More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4239 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4239  nitrogen regulatory protein PII  100 
 
 		 116 aa  231  3e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3770  nitrogen regulatory protein P-II  88.79 
 
 		 116 aa  214  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.929056 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4094  nitrogen regulatory protein P-II  88.79 
 
 		 116 aa  214  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.52607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3237  nitrogen regulatory protein P-II  83.04 
 
 		 112 aa  189  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3050  nitrogen regulatory protein P-II  90.18 
 
 		 112 aa  188  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0372  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  81.25 
 
 		 112 aa  187  4e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0449  nitrogen regulatory protein P-II  80.36 
 
 		 112 aa  186  9e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321853  normal  0.279949 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0271  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  79.46 
 
 		 112 aa  184  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.288603 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0277  nitrogen regulatory protein P-II  79.46 
 
 		 112 aa  184  5e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.856791  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1304  nitrogen regulatory protein P-II  80.36 
 
 		 112 aa  183  6e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.774193  normal  0.209326 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2733  nitrogen regulatory protein P-II  76.79 
 
 		 112 aa  182  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.122931 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2209  nitrogen regulatory protein P-II  79.46 
 
 		 112 aa  181  3e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.448638  normal  0.538315 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3627  nitrogen regulatory protein P-II  77.68 
 
 		 112 aa  181  3e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0086  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  77.68 
 
 		 112 aa  181  3e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0840353  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0295  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 		 112 aa  180  5.0000000000000004e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.886213  normal  0.678271 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5499  nitrogen regulatory protein P-II  77.68 
 
 		 112 aa  180  7e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2098  nitrogen regulatory protein P-II  77.68 
 
 		 112 aa  179  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.221402  hitchhiker  0.00315077 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2374  nitrogen regulatory protein P-II  77.68 
 
 		 112 aa  179  1e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.35771 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1861  nitrogen regulatory protein P-II  76.79 
 
 		 112 aa  179  1e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.751643 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1818  nitrogen regulatory protein P-II  76.79 
 
 		 112 aa  179  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.900474  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2050  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 		 112 aa  177  4.999999999999999e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.885894  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0218  nitrogen regulatory protein P-II  72.32 
 
 		 112 aa  174  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.601689  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0080  nitrogen regulatory protein P-II  70.54 
 
 		 112 aa  174  4e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.416357  normal  0.780104 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0371  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  73.21 
 
 		 112 aa  174  5e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0085  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  74.11 
 
 		 112 aa  173  8e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.308979  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0275  nitrogen regulatory protein P-II  73.21 
 
 		 112 aa  173  9e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0183  nitrogen regulatory protein P-II  70.54 
 
 		 112 aa  172  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.320277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0076  nitrogen regulatory protein P-II  79.46 
 
 		 112 aa  172  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0461291 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0451  nitrogen regulatory protein P-II  71.43 
 
 		 112 aa  171  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.164177  normal  0.269933 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0472  nitrogen regulatory protein P-II  71.43 
 
 		 112 aa  170  5e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0468  nitrogen regulatory protein P-II  70.54 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.409463  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1400  nitrogen regulatory protein P-II  70.54 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3218  P-II family regulatory protein  70.54 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.472285  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6030  nitrogen regulatory protein P-II 2  68.75 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0651  nitrogen regulatory protein P-II  70.54 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.888486  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0487  nitrogen regulatory protein P-II  70.54 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.188054  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6195  nitrogen regulatory protein P-II  70.54 
 
 		 136 aa  169  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0407  nitrogen regulatory protein P-II  70.54 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.32852  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0198  nitrogen regulatory protein P-II  71.43 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.485304 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0259  nitrogen regulatory protein P-II  68.75 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0217  nitrogen regulatory protein P-II  71.43 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000368327 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2827  nitrogen regulatory protein P-II  70.54 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.994537  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0135  nitrogen regulatory protein P-II  69.91 
 
 		 121 aa  169  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000114835  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0120  nitrogen regulatory protein P-II  69.64 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0723912 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0193  nitrogen regulatory protein P-II  70.54 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.431486  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69810  nitrogen regulatory protein P-II 2  68.75 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.194686  normal  0.241854 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0594  nitrogen regulatory protein P-II  68.75 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0437  nitrogen regulatory protein P-II  70.54 
 
 		 112 aa  168  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0342  nitrogen regulatory P-II transcription regulator protein  71.43 
 
 		 112 aa  169  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2406  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 		 112 aa  168  2e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0053  nitrogen regulatory protein P-II  70.54 
 
 		 112 aa  168  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0041295  normal  0.377674 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2877  nitrogen regulatory protein P-II  70.54 
 
 		 112 aa  168  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.58077  normal  0.596742 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0269  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  70.54 
 
 		 112 aa  168  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.76816  normal  0.184312 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2783  nitrogen regulatory protein P-II  70.54 
 
 		 112 aa  168  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.190051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2252  nitrogen regulatory protein P-II  70.54 
 
 		 112 aa  168  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0233324  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2921  nitrogen regulatory protein P-II  70.54 
 
 		 112 aa  168  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0772673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2866  nitrogen regulatory protein P-II  70.54 
 
 		 136 aa  169  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138557  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0291  nitrogen regulatory protein P-II  69.64 
 
 		 112 aa  167  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2044  nitrogen regulatory protein P-II  69.64 
 
 		 112 aa  167  4e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0233  nitrogen regulatory protein P-II  71.43 
 
 		 112 aa  167  5e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002572  nitrogen regulatory protein P-II  70.54 
 
 		 112 aa  167  5e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000156099  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3656  nitrogen regulatory protein P-II  68.75 
 
 		 112 aa  167  6e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0256  nitrogen regulatory protein P-II  68.75 
 
 		 112 aa  167  6e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4190  nitrogen regulatory protein P-II  68.75 
 
 		 112 aa  167  6e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.959597 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0525  nitrogen regulatory protein P-II  68.75 
 
 		 112 aa  167  6e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.887906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00479  nitrogen regulatory protein P-II  68.75 
 
 		 112 aa  166  7e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03437  hypothetical protein  69.64 
 
 		 112 aa  166  8e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2513  nitrogen regulatory protein P-II  68.75 
 
 		 112 aa  166  8e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00284343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0491  nitrogen regulatory protein P-II  70.54 
 
 		 112 aa  166  9e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0641  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 		 112 aa  165  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.252116  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0302  nitrogen regulatory protein P-II  69.64 
 
 		 112 aa  165  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0555  nitrogen regulatory protein P-II  69.64 
 
 		 112 aa  165  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.507657  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0181  nitrogen regulatory protein P-II  69.64 
 
 		 112 aa  165  2e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.153981  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3119  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 		 112 aa  165  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0163  nitrogen regulatory protein P-II  69.64 
 
 		 112 aa  165  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.814781 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3314  nitrogen regulatory protein P-II  68.75 
 
 		 112 aa  165  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.258343  normal  0.0812118 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5234  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 		 112 aa  164  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0217  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 		 112 aa  164  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.531374  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0238  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 		 112 aa  164  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0928138  normal  0.898368 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0190  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 		 112 aa  164  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0240  nitrogen regulatory protein P-II  68.75 
 
 		 112 aa  164  2.9999999999999998e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.806951 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5506  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 		 112 aa  164  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.851812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0912  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  69.64 
 
 		 112 aa  164  2.9999999999999998e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  4.42242e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5295  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 		 112 aa  164  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5143  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 		 112 aa  164  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0171  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 		 112 aa  164  2.9999999999999998e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.138781  normal  0.605066 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1116  nitrogen regulatory protein P-II  66.07 
 
 		 112 aa  164  4e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2590  nitrogen regulatory protein P-II  68.75 
 
 		 112 aa  164  5e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0433  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 		 112 aa  164  5e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0037358  normal  0.874801 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1760  nitrogen regulatory protein P-II  69.64 
 
 		 112 aa  164  5e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.654192  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0523  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 		 112 aa  163  5.9999999999999996e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.278087  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0240  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  67.86 
 
 		 112 aa  163  5.9999999999999996e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.289663  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2530  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 		 112 aa  163  8e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3942  nitrogen regulatory protein P-II  68.75 
 
 		 112 aa  163  8e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2915  nitrogen regulatory protein P-II 2  67.86 
 
 		 112 aa  163  8e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0326538  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0995  nitrogen regulatory protein P-II  68.75 
 
 		 112 aa  163  8e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.882952  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47790  Nitrogen regulatory protein P-II GlnK  66.96 
 
 		 112 aa  162  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.144153  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03014  GlnB  67.86 
 
 		 112 aa  162  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000337232  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1779  nitrogen regulatory protein P-II  68.75 
 
 		 112 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.903734 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1345  nitrogen regulatory protein P-II  68.75 
 
 		 112 aa  161  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.934318 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>