59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4384 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4384  DNA polymerase III subunit delta  100 
 
 		 347 aa  701    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3926  DNA polymerase III subunit delta  61.74 
 
 		 346 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.455818 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4252  DNA polymerase III subunit delta  60.29 
 
 		 346 aa  443  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.400931 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3200  DNA polymerase III subunit delta  60.47 
 
 		 343 aa  428  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1977  DNA polymerase III subunit delta  40.35 
 
 		 388 aa  271  9e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.286095  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2057  DNA polymerase III subunit delta  40.06 
 
 		 347 aa  271  2e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0863  DNA polymerase III subunit delta  39.19 
 
 		 347 aa  266  5e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0050  DNA polymerase III subunit delta  39.42 
 
 		 347 aa  258  7e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3317  DNA polymerase III subunit delta  37.28 
 
 		 345 aa  248  8e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1866  DNA polymerase III subunit delta  35.45 
 
 		 343 aa  189  9e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0339  DNA polymerase III, delta subunit  34.32 
 
 		 338 aa  188  1e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00729017 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1024  DNA polymerase III subunit delta  34.01 
 
 		 342 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1587  DNA polymerase III subunit delta  35.16 
 
 		 343 aa  187  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0083136 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1652  DNA polymerase III subunit delta  34.87 
 
 		 343 aa  186  7e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.884155 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0286  DNA polymerase III subunit delta  34.3 
 
 		 342 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0169  DNA polymerase III subunit delta  33.62 
 
 		 342 aa  181  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1448  DNA polymerase III subunit delta  35.84 
 
 		 342 aa  181  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1406  DNA polymerase III subunit delta  33.43 
 
 		 342 aa  181  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.242045 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0093  DNA polymerase III subunit delta  34.01 
 
 		 342 aa  178  2e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4096  DNA polymerase III subunit delta  35.69 
 
 		 345 aa  176  5e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.327315  normal  0.0146653 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0222  DNA polymerase III, delta subunit  33.33 
 
 		 340 aa  175  9.999999999999999e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.730888  normal  0.129327 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0387  DNA polymerase III subunit delta  33.91 
 
 		 342 aa  173  5e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.252909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0292  DNA polymerase III subunit delta  34.39 
 
 		 343 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0100  DNA polymerase III subunit delta  33.14 
 
 		 342 aa  169  8e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.427702  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0434  DNA polymerase III subunit delta  33.33 
 
 		 342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3629  DNA polymerase III subunit delta  31.13 
 
 		 342 aa  151  1e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.628858  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0639  DNA polymerase III subunit delta  32.14 
 
 		 337 aa  110  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.858672 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2959  DNA polymerase III, delta subunit  30.26 
 
 		 350 aa  109  9.000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2048  DNA polymerase III subunit delta  28.49 
 
 		 334 aa  108  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.296688  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1278  DNA polymerase III subunit delta  30.62 
 
 		 347 aa  105  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5028  DNA polymerase III subunit delta  34.5 
 
 		 350 aa  91.7  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.726212 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3217  DNA polymerase III, delta subunit  23.1 
 
 		 340 aa  69.7  0.00000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3379  DNA polymerase III, delta subunit  28.34 
 
 		 346 aa  65.9  0.0000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.126679  normal  0.707778 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2850  DNA polymerase III, delta subunit  25.74 
 
 		 340 aa  64.3  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.160345  normal  0.104898 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1564  DNA polymerase III, delta subunit  21.52 
 
 		 340 aa  62  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0055  DNA polymerase III, delta subunit  25.21 
 
 		 341 aa  60.1  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000100325 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0126  hypothetical protein  21.2 
 
 		 334 aa  59.3  0.0000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0077  DNA polymerase III, delta subunit  24.23 
 
 		 334 aa  58.5  0.0000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2767  DNA polymerase III, delta subunit  27.38 
 
 		 342 aa  57.8  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0999  DNA polymerase III, delta subunit  23.21 
 
 		 343 aa  57.4  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000304897  normal  0.119076 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1404  DNA polymerase III, delta subunit  25 
 
 		 389 aa  57.4  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.162572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0212  DNA polymerase III subunit delta  25.86 
 
 		 316 aa  55.8  0.0000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1172  DNA polymerase III, delta subunit  23.53 
 
 		 343 aa  55.8  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1060  DNA polymerase III, delta subunit  22.78 
 
 		 343 aa  55.8  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0315108  hitchhiker  0.00717458 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0995  DNA polymerase III, delta subunit  22.78 
 
 		 343 aa  55.5  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0109002  normal  0.117484 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0043  DNA polymerase III, delta subunit  23.53 
 
 		 342 aa  54.7  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.302173 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2496  DNA polymerase III, delta  25.28 
 
 		 330 aa  53.1  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.776259 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0838  DNA polymerase III, delta subunit  24.91 
 
 		 330 aa  50.4  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2746  DNA polymerase III, delta subunit  25.11 
 
 		 337 aa  49.7  0.00008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3137  DNA polymerase III, delta  26.4 
 
 		 330 aa  48.9  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.226338  hitchhiker  0.0000037205 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1720  DNA polymerase III, delta subunit  21.15 
 
 		 354 aa  48.5  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3459  DNA polymerase III subunit delta  26.11 
 
 		 324 aa  47  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.403975 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0755  DNA polymerase III, delta subunit  23.32 
 
 		 329 aa  46.6  0.0006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00516911  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3469  DNA polymerase III subunit delta  23.08 
 
 		 329 aa  45.4  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.206269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2277  DNA-directed DNA polymerase  27.5 
 
 		 344 aa  44.3  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4181  DNA polymerase III subunit delta  25.33 
 
 		 327 aa  43.5  0.005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4220  DNA polymerase III subunit delta  25.33 
 
 		 327 aa  43.5  0.005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2298  DNA polymerase III, delta subunit  22.68 
 
 		 334 aa  43.5  0.006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0132973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2443  DNA polymerase III, delta subunit  26.96 
 
 		 344 aa  43.1  0.007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>