aa  168  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0551474  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  30.24 
 
 		 542 aa  166  9e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0324  extracellular solute-binding protein  26.28 
 
 		 586 aa  166  1.0000000000000001e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000261589  hitchhiker  0.0038707 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  28.75 
 
 		 544 aa  166  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 		 512 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  27.31 
 
 		 533 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 		 505 aa  165  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1356  extracellular solute-binding protein family 5  25.84 
 
 		 596 aa  164  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6956  oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  25.8 
 
 		 571 aa  164  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  27.78 
 
 		 560 aa  164  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.93 
 
 		 534 aa  164  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  26.99 
 
 		 495 aa  164  3e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0266  extracellular solute-binding protein family 5  26.01 
 
 		 575 aa  164  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0093  extracellular solute-binding protein  28.73 
 
 		 604 aa  163  8.000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.11 
 
 		 534 aa  162  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0520  extracellular solute-binding protein family 5  28.31 
 
 		 545 aa  161  3e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  27.71 
 
 		 544 aa  161  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3039  4-phytase  27.88 
 
 		 518 aa  161  3e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6371  extracellular solute-binding protein family 5  24.9 
 
 		 504 aa  160  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.37487 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1755  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.43 
 
 		 511 aa  160  6e-38  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4386  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.93 
 
 		 529 aa  160  6e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.775513  hitchhiker  3.14637e-22 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1935  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.1 
 
 		 511 aa  160  6e-38  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0858  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  25.26 
 
 		 528 aa  160  7e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000478589  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0908  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  25.26 
 
 		 528 aa  160  7e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000813115  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0248  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  24.6 
 
 		 575 aa  159  1e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.05 
 
 		 575 aa  159  1e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.019765  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0807  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.26 
 
 		 528 aa  159  1e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000107652  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0111  extracellular solute-binding protein family 5  27.64 
 
 		 517 aa  159  1e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0996  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.26 
 
 		 528 aa  159  1e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.41324e-61 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0822  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.78 
 
 		 528 aa  158  2e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0803  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 		 529 aa  158  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000165149  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  26.73 
 
 		 521 aa  158  3e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.51 
 
 		 510 aa  157  4e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2014  twin-arginine translocation pathway signal  27.06 
 
 		 534 aa  157  4e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.533924  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  26.65 
 
 		 528 aa  157  4e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1000  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.73 
 
 		 529 aa  157  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  26.73 
 
 		 521 aa  157  5.0000000000000005e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.73 
 
 		 521 aa  157  5.0000000000000005e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  26.73 
 
 		 521 aa  157  5.0000000000000005e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 		 521 aa  157  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1569  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.87 
 
 		 511 aa  157  5.0000000000000005e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  30.28 
 
 		 524 aa  157  5.0000000000000005e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  29.45 
 
 		 495 aa  157  6e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0945  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.78 
 
 		 528 aa  157  7e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00751792  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4579  extracellular solute-binding protein  28.31 
 
 		 596 aa  156  7e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0218  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  24.6 
 
 		 559 aa  156  8e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  28.92 
 
 		 502 aa  156  9e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  26.5 
 
 		 536 aa  156  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0231  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  24.24 
 
 		 555 aa  156  1e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6191  extracellular solute-binding protein family 5  24.7 
 
 		 504 aa  156  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.172417  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  26.06 
 
 		 529 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0241  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.24 
 
 		 575 aa  155  1e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>