More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4267 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4267  thiamine transporter membrane protein  100 
 
 		 542 aa  1029    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3108  thiamine transporter membrane protein  57.68 
 
 		 531 aa  506  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1758  thiamine transporter membrane protein  47.57 
 
 		 543 aa  415  9.999999999999999e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.000432752  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1141  thiamine transporter membrane protein  48.93 
 
 		 541 aa  392  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.661169  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3260  thiamine transporter membrane protein  51 
 
 		 545 aa  394  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0386  thiamine transporter membrane protein  39.31 
 
 		 534 aa  330  3e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.127364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0350  thiamine transporter membrane protein  38.45 
 
 		 540 aa  305  2.0000000000000002e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00789  thiamine transporter membrane protein  37.38 
 
 		 516 aa  303  4.0000000000000003e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001685  thiamin ABC transporter transmembrane component  37.83 
 
 		 516 aa  297  4e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2118  thiamine transporter membrane protein  39.41 
 
 		 530 aa  296  8e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0059  thiamine transporter membrane protein  41.08 
 
 		 536 aa  294  2e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3532  thiamine ABC transporter, inner membrane subunit  41.86 
 
 		 536 aa  294  3e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3590  thiamine transporter membrane protein  41.08 
 
 		 536 aa  292  8e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.838581  hitchhiker  0.00000463415 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0071  thiamine transporter membrane protein  41.08 
 
 		 536 aa  292  1e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0069  thiamine transporter membrane protein  41.08 
 
 		 536 aa  291  1e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0071  thiamine transporter membrane protein  41.08 
 
 		 536 aa  291  2e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.818645  normal  0.387113 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00069  thiamin ABC transporter membrane protein  41.44 
 
 		 536 aa  291  3e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00068  hypothetical protein  41.44 
 
 		 536 aa  291  3e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0111  thiamine transporter membrane protein  40.73 
 
 		 536 aa  290  4e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0072  thiamine transporter membrane protein  41.23 
 
 		 536 aa  290  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0118  thiamine transporter membrane protein  40.73 
 
 		 536 aa  290  6e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0333218 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0113  thiamine transporter membrane protein  40.73 
 
 		 536 aa  290  6e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.195449 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0114  thiamine transporter membrane protein  40.73 
 
 		 536 aa  290  6e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.576888 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0118  thiamine transporter membrane protein  40.73 
 
 		 536 aa  289  9e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0614  thiamine transporter membrane protein  39.56 
 
 		 536 aa  288  1e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.012901 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3471  thiamine ABC transporter, inner membrane subunit  39.72 
 
 		 509 aa  288  2e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3620  thiamine transporter membrane protein  41.91 
 
 		 535 aa  288  2e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.393942  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3809  thiamine transporter membrane protein  41.01 
 
 		 535 aa  282  1e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1012  thiamine transporter membrane protein  36.95 
 
 		 514 aa  281  3e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.775062  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3543  thiamine transporter membrane protein  39.62 
 
 		 535 aa  278  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3415  thiamine transporter membrane protein  39.19 
 
 		 535 aa  277  4e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2944  thiamine transporter membrane protein  39.19 
 
 		 535 aa  276  5e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.305825 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2817  thiamine transporter membrane protein  44.32 
 
 		 523 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.229213  normal  0.678489 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0622  thiamine transporter membrane protein  39.77 
 
 		 536 aa  263  6.999999999999999e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0736  thiamine transporter membrane protein  40.17 
 
 		 535 aa  262  1e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2799  thiamine transporter membrane protein  41.25 
 
 		 504 aa  259  9e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0059  thiamine transporter membrane protein  42.83 
 
 		 504 aa  253  6e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0329  thiamine transporter membrane protein  39.07 
 
 		 521 aa  248  2e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.356206 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1199  thiamine ABC transporter, inner membrane subunit  44.07 
 
 		 555 aa  246  4.9999999999999997e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.60189  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0583  thiamine transporter membrane protein  41.67 
 
 		 537 aa  241  2e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.221441  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1392  thiamine transporter membrane protein  50.52 
 
 		 504 aa  181  4e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.51 
 
 		 510 aa  110  7.000000000000001e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.31572  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.03 
 
 		 565 aa  109  2e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0144  thiamine ABC transporter, permease protein  26.06 
 
 		 560 aa  105  2e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.997679  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.3 
 
 		 540 aa  105  2e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.666018  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.04 
 
 		 606 aa  104  3e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.09 
 
 		 634 aa  94  6e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.34 
 
 		 515 aa  91.7  3e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.45 
 
 		 597 aa  90.9  5e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.02 
 
 		 532 aa  89.4  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.763133  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 		 663 aa  87.4  7e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.745838  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.97 
 
 		 572 aa  82.4  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.0000013975  decreased coverage  0.00476885 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0434  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.82 
 
 		 544 aa  79.3  0.0000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.10733  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.29 
 
 		 564 aa  79  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.957532  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2021  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.38 
 
 		 285 aa  77.8  0.0000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3245  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.68 
 
 		 550 aa  77  0.0000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0087  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.5 
 
 		 226 aa  76.6  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0394  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  32.84 
 
 		 227 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4787  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.66 
 
 		 226 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00784926  hitchhiker  0.000000216421 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0289  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  32.84 
 
 		 226 aa  74.7  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0286  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  32.84 
 
 		 226 aa  74.7  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0282  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  32.84 
 
 		 226 aa  74.7  0.000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.24 
 
 		 565 aa  74.7  0.000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0290  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  32.84 
 
 		 226 aa  74.7  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0093  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  32.96 
 
 		 226 aa  73.9  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.30684  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0179  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.33 
 
 		 569 aa  73.6  0.000000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0007  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.14 
 
 		 512 aa  73.6  0.000000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000649932  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1100  molybdate ABC transporter inner membrane subunit  33.01 
 
 		 260 aa  72.8  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1003  sulfate/thiosulfate transporter subunit  31.86 
 
 		 277 aa  72  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.566052  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3332  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  30.23 
 
 		 296 aa  72  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.845298  normal  0.297479 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5392  sulfate ABC transporter permease protein CysT  32.8 
 
 		 285 aa  71.2  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.783844  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4114  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  32.4 
 
 		 226 aa  71.2  0.00000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1979  NifC-like ABC-type porter  30.05 
 
 		 263 aa  71.2  0.00000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.200297 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.94 
 
 		 509 aa  71.2  0.00000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.553789  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1329  sulfate ABC transporter, permease protein, putative  28.14 
 
 		 288 aa  70.9  0.00000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0287943  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1289  sulfate ABC transporter, permease protein CysT  28.14 
 
 		 288 aa  70.9  0.00000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528905  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.68 
 
 		 593 aa  70.5  0.00000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0766  sulfate/thiosulfate transporter subunit  31.37 
 
 		 284 aa  70.5  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3747  NifC-like ABC-type porter  31.72 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31200  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  29.32 
 
 		 547 aa  69.7  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.393839  normal  0.564354 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4447  molybdenum ABC transporter, permease protein  32.4 
 
 		 226 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0278  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.84 
 
 		 226 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000123104 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3743  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.84 
 
 		 226 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0584009 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2950  sulfate/thiosulfate transporter subunit  31.71 
 
 		 277 aa  68.6  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.529327 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.93 
 
 		 263 aa  68.6  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0279  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.34 
 
 		 226 aa  68.2  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000025705 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  29.07 
 
 		 264 aa  67.8  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4019  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  30.14 
 
 		 275 aa  67.8  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.392742  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2679  sulfate/thiosulfate transporter subunit  30.26 
 
 		 277 aa  67.4  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.513058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2637  sulfate/thiosulfate transporter subunit  30.26 
 
 		 277 aa  67.4  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.848576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3519  molybdate ABC transporter permease  33.15 
 
 		 224 aa  67.4  0.0000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2809  sulfate/thiosulfate transporter subunit  30.26 
 
 		 277 aa  67.4  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2588  sulfate/thiosulfate transporter subunit  30.26 
 
 		 277 aa  67.4  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2703  sulfate/thiosulfate transporter subunit  30.26 
 
 		 277 aa  67.4  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.224931  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2689  molybdate ABC transporter inner membrane subunit  30.14 
 
 		 269 aa  67  0.0000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.106468  normal  0.549789 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1377  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  27.95 
 
 		 275 aa  67  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.78 
 
 		 290 aa  67  0.0000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0489699  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02324  sulfate/thiosulfate transporter subunit  30.39 
 
 		 277 aa  66.6  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1255  sulfate/thiosulfate transporter subunit  30.39 
 
 		 277 aa  66.6  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0009131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2560  sulfate/thiosulfate transporter subunit  30.39 
 
 		 277 aa  66.6  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>