More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5058 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5058  ABC transporter permease protein  100 
 
 
289 aa  567  1e-160  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  93.77 
 
 
289 aa  541  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.608365 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0538  putative ABC transporter (permease protein)  72.82 
 
 
287 aa  394  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109267  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.94 
 
 
308 aa  381  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6691  putative ABC transporter  63.31 
 
 
288 aa  358  7e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03033  transmembranee ABC transporter protein  63.41 
 
 
298 aa  357  9.999999999999999e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744864  normal  0.0870544 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.81 
 
 
298 aa  352  4e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.281805  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4123  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.81 
 
 
298 aa  352  4e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.67 
 
 
303 aa  328  9e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.451363  normal  0.0367857 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3153  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  66.31 
 
 
303 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.41 
 
 
292 aa  324  1e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.37 
 
 
292 aa  322  6e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0652457 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30900  ABC transporter, permease protein  57.25 
 
 
288 aa  317  2e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0140  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  60.67 
 
 
288 aa  301  7.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0191  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.05 
 
 
287 aa  301  9e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466577  normal  0.686195 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.05 
 
 
287 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.778332  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.05 
 
 
287 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5196  ABC transporter, permease protein  57.09 
 
 
288 aa  298  9e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0339  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.74 
 
 
311 aa  295  5e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.461583 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.67 
 
 
287 aa  295  5e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.97734  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.25 
 
 
288 aa  294  9e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.77 
 
 
292 aa  293  3e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475828  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.64 
 
 
294 aa  289  4e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.348066 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4139  sulfonate/nitrate ABC transporter permease  60.3 
 
 
292 aa  288  6e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.241741  normal  0.999839 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6248  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.09 
 
 
295 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.620042  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.3 
 
 
295 aa  285  7e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.684311  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.51 
 
 
295 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.97 
 
 
292 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.309315 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.51 
 
 
295 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.446699 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.51 
 
 
295 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34790  putative permease of ABC transporter  61.42 
 
 
288 aa  280  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120138  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2679  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60 
 
 
290 aa  280  3e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0514  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.34 
 
 
300 aa  275  7e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.563541  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0156  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  57.89 
 
 
292 aa  275  9e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.557075  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.5 
 
 
295 aa  274  1.0000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.09 
 
 
288 aa  271  1e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2172  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  56.77 
 
 
292 aa  271  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.287546  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.09 
 
 
288 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.439861  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3451  ABC transporter related  59.25 
 
 
578 aa  262  4e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90461  hitchhiker  0.00285782 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4890  putative ABC transporter (permease protein)  54.26 
 
 
281 aa  255  7e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.2612 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.68 
 
 
270 aa  254  9e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1869  ABC transporter, permease protein  57.83 
 
 
323 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0821  permease  58.3 
 
 
313 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00555891  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1881  ABC transporter, permease protein  58.3 
 
 
323 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.259597  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1684  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, permease protein  58.3 
 
 
323 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.483892  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0340  permease  58.3 
 
 
313 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2036  permease  58.3 
 
 
323 aa  249  3e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.72 
 
 
288 aa  249  3e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.35 
 
 
296 aa  239  2.9999999999999997e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.187514  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4966  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  72.19 
 
 
187 aa  223  3e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04668  permease  58.45 
 
 
239 aa  201  9.999999999999999e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0827  ABC aliphatic sulfonate transporter, inner membrane subunit  31.2 
 
 
252 aa  131  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.819281  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.13 
 
 
263 aa  124  2e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4139  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.87 
 
 
245 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.45 
 
 
245 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0627503  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0356148  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1283  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  30.83 
 
 
252 aa  121  9.999999999999999e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0507526 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1184  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.14 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0191984  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.2 
 
 
269 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.406887  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2566  ABC transporter, membrane subunit  34.05 
 
 
252 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.32 
 
 
263 aa  116  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3998  ABC transporter, inner membrane subunit  34.4 
 
 
253 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.451031  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.02 
 
 
321 aa  113  3e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.44 
 
 
254 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0747147  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1974  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.64 
 
 
261 aa  108  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000226251  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0712  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.37 
 
 
302 aa  108  1e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.900284  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.26 
 
 
259 aa  105  8e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1900  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.07 
 
 
252 aa  104  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.128113  hitchhiker  0.000000000000910228 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7382  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.96 
 
 
294 aa  103  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.916295 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1232  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.27 
 
 
319 aa  102  5e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.39 
 
 
320 aa  102  9e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00107512 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1380  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  29.03 
 
 
277 aa  100  2e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153307 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.27 
 
 
441 aa  101  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0502009  hitchhiker  0.0000630788 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0377  hypothetical protein  27.23 
 
 
253 aa  101  2e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.76 
 
 
377 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1982  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.36 
 
 
266 aa  100  3e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.187248  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4372  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.15 
 
 
300 aa  99.8  5e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.292938  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.92 
 
 
276 aa  99.4  6e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.52 
 
 
273 aa  97.4  2e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.63 
 
 
259 aa  97.4  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00122675  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2515  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.91 
 
 
282 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.313862  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.61 
 
 
275 aa  96.3  5e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.44 
 
 
253 aa  96.3  6e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0467  taurine ABC transporter, permease protein, putative  29.93 
 
 
272 aa  95.9  8e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2787  ABC transporter, permease protein  30.77 
 
 
282 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0328614  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0406  putative taurine ABC transporter, permease protein  29.93 
 
 
272 aa  95.9  8e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.73 
 
 
264 aa  95.5  9e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.050552  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28 
 
 
253 aa  95.5  9e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0876322  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.98 
 
 
254 aa  95.1  1e-18  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1188  taurine ABC transporter, permease protein  29.09 
 
 
250 aa  94.4  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0612406  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5321  taurine ABC transporter, permease protein  27.86 
 
 
285 aa  94  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4458  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  27.8 
 
 
277 aa  94.7  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.698055  normal  0.534513 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4395  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  27.8 
 
 
277 aa  94.7  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.73 
 
 
264 aa  94.7  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2979  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.14 
 
 
296 aa  94.4  2e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.33 
 
 
267 aa  94  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4564  taurine transporter subunit  31.11 
 
 
279 aa  94  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.746145 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2622  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.41 
 
 
289 aa  94  3e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.753313  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2583  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.41 
 
 
289 aa  94  3e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.41 
 
 
289 aa  94  3e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.128032  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>