257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5056 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5056  hypothetical protein  100 
 
 		 241 aa  496  1e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6248  hypothetical protein  87.97 
 
 		 241 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.731942  normal  0.771556 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3344  hypothetical protein  78.84 
 
 		 241 aa  402  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.460481  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4463  hypothetical protein  79.67 
 
 		 241 aa  399  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.529264  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0198  hypothetical protein  66.67 
 
 		 237 aa  333  2e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4023  hypothetical protein  63.49 
 
 		 241 aa  333  2e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5409  hypothetical protein  66.53 
 
 		 236 aa  330  1e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0800335  hitchhiker  0.00250066 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2119  hypothetical protein  66.1 
 
 		 239 aa  330  2e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.270855 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1697  hypothetical protein  66.53 
 
 		 238 aa  328  5.0000000000000004e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2296  hypothetical protein  66.1 
 
 		 238 aa  326  2.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000995564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5272  hypothetical protein  62.29 
 
 		 239 aa  313  9.999999999999999e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.132847  normal  0.0555869 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0540  hypothetical protein  63.56 
 
 		 239 aa  311  6.999999999999999e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5710  hypothetical protein  63.14 
 
 		 236 aa  310  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0298234  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5347  hypothetical protein  64.83 
 
 		 236 aa  304  9.000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.78302 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3405  hypothetical protein  62.66 
 
 		 236 aa  302  4.0000000000000003e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.901266 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5739  hypothetical protein  56.65 
 
 		 252 aa  264  7e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5386  hypothetical protein  47.08 
 
 		 244 aa  222  4e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.85637 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0038  hypothetical protein  48.93 
 
 		 238 aa  222  4.9999999999999996e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4892  hypothetical protein  48.75 
 
 		 239 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.233197  normal  0.298097 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5396  Dimethylmenaquinone methyltransferase  44.21 
 
 		 240 aa  202  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.666245  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3608  hypothetical protein  39.48 
 
 		 505 aa  167  2e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3520  hypothetical protein  39.74 
 
 		 489 aa  164  1.0000000000000001e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7522  5-carboxymethyl-2-hydroxymuconateDelta- isomerase  41.35 
 
 		 545 aa  163  3e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.12897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1552  hypothetical protein  42.11 
 
 		 236 aa  162  5.0000000000000005e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00413964 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2831  hypothetical protein  37.5 
 
 		 237 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.413458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2615  hypothetical protein  38.02 
 
 		 509 aa  159  4e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2659  hypothetical protein  38.02 
 
 		 509 aa  159  4e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0329856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2644  hypothetical protein  37.39 
 
 		 529 aa  156  2e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.452342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2625  hypothetical protein  35.62 
 
 		 234 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.572906  normal  0.294504 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2471  hypothetical protein  37.61 
 
 		 240 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222167  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2637  hypothetical protein  36.13 
 
 		 237 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0592932  hitchhiker  0.000885081 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2959  hypothetical protein  37 
 
 		 237 aa  151  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3441  hypothetical protein  37.38 
 
 		 240 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3086  hypothetical protein  37.38 
 
 		 240 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.565993 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3140  hypothetical protein  38.57 
 
 		 239 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6174  hypothetical protein  37.61 
 
 		 232 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0498919  normal  0.11518 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3418  hypothetical protein  37.44 
 
 		 237 aa  144  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2056  hypothetical protein  37.14 
 
 		 238 aa  143  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.339166  normal  0.33839 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4131  hypothetical protein  36.36 
 
 		 232 aa  143  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.858095 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0731  hypothetical protein  37.78 
 
 		 240 aa  137  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1637  hypothetical protein  37.8 
 
 		 239 aa  137  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0375  hypothetical protein  37.68 
 
 		 234 aa  131  9e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.416346 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1888  hypothetical protein  36.23 
 
 		 233 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.685918  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19980  hypothetical protein  34.62 
 
 		 532 aa  125  7e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4868  hypothetical protein  32.74 
 
 		 247 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336729  normal  0.158749 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2046  hypothetical protein  32.91 
 
 		 267 aa  117  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.63945  normal  0.154833 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0869  hypothetical protein  39.57 
 
 		 508 aa  116  3e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.570323  normal  0.158902 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4512  hypothetical protein  34.43 
 
 		 258 aa  116  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3664  hypothetical protein  32.16 
 
 		 248 aa  115  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4683  hypothetical protein  35.75 
 
 		 233 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.272394  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3023  hypothetical protein  31.06 
 
 		 275 aa  112  7.000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0823  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35 
 
 		 229 aa  87.4  2e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_44651  predicted protein  29.52 
 
 		 281 aa  85.9  6e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1453  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  29.2 
 
 		 427 aa  85.5  6e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.395706 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3793  demethylmenaquinone methyltransferase-like protein  29.52 
 
 		 243 aa  81.6  0.000000000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2302  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35.82 
 
 		 225 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03175  putative transferase protein  31.22 
 
 		 216 aa  79.7  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.191246 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38400  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase  28.25 
 
 		 233 aa  79.7  0.00000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2031  hypothetical protein  33.56 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701424  normal  0.731044 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0457  Orotidine 5'-phosphate decarboxylase  27.52 
 
 		 426 aa  79  0.00000000000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3877  Dimethylmenaquinone methyltransferase  30.85 
 
 		 224 aa  78.6  0.00000000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2988  hypothetical protein  30.61 
 
 		 212 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3078  hypothetical protein  31.07 
 
 		 215 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.177547  normal  0.0349255 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4782  dimethylmenaquinone methyltransferase  31.25 
 
 		 220 aa  77  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.536032  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2666  Dimethylmenaquinone methyltransferase  32.34 
 
 		 207 aa  77  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1403  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  29.13 
 
 		 438 aa  77.4  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.175956  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1170  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  31.53 
 
 		 413 aa  77  0.0000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6067  Demethylmenaquinone methyltransferase-like protein  27.43 
 
 		 311 aa  77  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.677191  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05389  hypothetical protein  39.86 
 
 		 224 aa  76.3  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.969658 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0516  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  29.61 
 
 		 438 aa  76.3  0.0000000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.35671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1367  hypothetical protein  31.58 
 
 		 212 aa  75.5  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.797673 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1611  hypothetical protein  31.61 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.642734  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6359  hypothetical protein  35.67 
 
 		 223 aa  75.5  0.0000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2121  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  31.11 
 
 		 428 aa  74.7  0.000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3633  hypothetical protein  32.39 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.715784 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3988  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.64 
 
 		 231 aa  75.1  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.34613  normal  0.0761518 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5742  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase/oxaloacetate decarboxylase  34.25 
 
 		 235 aa  74.7  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228064  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5797  dimethylmenaquinone methyltransferase  30.62 
 
 		 225 aa  74.3  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121139 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0455  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  29.85 
 
 		 428 aa  74.3  0.000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0647  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  27.19 
 
 		 429 aa  73.6  0.000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.101947  normal  0.0867495 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3066  dimethylmenaquinone methyltransferase  30.62 
 
 		 216 aa  73.2  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.229185 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1105  demethylmenaquinone methyltransferase-like protein  28.43 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.200802  normal  0.0949582 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0321  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  28.64 
 
 		 438 aa  73.6  0.000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0479  dimethylmenaquinone methyltransferase  31.82 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.145449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0582  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  28.57 
 
 		 437 aa  72.4  0.000000000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.062003  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3890  hypothetical protein  30.11 
 
 		 228 aa  72  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0707  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  27.4 
 
 		 428 aa  71.6  0.00000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.172064 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4233  Dimethylmenaquinone methyltransferase  32.23 
 
 		 232 aa  71.6  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.95661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0590  dimethylmenaquinone methyltransferase  30.96 
 
 		 206 aa  71.6  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.246427  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04570  Dimethylmenaquinone methyltransferase  28.65 
 
 		 231 aa  71.2  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2742  dimethylmenaquinone methyltransferase  30.29 
 
 		 216 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.492964 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8625  Dimethylmenaquinone methyltransferase  34.07 
 
 		 236 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.422142  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39280  predicted protein  33.08 
 
 		 140 aa  70.9  0.00000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.632179 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0095  Dimethylmenaquinone methyltransferase  32.18 
 
 		 209 aa  70.9  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0718  dimethylmenaquinone methyltransferase  42.99 
 
 		 232 aa  70.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.287716 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0337  hypothetical protein  34.88 
 
 		 227 aa  70.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3360  hypothetical protein  28.5 
 
 		 227 aa  69.3  0.00000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5773  dimethylmenaquinone methyltransferase  30.6 
 
 		 225 aa  68.9  0.00000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2262  Dimethylmenaquinone methyltransferase  32.81 
 
 		 224 aa  68.9  0.00000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6068  Demethylmenaquinone methyltransferase-like protein  28.71 
 
 		 312 aa  68.6  0.00000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>