More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5052 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5052  transcriptional regulator  100 
 
 		 242 aa  491  9.999999999999999e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.259786  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1908  GntR domain protein  43.03 
 
 		 261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.287646  normal  0.900413 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1724  GntR domain protein  41.21 
 
 		 261 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.308508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1414  GntR domain-containing protein  38.59 
 
 		 250 aa  137  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455285  normal  0.0932364 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1414  GntR domain-containing protein  41.49 
 
 		 241 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3082  GntR domain-containing protein  40.28 
 
 		 241 aa  136  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0951451 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0885  GntR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 239 aa  135  4e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2064  GntR domain-containing protein  34.27 
 
 		 238 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000113894  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4912  GntR domain-containing protein  45.83 
 
 		 244 aa  133  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.47011 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1981  GntR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 238 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000358345  normal  0.05165 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1993  GntR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 238 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000185576  unclonable  0.0000207183 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2068  GntR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 238 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000911573  hitchhiker  0.00000303995 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2142  GntR domain protein  34.27 
 
 		 238 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.530271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2131  GntR family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 247 aa  129  6e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1327  GntR domain-containing protein  35.68 
 
 		 246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190888  normal  0.291118 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4894  GntR domain-containing protein  33.8 
 
 		 229 aa  119  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000861781  hitchhiker  0.000000633527 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3773  transcriptional regulator, GntR family  36.27 
 
 		 237 aa  118  9e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38941  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1092  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 238 aa  118  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.191594 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3614  GntR domain-containing protein  40.35 
 
 		 250 aa  117  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.661468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2982  transcriptional regulator  33.49 
 
 		 228 aa  117  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1707  transcriptional regulator GntR  35.78 
 
 		 237 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0401914  normal  0.758482 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3422  GntR domain protein  38.5 
 
 		 244 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3228  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 239 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.542599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0657  GntR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 261 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.483285 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49240  GntR family regulatory protein  35.68 
 
 		 240 aa  112  4.0000000000000004e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3667  GntR domain-containing protein  36.69 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0203377  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4144  GntR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 238 aa  110  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.278058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0901  GntR-like  31.51 
 
 		 246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3532  GntR-like  35.03 
 
 		 244 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2718  GntR domain-containing protein  35.81 
 
 		 252 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1994  GntR domain-containing protein  31.36 
 
 		 240 aa  108  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.122046  normal  0.944631 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2590  GntR domain-containing protein  35.81 
 
 		 234 aa  108  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0123  regulatory protein GntR HTH  35.83 
 
 		 261 aa  108  7.000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0011  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 229 aa  108  8.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000398907  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0011  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 229 aa  108  8.000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000019573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4206  GntR domain-containing protein  32.37 
 
 		 229 aa  108  8.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000481189  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2414  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 		 253 aa  108  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.493248  normal  0.355489 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3688  GntR domain protein  31.28 
 
 		 248 aa  106  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1667  GntR domain-containing protein  32.44 
 
 		 248 aa  105  9e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0248117 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4164  galactonate operon transcriptional repressor  30.28 
 
 		 229 aa  104  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.935326  normal  0.912647 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4115  galactonate operon transcriptional repressor  30.28 
 
 		 229 aa  104  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0804  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 240 aa  104  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4222  galactonate operon transcriptional repressor  30.28 
 
 		 229 aa  104  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1472  GntR domain-containing protein  31.19 
 
 		 238 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0434  GntR domain-containing protein  37.5 
 
 		 287 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0144479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1451  GntR domain-containing protein  31.19 
 
 		 238 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3599  GntR domain-containing protein  36.36 
 
 		 251 aa  103  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03578  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.73 
 
 		 229 aa  103  3e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.753742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0008  GntR domain protein  30.73 
 
 		 229 aa  103  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0008  GntR domain-containing protein  30.73 
 
 		 229 aa  103  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1098  galactonate operon transcriptional repressor  30.73 
 
 		 229 aa  103  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4060  galactonate operon transcriptional repressor  30.73 
 
 		 229 aa  103  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03522  hypothetical protein  30.73 
 
 		 229 aa  103  3e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.700459  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3907  galactonate operon transcriptional repressor  30.73 
 
 		 229 aa  103  3e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4204  galactonate operon transcriptional repressor  30.73 
 
 		 229 aa  103  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.763278  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0006  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 229 aa  102  4e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3530  GntR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 247 aa  102  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0642963  normal  0.159703 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0894  GntR-like  37.43 
 
 		 253 aa  102  5e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4214  GntR domain-containing protein  32.89 
 
 		 266 aa  102  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.827392 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1682  GntR domain-containing protein  31.53 
 
 		 238 aa  100  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.119908 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3975  transcriptional regulator  38.01 
 
 		 237 aa  100  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.198442  normal  0.201233 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0150  GntR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 237 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0405244  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1821  GntR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 237 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746086  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1259  GntR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 237 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.268862  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1974  GntR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 237 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1742  GntR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 237 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3302  GntR domain protein  39.64 
 
 		 268 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.826091 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1016  GntR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 237 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.181354  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2217  GntR domain protein  31.17 
 
 		 239 aa  99.4  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0501  GntR domain-containing protein  37.72 
 
 		 237 aa  99.4  4e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1725  GntR domain protein  34.23 
 
 		 241 aa  99  6e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4692  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 238 aa  99  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.468803  normal  0.750448 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3766  GntR domain protein  37.65 
 
 		 251 aa  98.2  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0041  GntR domain-containing protein  31.31 
 
 		 252 aa  97.8  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.340559 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4109  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 230 aa  97.8  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000434106  decreased coverage  0.00494792 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8406  regulatory protein GntR HTH  40.13 
 
 		 277 aa  97.4  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1070  GntR-like  31.19 
 
 		 238 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0022  GntR domain protein  31.8 
 
 		 232 aa  97.4  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1526  GntR domain-containing protein  31.19 
 
 		 238 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.72314 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1550  GntR domain-containing protein  31.19 
 
 		 238 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0046  GntR domain-containing protein  32.2 
 
 		 235 aa  96.3  3e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0746  GntR-like protein  32.18 
 
 		 241 aa  96.7  3e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4123  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 230 aa  95.9  5e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000860554  normal  0.0423809 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4280  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 234 aa  95.5  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.003808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4221  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 234 aa  95.5  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000881899  normal  0.895287 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3974  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 230 aa  95.1  8e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000445513  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3478  GntR domain protein  37.06 
 
 		 251 aa  95.5  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.554366 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2512  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 239 aa  95.1  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.289571  normal  0.109373 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03641  predicted transcriptional regulator  31.58 
 
 		 230 aa  95.1  9e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000792391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4212  GntR domain protein  31.58 
 
 		 230 aa  95.1  9e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000974871  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4239  GntR domain-containing protein  31.58 
 
 		 230 aa  95.1  9e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000023918  decreased coverage  0.00261992 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4171  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 234 aa  95.1  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000336109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4115  transcriptional regulator, GntR family  31.36 
 
 		 234 aa  95.1  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000173473  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5191  transcriptional regulator, GntR family  31.58 
 
 		 230 aa  95.1  9e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000012685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4271  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 230 aa  95.1  9e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000161964  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4100  transcriptional regulator, GntR family  31.36 
 
 		 234 aa  95.1  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000122034  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03586  hypothetical protein  31.58 
 
 		 230 aa  95.1  9e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000443765  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3460  GntR domain-containing protein  33.53 
 
 		 248 aa  94.7  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.612558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4164  transcriptional regulator, GntR family  31.1 
 
 		 230 aa  94  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000255806  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5012  GntR domain protein  36.26 
 
 		 239 aa  94  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.474023  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>