More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4245 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4245  thioredoxin  100 
 
 		 334 aa  674    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.902531  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3775  thioredoxin  73.8 
 
 		 324 aa  495  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4099  thioredoxin  72.29 
 
 		 324 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.809641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3045  thioredoxin  69.88 
 
 		 330 aa  470  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0893  thioredoxin  56.12 
 
 		 324 aa  374  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3284  thioredoxin  55.39 
 
 		 320 aa  375  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0837  thioredoxin  55.52 
 
 		 329 aa  370  1e-101  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24068  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0268  thioredoxin  56.29 
 
 		 306 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.223768  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0456  thioredoxin  54.09 
 
 		 306 aa  336  3.9999999999999995e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.666195  normal  0.0589835 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0306  putative thioredoxin  57.34 
 
 		 305 aa  331  1e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.351153 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4464  thioredoxin  55.67 
 
 		 302 aa  331  1e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.980457  hitchhiker  0.00575685 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5188  thioredoxin  55.67 
 
 		 302 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3272  thioredoxin  51.34 
 
 		 326 aa  326  4.0000000000000003e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315754  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0296  thioredoxin  53.64 
 
 		 306 aa  325  8.000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0166723 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2208  Thioredoxin domain  50.83 
 
 		 300 aa  297  2e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.210633  normal  0.190287 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2526  Thioredoxin domain  50.81 
 
 		 302 aa  296  3e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2251  thioredoxin domain-containing protein  50.81 
 
 		 302 aa  296  3e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.285443 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0264  thioredoxin-related  53.18 
 
 		 305 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0835  thioredoxin  51.16 
 
 		 304 aa  290  3e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0466449 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0081  thioredoxin-related  51.68 
 
 		 310 aa  290  3e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1865  thioredoxin  50.34 
 
 		 306 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.938725 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1982  thioredoxin  49.32 
 
 		 317 aa  282  6.000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00653306  normal  0.106397 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1312  thioredoxin  52.38 
 
 		 302 aa  274  2.0000000000000002e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.968155  hitchhiker  0.00158392 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0073  thioredoxin-related  51.19 
 
 		 336 aa  273  4.0000000000000004e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2792  thioredoxin  47.16 
 
 		 307 aa  253  2.0000000000000002e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.336164  normal  0.284427 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0422  thioredoxin-related  44.22 
 
 		 306 aa  252  8.000000000000001e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4590  thioredoxin  47.85 
 
 		 304 aa  250  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.315091 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2254  Thioredoxin domain  43.28 
 
 		 338 aa  245  9e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.708544  normal  0.526752 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3711  thioredoxin-related  43 
 
 		 312 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0035  thioredoxin domain protein  41.2 
 
 		 303 aa  242  7e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000613737 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2894  thioredoxin  40.84 
 
 		 304 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.225286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2938  thioredoxin  42.76 
 
 		 315 aa  225  1e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2127  thioredoxin domain-containing protein  41 
 
 		 311 aa  224  2e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0054  thioredoxin domain-containing protein  39.87 
 
 		 311 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.621806 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0139  thioredoxin  40.19 
 
 		 304 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.115095  normal  0.47686 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1489  thioredoxin domain-containing protein  40.19 
 
 		 304 aa  218  2e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.481302  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2371  thioredoxin domain-containing protein  38.41 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.880736 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3219  thioredoxin  39.79 
 
 		 282 aa  189  8e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2527  thioredoxin  38.85 
 
 		 293 aa  186  4e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0179199 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2636  thioredoxin  38.54 
 
 		 280 aa  183  3e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0516  thioredoxin  38.89 
 
 		 282 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.695523 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1818  thioredoxin  37.84 
 
 		 293 aa  181  2e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0314014 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5898  thioredoxin  38.75 
 
 		 282 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.769716  normal  0.516195 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0822  thioredoxin  35.76 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.606093  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2485  thioredoxin  38.19 
 
 		 282 aa  175  8e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.194267 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0730  thioredoxin  36.68 
 
 		 282 aa  175  8e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2614  thioredoxin  38.19 
 
 		 282 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0743  thioredoxin  38.75 
 
 		 282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328705  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0779  putative thioredoxin protein  37.33 
 
 		 280 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.297357  decreased coverage  0.00262303 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2566  thioredoxin  36.11 
 
 		 282 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2590  thioredoxin  36.11 
 
 		 282 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.282691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1955  thioredoxin  36.11 
 
 		 282 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.180401  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0726  thioredoxin  37.46 
 
 		 281 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0681266  normal  0.772091 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3331  thioredoxin  32.64 
 
 		 287 aa  169  6e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.108459  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0796  thioredoxin  38.72 
 
 		 281 aa  169  7e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0505807  normal  0.147714 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3667  thioredoxin domain-containing protein  34.83 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1755  thioredoxin  34.36 
 
 		 287 aa  168  1e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0267329  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0519  thioredoxin  36.01 
 
 		 280 aa  166  4e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0266  thioredoxin  33.45 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2665  thioredoxin-related  36.68 
 
 		 303 aa  166  6.9999999999999995e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3232  thioredoxin domain-containing protein  34.45 
 
 		 285 aa  164  1.0000000000000001e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.941804  normal  0.328637 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3035  thioredoxin-related  36.04 
 
 		 274 aa  161  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1276  thioredoxin domain protein  34.64 
 
 		 337 aa  160  4e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0318  thioredoxin  33.22 
 
 		 287 aa  159  6e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1038  thioredoxin  37.32 
 
 		 277 aa  159  7e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0686  thioredoxin  31.65 
 
 		 290 aa  158  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1535  thioredoxin  35.74 
 
 		 269 aa  157  2e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000141662  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1467  thioredoxin  34.75 
 
 		 268 aa  155  7e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28500  thioredoxin  33.11 
 
 		 299 aa  155  9e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.173246 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1925  Thioredoxin domain-containing protein  31.83 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3886  Thioredoxin domain protein  34.29 
 
 		 312 aa  154  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.54182  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0906  thioredoxin  36.33 
 
 		 282 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0903  thioredoxin  36.33 
 
 		 282 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0661  thioredoxin domain-containing protein  36.33 
 
 		 301 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.211943  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0563  thioredoxin  32.65 
 
 		 290 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.635588 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1547  thioredoxin  31.7 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.874099  hitchhiker  0.00479598 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4466  thioredoxin  31.31 
 
 		 290 aa  151  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2376  thioredoxin-related  31.49 
 
 		 286 aa  150  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.036483  normal  0.757224 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5023  thioredoxin  32.76 
 
 		 290 aa  151  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.929168  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0510  thioredoxin  32.76 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1063  thioredoxin  33.43 
 
 		 918 aa  149  7e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460797  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0675  thioredoxin domain-containing protein  32.37 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.357396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0545  thioredoxin  32.07 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3279  thioredoxin  31.95 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0719  thioredoxin  35.29 
 
 		 282 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0060777  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2125  thioredoxin  32.99 
 
 		 286 aa  146  6e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0556  thioredoxin  31.72 
 
 		 290 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992322 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3931  thioredoxin  31.95 
 
 		 302 aa  145  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1041  thioredoxin  32.08 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.413095  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0943  thioredoxin domain-containing protein  30.56 
 
 		 286 aa  143  4e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1331  putative thioredoxin  30.27 
 
 		 285 aa  142  7e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2102  thioredoxin  30.98 
 
 		 291 aa  142  9e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1954  Thioredoxin domain protein  31.31 
 
 		 313 aa  141  1.9999999999999998e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0686118  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4561  thioredoxin  31.91 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.712523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0979  thioredoxin domain-containing protein  32.97 
 
 		 263 aa  140  3e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.248497  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0294  putative thioredoxin protein  31.96 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.918989  normal  0.0369237 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1199  thioredoxin  32.18 
 
 		 268 aa  140  3.9999999999999997e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0450617 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11340  putative thioredoxin  32.08 
 
 		 289 aa  139  7e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000384652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1374  thioredoxin  32.76 
 
 		 286 aa  135  8e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.187591  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0364  thioredoxin domain-containing protein  30.79 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000110184 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>