More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5032 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5032  gluconate 5-dehydrogenase  100 
 
 
252 aa  510  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.930013  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0777  gluconate 5-dehydrogenase  82.94 
 
 
251 aa  417  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.618291  hitchhiker  0.00200145 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5798  gluconate 5-dehydrogenase  82.14 
 
 
251 aa  401  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  hitchhiker  0.00243591 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  69.41 
 
 
255 aa  346  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  68.13 
 
 
254 aa  345  5e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  67.32 
 
 
257 aa  344  8e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  66.93 
 
 
254 aa  336  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  66.93 
 
 
256 aa  336  2.9999999999999997e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.88 
 
 
255 aa  335  2.9999999999999997e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.84 
 
 
261 aa  320  9.999999999999999e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.718128 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.29 
 
 
257 aa  308  5.9999999999999995e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0349  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  59.84 
 
 
257 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.202503  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  61.02 
 
 
258 aa  301  7.000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.45 
 
 
257 aa  299  2e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.600374  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.45 
 
 
269 aa  298  5e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725023  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.66 
 
 
257 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.66 
 
 
257 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58 
 
 
272 aa  285  5.999999999999999e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0620  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60 
 
 
255 aa  278  5e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.58504  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.06 
 
 
253 aa  271  8.000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.33 
 
 
257 aa  263  2e-69  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0222  gluconate 5-dehydrogenase  50.2 
 
 
254 aa  258  8e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  49.4 
 
 
254 aa  254  1.0000000000000001e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.4 
 
 
256 aa  252  4.0000000000000004e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.78 
 
 
256 aa  252  4.0000000000000004e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1576  gluconate 5-dehydrogenase  49.21 
 
 
289 aa  249  3e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.106738  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.73 
 
 
265 aa  249  3e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222007  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1800  gluconate 5-dehydrogenase  48.81 
 
 
254 aa  248  6e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.69698  normal  0.0411543 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1470  gluconate 5-dehydrogenase  49 
 
 
254 aa  248  6e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.4 
 
 
256 aa  246  2e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.358595  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04132  gluconate 5-dehydrogenase  48.61 
 
 
254 aa  245  4e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.61 
 
 
254 aa  245  4e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4522  gluconate 5-dehydrogenase  48.61 
 
 
254 aa  245  4e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0305607  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04096  hypothetical protein  48.61 
 
 
254 aa  245  4e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4747  gluconate 5-dehydrogenase  48.21 
 
 
254 aa  244  9e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.6 
 
 
256 aa  244  9.999999999999999e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48 
 
 
254 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  48.02 
 
 
255 aa  239  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4887  gluconate 5-dehydrogenase  47.41 
 
 
254 aa  238  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.851377  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.03 
 
 
255 aa  238  6.999999999999999e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4768  gluconate 5-dehydrogenase  47.41 
 
 
254 aa  237  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.136475  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4738  gluconate 5-dehydrogenase  47.41 
 
 
254 aa  237  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.120281 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4868  gluconate 5-dehydrogenase  47.41 
 
 
254 aa  236  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.113188 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4831  gluconate 5-dehydrogenase  47.01 
 
 
254 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0949  gluconate 5-dehydrogenase  45.53 
 
 
264 aa  226  3e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000161447 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
255 aa  223  3e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.808003  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4263  gluconate 5-dehydrogenase  45.45 
 
 
263 aa  218  7.999999999999999e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.43 
 
 
255 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
274 aa  203  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  45.85 
 
 
255 aa  198  5e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1164  gluconate 5-dehydrogenase  41.04 
 
 
263 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 
260 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0490  gluconate 5-dehydrogenase  43.3 
 
 
265 aa  195  7e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2534  gluconate 5-dehydrogenase  42.63 
 
 
262 aa  194  1e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2136  gluconate 5-dehydrogenase  41.2 
 
 
256 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.510387  normal  0.0477177 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1904  gluconate 5-dehydrogenase  41.41 
 
 
270 aa  191  8e-48  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0277  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  45.2 
 
 
251 aa  191  9e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
252 aa  187  1e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
252 aa  186  3e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  42.06 
 
 
254 aa  186  4e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
254 aa  184  9e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
254 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5878  gluconate 5-dehydrogenase  44.9 
 
 
259 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.854497  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0537  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44.58 
 
 
256 aa  180  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
255 aa  180  2e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0922  Short-chain alcohol dehydrogenase  41.06 
 
 
256 aa  180  2e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000799282  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.31 
 
 
251 aa  179  4e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 
257 aa  179  4e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3515  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.03 
 
 
255 aa  179  4e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2380  gluconate 5-dehydrogenase  42.69 
 
 
256 aa  178  8e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.667021  decreased coverage  0.0022048 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0468  gluconate 5-dehydrogenase  42.63 
 
 
251 aa  177  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.175213  normal  0.323536 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6091  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
260 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.50583  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2747  gluconate 5-dehydrogenase  44.27 
 
 
253 aa  176  2e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.583516  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
257 aa  176  3e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3035  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  45.68 
 
 
251 aa  176  3e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.810122 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
259 aa  175  6e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
257 aa  175  6e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
266 aa  174  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0396  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.24 
 
 
258 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7371  short-chain alcohol dehydrogenase  44.05 
 
 
254 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
260 aa  172  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0392  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.84 
 
 
258 aa  173  2.9999999999999996e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
251 aa  172  3.9999999999999995e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.92 
 
 
258 aa  172  5e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.94 
 
 
251 aa  171  7.999999999999999e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0121204  normal  0.0331725 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
253 aa  170  2e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0335723  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
256 aa  169  4e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.936397  normal  0.224474 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2202  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.96 
 
 
253 aa  169  4e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0773662  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2646  phosphatidylserine decarboxylase  40.56 
 
 
258 aa  169  6e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.229989  normal  0.216925 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
256 aa  167  1e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.351374 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 
251 aa  167  2e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00521448  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
265 aa  167  2e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.243411  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1909  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.56 
 
 
253 aa  167  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00371976  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0118  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.89 
 
 
256 aa  166  2.9999999999999998e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29820  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  40.39 
 
 
261 aa  166  5e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0481  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.8 
 
 
241 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2032  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.96 
 
 
253 aa  165  6.9999999999999995e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2403  gluconate 5-dehydrogenase  40 
 
 
258 aa  164  9e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.525317  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0344  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.15 
 
 
258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00384997  hitchhiker  0.000208801 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>