More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5017 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5017  S-methyltransferase  100 
 
 
301 aa  608  1e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6392  homocysteine S-methyltransferase  77 
 
 
302 aa  474  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.612657 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4534  homocysteine S-methyltransferase  76.74 
 
 
302 aa  475  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0770365 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5121  homocysteine S-methyltransferase  56.23 
 
 
299 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0135376  normal  0.478948 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0658  homocysteine S-methyltransferase family protein  54.24 
 
 
311 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.778946  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0692  homocysteine S-methyltransferase  54.24 
 
 
311 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0245772 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4282  homocysteine S-methyltransferase  52.49 
 
 
309 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2776  homocysteine S-methyltransferase family protein  55.07 
 
 
307 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420407  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4837  homocysteine S-methyltransferase  54.82 
 
 
309 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.345042 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1135  homocysteine S-methyltransferase family protein  56.46 
 
 
298 aa  298  5e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.300332  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0975  homocysteine S-methyltransferase  54.76 
 
 
310 aa  291  7e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000866621  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3243  homocysteine S-methyltransferase  52.54 
 
 
300 aa  291  8e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.562987  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1277  homocysteine S-methyltransferase  52.54 
 
 
300 aa  290  2e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0441893 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6804  homocysteine S-methyltransferase  52.48 
 
 
313 aa  289  3e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3865  homocysteine S-methyltransferase  52.7 
 
 
300 aa  289  4e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0314464  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2930  homocysteine S-methyltransferase  49.17 
 
 
303 aa  284  1.0000000000000001e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2779  homocysteine S-methyltransferase  52.49 
 
 
308 aa  279  4e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3747  homocysteine S-methyltransferase  52.35 
 
 
302 aa  278  9e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1497  homocysteine S-methyltransferase  48.82 
 
 
310 aa  278  9e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.191799  normal  0.658864 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3090  homocysteine S-methyltransferase  53.22 
 
 
300 aa  276  4e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3100  homocysteine S-methyltransferase  52.88 
 
 
300 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2160  homocysteine S-methyltransferase  46.96 
 
 
310 aa  267  1e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00664  homocysteine S-methyltransferase family protein  43.52 
 
 
305 aa  242  5e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05821  homocysteine S-methyltransferase  41.67 
 
 
301 aa  238  1e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_48307  predicted protein  36.84 
 
 
346 aa  189  5.999999999999999e-47  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.532238  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2815  homocysteine S-methyltransferase  35.2 
 
 
304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1598  homocysteine S-methyltransferase  36.27 
 
 
297 aa  160  2e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.296852 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0392  homocysteine S-methyltransferase  36.57 
 
 
305 aa  148  9e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108543  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3928  homocysteine S-methyltransferase  35.22 
 
 
308 aa  125  6e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.45742 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2200  homocysteine S-methyltransferase  34 
 
 
307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.558388  normal  0.514236 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2740  homocysteine methyltransferase  32.04 
 
 
287 aa  86.7  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164066  normal  0.649744 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5466  homocysteine methyltransferase  26.75 
 
 
325 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0696243  hitchhiker  0.00895387 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3344  homocysteine S-methyltransferase  30.6 
 
 
310 aa  83.2  0.000000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1315  homocysteine S-methyltransferase  30.52 
 
 
288 aa  82.8  0.000000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0420975  normal  0.31637 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37350  homocysteine methyltransferase  28.3 
 
 
295 aa  82.4  0.000000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.493269 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0828  homocysteine methyltransferase  30.16 
 
 
311 aa  82  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0891  homocysteine S-methyltransferase  29.47 
 
 
303 aa  81.6  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0866  homocysteine methyltransferase  29.62 
 
 
316 aa  82  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.142005  normal  0.135969 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12483  homocysteine methyltransferase  30.16 
 
 
302 aa  81.6  0.00000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1535  homocysteine methyltransferase  31.41 
 
 
315 aa  80.5  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.521433  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2926  homocysteine methyltransferase  30.16 
 
 
313 aa  79.3  0.00000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1230  homocysteine S-methyltransferase  28.62 
 
 
311 aa  78.6  0.0000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.829907  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  25.41 
 
 
807 aa  75.1  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2437  methionine synthase (B12-dependent)  26.59 
 
 
352 aa  75.1  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01795  homocysteine methyltransferase  29.57 
 
 
325 aa  75.5  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.443349  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1670  homocysteine S-methyltransferase family protein  25.58 
 
 
279 aa  73.9  0.000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1406  homocysteine S-methyltransferase, putative  25.91 
 
 
279 aa  73.9  0.000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1146  homocysteine methyltransferase  28.25 
 
 
319 aa  73.2  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000617566 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3632  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  25.49 
 
 
617 aa  71.6  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  25.48 
 
 
804 aa  72  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1042  homocysteine methyltransferase  26.46 
 
 
310 aa  70.9  0.00000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000341653  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3471  homocysteine methyltransferase  28.35 
 
 
312 aa  70.9  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0709  methionine synthase I  28.72 
 
 
357 aa  70.1  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0182  methionine synthase  27.06 
 
 
1263 aa  69.7  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1858  homocysteine S-methyltransferase  28.43 
 
 
803 aa  69.3  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1206  B12-dependent methionine synthase  25.15 
 
 
1232 aa  68.6  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  25.57 
 
 
800 aa  68.2  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6259  methionine synthase (B12-dependent)  27.25 
 
 
372 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1115  B12-dependent methionine synthase  25.94 
 
 
1241 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0149  homocysteine S-methyltransferase  25.08 
 
 
346 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.637039 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2137  methionine synthase  28.62 
 
 
1245 aa  67.8  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.39755 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2124  methionine synthase I  27.36 
 
 
335 aa  67.4  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0315  B12-dependent methionine synthase  26.32 
 
 
1225 aa  67.4  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000170465 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0799  methionine synthase I  27.36 
 
 
335 aa  67.4  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.640121 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0167  homocysteine S-methyltransferase  27.73 
 
 
348 aa  67.4  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0156  homocysteine S-methyltransferase  24.34 
 
 
346 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4383  homocysteine S-methyltransferase  29.07 
 
 
578 aa  67  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0169  homocysteine S-methyltransferase  27.46 
 
 
368 aa  66.6  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0036  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  30.3 
 
 
355 aa  66.2  0.0000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.20807 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2544  methionine synthase  26.92 
 
 
1180 aa  66.2  0.0000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00356448  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1771  methionine synthase I  28.08 
 
 
337 aa  65.5  0.0000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.379105  normal  0.0676063 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1889  B12-dependent methionine synthase  24.49 
 
 
1245 aa  65.5  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1643  B12-dependent methionine synthase  28.41 
 
 
1262 aa  65.1  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0494405 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  22.52 
 
 
780 aa  65.1  0.000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0325  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  25 
 
 
605 aa  64.7  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1617  homocysteine S-methyltransferase  26.54 
 
 
1189 aa  64.7  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0112  B12-dependent methionine synthase  29.11 
 
 
1259 aa  64.7  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.937971  normal  0.535785 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1545  B12-dependent methionine synthase  26.76 
 
 
1237 aa  63.9  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.396086  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0710  B12-dependent methionine synthase  24.21 
 
 
1240 aa  63.9  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4577  homocysteine methyltransferase  28.75 
 
 
320 aa  63.9  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3690  B12-dependent methionine synthase  25.51 
 
 
1220 aa  64.3  0.000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0283  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  30.82 
 
 
615 aa  63.9  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0388  homocysteine S-methyltransferase  26.95 
 
 
367 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0207088 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  30.1 
 
 
818 aa  62.8  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2974  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  27.21 
 
 
605 aa  62.8  0.000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02860  B12-dependent methionine synthase  25.52 
 
 
355 aa  62.8  0.000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0295  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  23.88 
 
 
346 aa  62.8  0.000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1601  B12-dependent methionine synthase  24.27 
 
 
1250 aa  62.4  0.000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.179961 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2931  homocysteine S-methyltransferase  26.05 
 
 
355 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1750  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  22.54 
 
 
598 aa  62.4  0.000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1792  homocysteine S-methyltransferase  23.61 
 
 
774 aa  62.4  0.000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.709712  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1882  B12-dependent methionine synthase  24.27 
 
 
1250 aa  62.4  0.000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.820569 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2302  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  26.05 
 
 
355 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2916  methionine synthase  26.05 
 
 
355 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142976  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0650  B12-dependent methionine synthase  24.83 
 
 
1250 aa  62  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0238  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  26.33 
 
 
609 aa  62  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0045  B12-dependent methionine synthase  26.35 
 
 
1267 aa  62  0.00000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0358  homocysteine S-methyltransferase, putative  27.59 
 
 
358 aa  62  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1268  homocysteine S-methyltransferase  25.7 
 
 
320 aa  62.4  0.00000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.897971 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0113  B12-dependent methionine synthase  23.51 
 
 
1227 aa  62  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.352445  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>