More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5137 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5137  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 433 aa  878    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319423  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5673  extracellular solute-binding protein family 1  52.46 
 
 		 435 aa  442  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0285739  normal  0.0925972 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2936  extracellular solute-binding protein family 1  29.23 
 
 		 447 aa  135  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.322365 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2151  extracellular solute-binding protein family 1  30.47 
 
 		 466 aa  128  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2325  extracellular solute-binding protein family 1  30.56 
 
 		 444 aa  117  5e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0032194  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1625  alpha-glucoside ABC transporter periplasmic- binding protein  27.7 
 
 		 442 aa  105  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.234885  normal  0.190993 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4586  extracellular solute-binding protein family 1  30.43 
 
 		 417 aa  104  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1001  extracellular solute-binding protein family 1  29.88 
 
 		 427 aa  103  8e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.628257  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 		 415 aa  101  3e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0869  extracellular solute-binding protein family 1  29.15 
 
 		 436 aa  100  4e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.293785 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  24.08 
 
 		 417 aa  100  5e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2626  extracellular solute-binding protein family 1  29.49 
 
 		 455 aa  98.2  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0491272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3657  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  29.57 
 
 		 423 aa  98.6  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  27.32 
 
 		 408 aa  98.2  3e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000892518  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5201  extracellular solute-binding protein  29.97 
 
 		 420 aa  97.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5658  extracellular solute-binding protein  29.97 
 
 		 420 aa  97.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0866592  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4880  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 		 412 aa  97.8  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3285  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 		 412 aa  97.8  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4577  extracellular solute-binding protein  29.97 
 
 		 419 aa  97.4  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00216886 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  29.85 
 
 		 427 aa  97.1  6e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5487  extracellular solute-binding protein  30.33 
 
 		 419 aa  96.7  7e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000866815 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4932  extracellular solute-binding protein  30.33 
 
 		 419 aa  96.7  8e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2351  extracellular solute-binding protein  29.57 
 
 		 421 aa  96.7  8e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576024  normal  0.167209 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  27.36 
 
 		 431 aa  96.3  9e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3196  extracellular solute-binding protein  30.67 
 
 		 419 aa  95.5  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.461238  normal  0.154514 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  27.39 
 
 		 410 aa  95.5  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6024  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 		 412 aa  93.2  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2380  extracellular solute-binding protein family 1  28.95 
 
 		 415 aa  93.2  8e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6324  extracellular solute-binding protein  27.83 
 
 		 412 aa  92.8  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  27.64 
 
 		 434 aa  92  2e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13200  extracellular solute-binding protein family 1  23.72 
 
 		 424 aa  90.9  4e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2572  extracellular solute-binding protein  26.47 
 
 		 414 aa  89.4  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  27.55 
 
 		 414 aa  88.6  2e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7922  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 		 445 aa  88.2  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1010  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.11 
 
 		 380 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.283496  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  26.67 
 
 		 424 aa  85.9  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3483  extracellular solute-binding protein  24.05 
 
 		 417 aa  85.1  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0168  extracellular solute-binding protein family 1  28.52 
 
 		 412 aa  85.1  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1248  extracellular solute-binding protein family 1  24.23 
 
 		 414 aa  84.3  0.000000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.494424  normal  0.639356 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0818  extracellular solute-binding protein  25.43 
 
 		 415 aa  84  0.000000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0803  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 		 435 aa  82.4  0.00000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6357  extracellular solute-binding protein family 1  29.61 
 
 		 410 aa  82.4  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4568  extracellular solute-binding protein family 1  29.38 
 
 		 410 aa  80.1  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14550  extracellular solute-binding protein family 1  24.17 
 
 		 432 aa  78.6  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000299418  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2083  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25.76 
 
 		 412 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.206037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2399  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  27.62 
 
 		 411 aa  77.8  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.791953  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  25.59 
 
 		 422 aa  77.8  0.0000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1174  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 		 455 aa  77  0.0000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273661  normal  0.401546 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1619  putative sugar-binding lipoprotein  27.96 
 
 		 434 aa  75.1  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.195944  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  26.4 
 
 		 495 aa  75.5  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5887  extracellular solute-binding protein family 1  25.76 
 
 		 412 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0905  extracellular solute-binding protein  26.86 
 
 		 412 aa  74.7  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2008  ABC transporter extracellular solute-binding protein  27.4 
 
 		 408 aa  74.3  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.247518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2818  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  28.71 
 
 		 399 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1184  ABC transporter, substrate-binding protein  28.71 
 
 		 413 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.186568  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2016  extracellular solute-binding protein  26.11 
 
 		 408 aa  73.6  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8236  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  30.56 
 
 		 434 aa  73.2  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.764848 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1094  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 		 434 aa  73.2  0.000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.161365  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3914  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 		 457 aa  72.8  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.313486  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4612  extracellular solute-binding protein family 1  26.61 
 
 		 437 aa  72.8  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5331  extracellular solute-binding protein family 1  27.32 
 
 		 424 aa  71.2  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4278  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 		 442 aa  71.6  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2201  extracellular solute-binding protein  25.37 
 
 		 420 aa  70.9  0.00000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.455559  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1728  extracellular solute-binding protein  29.26 
 
 		 411 aa  70.5  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00458236  normal  0.504509 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29280  sugar ABC transport system, periplasmic substrate-binding protein  25.99 
 
 		 388 aa  69.3  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7939  ABC transporter (substrate-binding protein)  24.8 
 
 		 428 aa  68.6  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.50295  normal  0.560439 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1097  extracellular solute-binding protein  26.28 
 
 		 416 aa  68.6  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000486653  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1180  extracellular solute-binding protein  36.61 
 
 		 485 aa  68.6  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01550  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.04 
 
 		 438 aa  67.8  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3716  extracellular solute-binding protein family 1  22.96 
 
 		 440 aa  67.8  0.0000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000472149 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2337  extracellular solute-binding protein family 1  30.61 
 
 		 411 aa  67.4  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.836128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3689  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 		 416 aa  67.8  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3264  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 416 aa  67.4  0.0000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.591163 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5435  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 		 414 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207139 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  28.43 
 
 		 427 aa  67  0.0000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2098  extracellular solute-binding protein family 1  30.61 
 
 		 411 aa  67  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.072788 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3838  extracellular solute-binding protein  23.77 
 
 		 420 aa  66.6  0.0000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2049  extracellular solute-binding protein  28.92 
 
 		 435 aa  66.6  0.0000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0208  extracellular solute-binding protein family 1  24.85 
 
 		 454 aa  66.2  0.0000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1292  glucose ABC transporter, periplasmic glucose-binding protein, putative  29.67 
 
 		 428 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.927491  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0523  extracellular solute-binding protein  23.78 
 
 		 418 aa  65.9  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3379  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 		 445 aa  65.5  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1303  extracellular solute-binding protein  24.9 
 
 		 432 aa  65.5  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.313179  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0944  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 		 422 aa  65.5  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.544942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3251  extracellular solute-binding protein family 1  27.13 
 
 		 428 aa  65.1  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.292164  normal  0.0559218 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5027  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 		 434 aa  65.5  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0894368  normal  0.625584 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  27.44 
 
 		 435 aa  65.1  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4209  extracellular solute-binding protein  29.5 
 
 		 428 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3469  extracellular solute-binding protein family 1  25.43 
 
 		 446 aa  64.3  0.000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3573  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 414 aa  64.3  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0138682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1588  extracellular solute-binding protein  22.89 
 
 		 452 aa  63.9  0.000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0399  extracellular solute-binding protein family 1  24.44 
 
 		 408 aa  63.9  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000195685  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1113  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 		 431 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.561117 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2337  ABC-type glucosylglycerol transport system substrate-binding protein  23.83 
 
 		 448 aa  63.5  0.000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.176838  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3494  extracellular solute-binding protein  28.36 
 
 		 414 aa  63.5  0.000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0194042 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01480  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.55 
 
 		 435 aa  63.2  0.000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22980  putative binding protein component of ABC sugar transporter  27.07 
 
 		 420 aa  63.2  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.16871 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0614  extracellular solute-binding protein family 1  24.38 
 
 		 435 aa  63.2  0.000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3815  extracellular solute-binding protein  27.09 
 
 		 440 aa  62.4  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.725217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1150  extracellular solute-binding protein  28.38 
 
 		 417 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0392592  normal  0.752071 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>